aganlala的博客

毒液蛋白质相互作用分析简介蛋白质间相互作用是生命现象发生的基础，研究其相互作用可以阐明生物反应的机理，揭示生命现象的本质。虽然有一些蛋白可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白都是通过蛋白间相互作用或形成蛋白复合物来发挥作用的。近年来，研究分子相互作用的技术不断出现。通过生物信息学的方法对大量毒液蛋白在生物系统中的相互作用关系进行系统分析，对了解生物系统中毒液蛋白质的工作原理，毒液蛋白的致病机理以及中毒等特殊生理状态下生物体生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生

毒液蛋白质定量分析简介定量分析分为相对定量和绝对定量分析。毒液蛋白质相对定量分析的目的是测定目的毒液蛋白在两个或多个有毒物种样本中的表达量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的具体表达量。毒液蛋白质绝对定量分析是指通过质谱的绝对定量蛋白质组学研究技术对毒液蛋白质的含量进行分析。通过生物信息学的方法对毒液蛋白质进行定量分析，可以快速对毒液的蛋白质以及多肽成分进行鉴定以及定量分析，挖掘毒液成分的组成结构。蛋白质定量分析的应用对毒液的组成成分进行鉴定分析，包括毒液的蛋白质种类和具体的含量。通过毒液

简介随着毒液在生物医药领域中的广泛应用，目前，对毒液的研究越来越多，但是，随着分子生物学的发展，获得一个物种的基因组对相关研究具有十分重要的意义 。目前，一部分有毒物种如 响尾蛇，jellyfish, Stegodyphus mimosarum， Acanthoscurria geniculata， Indiancobra已进行相关基因组测序。凭借多年的高通量测序数据分析经验，Creative Proteomics 根据客户的需求提供个性化且高质量的基因组组装服务。随着分子生物学技术的快速发展，下一代高

毒液蛋白质鉴定分析简介蛋白质鉴定分析，利用质谱技术对细胞、组织、体液或经过分离、纯化、富集后的蛋白胶/液等类型样本中全部或特定的蛋白进行种类鉴定，充分了解特定环境下蛋白质种类情况是进行蛋白质组学研究的基础，为研究有毒物种分泌的毒液提供直观的蛋白质种类鉴定结果。随着质谱技术的发展，蛋白质鉴定相关的分析技术产生了大量的蛋白质组学数据。利用生物信息学的方法，可以对大量的毒液蛋白质组学数据进行高效的分析。通过对毒液蛋白质组学数据进行分析， 可以挖掘不同有毒物种毒液的蛋白质种类，以及不同有毒物种之间毒液的进化过程

（一）转录组学与蛋白组学联合分析1.1 简介转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合，代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。且从DNA、mRNA到蛋白质的过程中涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控、转录后调控、翻译调控、翻译后调控等。因此，要全面探究毒液的组成，致病机理，生物学活性和药理作用，同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已

将本地文件上传到服务器方法一：scp /Local/file/***.tar.gz root@47.100.192.xxx:/root/***.tar.gz/Local/file/***.tar.gz为本地文件地址root@47.100.192.xxx表示使用root用户登录远程服务器47.100.192.xxx:/root/***.tar.gz表示保存在远程服务器上目录和文件名方法二：打开命令行，并在shell菜单中选择"新建远程连接"。在弹出的对话框中，选择sftp，并且在最下面

软件安装备注：一些常用，好安装的软件尽量自己手动安装，对于一些比较复杂的软件，可以用conda安装管理。此外，由于是刚刚使用的服务器，所以，需要安装许多基础软件。## 安装condawget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #更改镜像配置conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.

##数据准备数据来源文献：Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity##根据文章内容查找原文数据在哪里？The accession number for the raw data from WES and AmpliSeq sequences reported in this paper is SRA: SRP070662.##于是打开NCBI...

本人系统：阿里云服务器的Linux安装好conda后，准备用conda开始安装软件，然后，在输入命令,报错~# conda create -n wes python=2 bwaCollecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/c

写在前面：研究生期间学的是生物信息学，研究方向是环状RNA。毕业后出来工作，由于各种原因没有做生物信息分析相关的工作（找的第一份工作原本是生物信息分析工程师岗位，结果入职后，公司业务方向变了，就没有做生信分析）。现在又想继续把生物信息分析这快学起来，这个时候单枪匹马，没有服务器，看看自己的电脑配置，果断放弃折腾自己的电脑。于是就想到了干脆租用云服务器吧，正好，最近有年中618的活动。据说阿里云的服务器，新手优惠力度较大，因此，就选择了阿里云服务器。下图是618的活动，力度还是挺大的。购买流程看看价格

