当在 SLURM 管理的集群系统中运行 Snakemake 时,正确配置资源是确保作业有效和高效运行的关键。SLURM 脚本中的资源请求参数 (-N
, -n
, -c
, -j
) 与 Snakemake 规则中的资源配置 (mem_mb
, cpu
) 需要协调一致,以避免资源浪费或不足。下面详细解释这些参数之间的关系:
SLURM 参数
- -N (节点数): 请求用于作业的物理服务器(节点)数量。
- -n (任务数): 请求的总任务数。在 SLURM 中,一个任务通常对应一个进程。
- -c (每任务CPU数): 每个任务分配的CPU核数。这个参数指定每个 SLURM 任务可以使用的最大并行线程数。
- -j: 这是 Snakemake 的参数,指定 Snakemake 可以同时启动的最大作业数。这个数目应该与 SLURM 脚本中的
-n
参数相匹配,以便完全利用请求的资源。
Snakemake 资源参数
- mem_mb: 指定每个 Snakemake 作业需要的最大内存(以MB为单位)。
- cpu: 指定每个 Snakemake 作业需要的CPU核数。
参数关系与协调
- SLURM的
-n
与 Snakemake 的-j
: 这两个参数应