创新实训

2020创新实训

2020-05-30 规划和写申请文档

2020-06-01 完善申请书和进行签名

2020-06-14 开会并配置环境，如何运行

项目文件列表

如何运行

cmke .
source /home/asc/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh
make

其中第二句是声明intel icpc 和 intel icc 编译器，以便make的时候使用，否则会出错。

然而这样也会出现一个问题，诸如malloc is undefined 等符号未定义问题，原因在开会过程中一直找，从gcc 版本，cmake版本，intel icpc icc编译器等方面入手，但是在开会过程中并没有找到，最后由另一位成员发现，更改gcc版本为较新的7.5，在编译的时候使用新的gcc可以解决这个问题.

以下是成功编译的截图

2020-06-20 gcc 通用编译

从工程的角度来讲，一个软件不应该对其它的软件库太过依赖，另外去除软件对特殊类库的依赖也有利于软件的推广何使用。对于我们实现的gwas软件，依赖于intel mkl比较多，而intel mkl 的使用需要安装Intel Parallel Studio，而且这个软件的安装还需要认证激活，如果是学生，还可以进行学生认证使用，但是其它科研工作者使用就并不是那么简单了，而且安装使用激活过程对于非专业人员也是有一定难度的，并且还有一定的经费支出。

综上所述，gwas软件去掉intel数学库无论在工程上还是软件适配性角度来说，都是有必要的。

下面的cmake编译配置说明了，当前的gwas使用的是intel的编译器

SET(CMAKE_CXX_COMPILER icpc)
SET(CMAKE_C_COMPILER icc)
SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -O2 -g -mkl -static-intel -no-intel-extensions -static-libstdc++ -march=native -qopenmp")

这些行声明了c++,c编译器分别是icpc、icc并且编译参数中使用了-mkl -static-intel来添加相关依赖

1.分析依赖库有那些

通过通读代码，发现依赖库主要是在计算部分，如下图：

#include <mkl.h>
//X2 = Xt * X
cblas_dgemm(CblasColMajor, CblasTrans, CblasNoTrans, M, M, N, 1, X, N, X, N, 0, X2, M);

简单分析可知依赖库是intel mkl 和 BLAS

//solve(Xt * X)
int inv_success = LAPACKE_dgesv(LAPACK_COL_MAJOR, M