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这个作者很懒,什么都没留下…
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Singularity 镜像管理工具的学习路线推荐,及学习建议
Singularity是一种流行的容器平台,专为科学计算和数据密集型工作负载设计。它允许用户在不同的计算环境中以一致、可重复的方式打包他们的应用程序及其依赖项。以下是一个推荐的学习路线,以及一些详细的学习建议,帮助你掌握Singularity。原创 2024-02-23 22:56:03 · 237 阅读 · 0 评论 -
下载的sif 镜像,添加 conda软件的步骤
在一个已经打包的 Singularity Image Format (SIF) 镜像中添加 Conda 软件涉及到几个步骤,主要因为 SIF 文件是不可变的。原创 2024-04-24 10:54:39 · 46 阅读 · 1 评论 -
singularity使用时,如何调用宿主机的环境变量
如果你在构建自己的 Singularity 容器,可以在容器的定义文件中指定环境变量。使用部分来设置PATH这样构建的容器在启动时会自动将额外的路径添加到PATH中。原创 2024-04-24 10:49:13 · 134 阅读 · 0 评论 -
singularity 利用 centos 构建sandbox, 并安装cnvnator(阿里云root)
在CentOS上安装Singularity的具体步骤可能会根据你的系统配置和Singularity版本有所不同,建议参考官方文档进行安装。这些步骤提供了一个大致的指导,具体细节(如依赖库的安装和ROOT的配置)可能需要根据你的具体环境和CNVnator的版本进行调整。完成以上步骤后,CNVnator应该已经在你的Singularity sandbox环境中安装完成。你可以通过执行CNVnator的命令来测试是否安装成功。进入Sandbox环境,安装CNVnator需要的依赖项,包括ROOT和其他工具。原创 2024-02-28 14:30:50 · 136 阅读 · 0 评论 -
singularity 基于 redhat和centos 版本的 优缺点
当我们讨论在使用Singularity的情况下,选择Red Hat Enterprise Linux (RHEL) 或 CentOS 作为操作系统的优缺点时,我们需要考虑这些操作系统的特性及其与Singularity的兼容性和集成程度。Singularity是为了解决高性能计算(HPC)和数据密集型应用的容器需求而设计的,因此在这些环境中的表现尤为重要。原创 2024-02-28 10:19:33 · 678 阅读 · 0 评论 -
singularity Debug:FATAL: could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid for user
*模式运行Singularity容器时,应该不再遇到“No mapping entry found”错误。这个命令需要以root权限执行,因为它会修改系统级的配置文件。**权限,从而允许他们以非root身份构建和运行Singularity容器。:命令执行成功后,Singularity会自动为指定的用户添加**通过这种方法,你可以方便地为用户配置**遇到这个错误信息时,意味着你尝试以**:在命令行中输入以下命令,将**:现在,当用户尝试以**:打开一个命令行终端。**文件来验证这一点。**中添加映射条目。原创 2024-02-28 10:14:10 · 30 阅读 · 0 评论 -
singularity Debug:FATAL: could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid for user
*模式运行Singularity容器时,应该不再遇到“No mapping entry found”错误。这个命令需要以root权限执行,因为它会修改系统级的配置文件。**权限,从而允许他们以非root身份构建和运行Singularity容器。:命令执行成功后,Singularity会自动为指定的用户添加**通过这种方法,你可以方便地为用户配置**遇到这个错误信息时,意味着你尝试以**:在命令行中输入以下命令,将**:现在,当用户尝试以**:打开一个命令行终端。**文件来验证这一点。**中添加映射条目。原创 2024-02-28 10:13:38 · 32 阅读 · 0 评论 -
singularity Debug:FATAL: could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid for user
*模式运行Singularity容器时,应该不再遇到“No mapping entry found”错误。这个命令需要以root权限执行,因为它会修改系统级的配置文件。**权限,从而允许他们以非root身份构建和运行Singularity容器。:命令执行成功后,Singularity会自动为指定的用户添加**通过这种方法,你可以方便地为用户配置**遇到这个错误信息时,意味着你尝试以**:在命令行中输入以下命令,将**:现在,当用户尝试以**:打开一个命令行终端。**文件来验证这一点。**中添加映射条目。原创 2024-02-27 17:54:14 · 112 阅读 · 0 评论 -
