slurm 系统运行 sankemake时, snakemake内mem_mb, cpu ,和提交脚本时-N, -n, -c, -j之间的对应关系

当在 SLURM 管理的集群系统中运行 Snakemake 时,正确配置资源是确保作业有效和高效运行的关键。SLURM 脚本中的资源请求参数 (-N, -n, -c, -j) 与 Snakemake 规则中的资源配置 (mem_mb, cpu) 需要协调一致,以避免资源浪费或不足。下面详细解释这些参数之间的关系:

SLURM 参数

  1. -N (节点数): 请求用于作业的物理服务器(节点)数量。
  2. -n (任务数): 请求的总任务数。在 SLURM 中,一个任务通常对应一个进程。
  3. -c (每任务CPU数): 每个任务分配的CPU核数。这个参数指定每个 SLURM 任务可以使用的最大并行线程数。
  4. -j: 这是 Snakemake 的参数,指定 Snakemake 可以同时启动的最大作业数。这个数目应该与 SLURM 脚本中的 -n 参数相匹配,以便完全利用请求的资源。

Snakemake 资源参数

  • mem_mb: 指定每个 Snakemake 作业需要的最大内存(以MB为单位)。
  • cpu: 指定每个 Snakemake 作业需要的CPU核数。

参数关系与协调

  • SLURM的 -n 与 Snakemake 的 -j: 这两个参数应
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