简介生物信息学是生命科学，信息学，数学，计算机，化学，物理等多学科相互交融而形成的一门学科，生物信息学的应用几乎覆盖了生物医学研究的各个领域。生物信息学对于现代生物学和医学数据的分析具有重大意义，其研究成果将对人类社会和经济产生巨大推动作用。通过用生物信息学的方法，对基因组学，转录组学，蛋白质组学，微生物组学，表观遗传学，代谢组学，免疫组学等各种不同的组学数据进行分析，对疾病机制机理研究，相关基因的发现，药物靶点分析，药物发现，以及疾病的个性化治疗提供了新的见解与解决方案。不同组学在生物医药医学研究中的

简介表观遗传学是一种调控基因表达的可逆途径，通过DNA和组蛋白的化学修饰，决定特定基因是否能得以表达。表观遗传学调控多种生命活动及疾病发生发展，已成为近年来生命科学领域的研究热点，促使了生物学多领域研究的突破性进展。随着实验和测序技术的进步，当前产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。如在癌症中，表观遗传学修饰的添加或删除，与肿瘤抑制基因的沉默或者癌基因的过表达有关。有研究显示，在标准的化疗流程之前先用表观遗传学药物处理癌细胞，可以增强这些细胞对抗癌药物

简介宏基因组学研究是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。宏基因组学研究与传统微生物研究方式的最大区别在于把微生物看成一个整体, 摆脱了对单个微生物培养和分离的步骤，直接对环境中所有的微生物进行研究，进而可以全面地对所有微生物进行分析。如针对长期、反复腹泻的病人，可能原因是肠道生态系统失调导致的消化道炎症或者特定的病毒或者微生物感染。通过对病人粪便进行宏基因组测序分

简介代谢组学是在20世纪90年代中期发展起来，是研究生物体被扰动后(基因或环境的改变后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类及数量变化的一门科学。是继基因组学、蛋白质组学之后的新兴的组学技术, 是系统生物学研究不可缺少的重要基础学科之一。代谢组学通过揭示内在、外在因素的影响下，代谢整体的变化轨迹反映病理生理过程的一系列生物事件。通过对代谢组学数据进行分析，可以对生物体内的小分子代谢物进行定性定量分析，找出代谢产物变化与生物体生理生化变化的相对关系。挖掘疾病发生过程中生物体内代谢物的变化信息，以及药物作用后引起

简介蛋白质组学(Proteomics)是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学，包括对蛋白质表达模式和蛋白质组功能模式的研究。对不同患病个体，特定表型以及正常样本的蛋白质组学数据进行研究分析，对寻找疾病的诊断标志、筛选药物靶点、毒理学研究等有重要意义。因此，根据不同的研究目的，不同的蛋白质组学研究技术被广泛应用于医学研究。蛋白质组学数据分析的意义蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体

简介基因组是指一个生物体的一套染色体中的完整的DNA序列。20世纪90年代初，“人类基因组计划”正式启动，开启人类在分子水平上认识自身遗传密码的新航程。2001年，人类基因组精细图谱及其初步分析结果发布，揭开了由ATCG四种符号组成的人类遗传密码的真实面貌。通过生物信息学的方法对基因组信息进行挖掘对于鉴定遗传性疾病、表征驱动癌症进展的突变和追踪疾病爆发极为重要。快速下降的测序成本以及生物信息技术的发展，使得人类基因组研究相关的一系列性技术出现。如基因检测，基因诊断、基因治疗、靶向药物等医学新手段。生物医学

简介随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。RNA-Seq利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA 反转录而成cDNA文库进行测序，通过统计相关读段(reads)数计算出不同

简介全外显子组测序是一种广泛使用的新一代测序（NGS）方法，涉及基因组蛋白质编码区域的测序。人类外显子组所占基因组的比例不超过2%，但它包含了约85%已知与疾病相关的变异，这使得该方法成为全基因组测序的一种经济高效的替代方法。外显子组测序可检出编码外显子的变异，能够扩大靶向内容，包括非翻译区（UTR）和microRNA，可以获得基因调控的全面视图。当无法进行或没有必要进行全基因组测序时，外显子组测序是一种经济有效的替代方法。只对基因组的编码区域进行测序，使研究人员能将资源集中在最有可能影响表型的基因上，周

研究人员能够利用基因分型来研究遗传变异，例如单核苷酸多态性（SNP）和较大的DNA结构变化。新一代测序（NGS）和芯片等高通量基因组技术能让研究人员在分子水平上更深入地了解疾病病因。由于能引起疾病的基因组靶点可能有很多个，因此分析需要灵活性和准确性。SNP基因分型和拷贝数变异（CNV）数据分析工具可以分析数百万个标记和探针的结果，并检测样本离群值，预测基因变异的功能性后果。...

简介多位点序列分型（multilocus sequence typing, MLST）是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。MLST操作简单，结果能快速得到并且便于不同实验室的比较，已经用于多种细菌的流行病学监测和进化研究。随着测序速度的加快和成本的降低，以及分析软件的发展，MLST逐渐成为细菌的常规分型方法。随着二代测序技术提供了快速、经济高效的细菌基因组测序方法，以及分析软件的发展，全基因组多位点序列分型（wgMLST）技术逐渐取