singularity利用cnvnator.def文件,构建cnvnator.sif 镜像
使用Singularity下载CentOS镜像、安装CNVnator软件,并构建SIF文件的过程可以通过创建一个Singularity定义文件来完成。这个定义文件会指导Singularity如何构建容器,包括从哪里获取基础镜像、安装所需软件及其依赖项,以及任何其他配置步骤。完成这些步骤后,你将得到一个包含CNVnator的SIF文件,可以在任何支持Singularity的环境中运行。你需要创建一个Singularity定义文件,比如命名为**这个命令会根据你的定义文件**在这个定义文件中,**原创 2024-02-27 17:41:36 · 344 阅读 · 0 评论 -
Singularity基本命令学习
Singularity定义文件(.def文件)是一个文本文件,用于指定如何构建一个Singularity容器。它包含了一系列的预定义部分,如Bootstrap(定义基础镜像),%post(构建后执行的脚本),%runscript(容器启动时运行的脚本),等等。实例:一个简单的定义文件,基于Ubuntu,安装了一个web服务器。通过使用这些基本命令和理解定义文件的结构,你将能够开始使用Singularity来容器化你的应用和工作流,进一步提高你的科学计算和数据分析的效率和可复制性。原创 2024-02-23 23:26:26 · 155 阅读 · 0 评论 -
Singularity容器技特点
容器技术,特别是Singularity,在科学计算和数据分析领域中变得越来越受欢迎,原因在于它提供了一系列的优势,使得研究和开发工作更为高效、可重复,且易于分享。原创 2024-02-23 23:19:59 · 58 阅读 · 0 评论 -
singularity容器的技术基础
Singularity容器技术是专为科学计算、数据密集型工作和高性能计算(HPC)环境设计的。与其他容器技术如Docker相比,Singularity提供了一些独特的特性和设计考虑,使其在科学和研究社区中受到欢迎。原创 2024-02-23 23:01:01 · 145 阅读 · 0 评论 -
singularity-ce-4.1.0 + go 完整安装步骤,及报错解决
singularity-ce-4.1.0 + go 完整安装步骤,及报错解决原创 2024-02-20 18:12:06 · 494 阅读 · 0 评论 -
利用singularity 已经发布的cnvnator容器,并调用运行cnvnator软件
为了搜索并调用 CNVnator 容器,我们需要先确定在哪里可以找到 CNVnator 的容器镜像。由于 Singularity Hub 已停止服务,我们可以尝试从其他地方搜索,比如 Docker Hub 或 Singularity Library。在本例中,我们将尝试从 Docker Hub 搜索 CNVnator 容器镜像,并使用 Singularity 拉取并运行它。首先,访问 Docker Hub 并使用搜索功能搜索 CNVnator。您可以在搜索框中输入 “CNVnator” 并查找相关的镜像。原创 2024-02-21 09:28:24 · 39 阅读 · 0 评论 -
利用shell 脚本,调用 singularity 容器里的cnvnator软件
要在Shell脚本中使用Singularity调用CNVnator软件,你需要遵循以下步骤。这里假设你已经有了一个包含CNVnator的Singularity容器镜像。原创 2024-02-21 09:42:23 · 83 阅读 · 0 评论 -
singularity的镜像文件存在形式,以及它们的转换
特点: SIF是从Singularity 3.x版本开始引入的默认镜像格式。这是一个单文件格式,包含了容器的全部内容,包括操作系统、应用程序及其依赖项。SIF格式设计为不可变的,以确保安全和可重复性。用途: 由于其不可变性和单文件特性,SIF文件非常适合分发和共享。原创 2024-02-21 17:33:33 · 109 阅读 · 0 评论 -
singularity 运行方式汇总,运行方式的优缺点,及其调用方法
Singularity 的这些运行方式各有千秋,适用于不同的场景和需求。选择合适的运行方式可以帮助用户更高效地利用Singularity容器技术。原创 2024-02-21 17:50:06 · 653 阅读 · 0 评论 -
singularity build用法详解,及实例
命令是 Singularity 中非常重要的一个功能,它允许用户从定义文件、现有的 Singularity 容器或者其他容器平台(如 Docker)的镜像来构建一个新的 Singularity 容器。这个命令主要用于创建定制化的容器环境,以适应特定的应用和需求。命令,用户可以灵活地创建满足特定需求的容器环境,这对于科学计算、数据分析、应用部署等场景都非常有用。是一个目录,容器被构建为这个目录的内容,允许用户修改。是新容器的名称,my_definition.def。通过 singularity build。原创 2024-02-21 18:08:02 · 140 阅读 · 0 评论