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RSS订阅原创 毒液蛋白质相互作用分析
毒液蛋白质相互作用分析简介蛋白质间相互作用是生命现象发生的基础，研究其相互作用可以阐明生物反应的机理，揭示生命现象的本质。虽然有一些蛋白可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白都是通过蛋白间相互作用或形成蛋白复合物来发挥作用的。近年来，研究分子相互作用的技术不断出现。通过生物信息学的方法对大量毒液蛋白在生物系统中的相互作用关系进行系统分析，对了解生物系统中毒液蛋白质的工作原理，毒液蛋白的致病机理以及中毒等特殊生理状态下生物体生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生
2022-03-02 16:35:13
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原创 毒液蛋白质定量分析
毒液蛋白质定量分析简介定量分析分为相对定量和绝对定量分析。毒液蛋白质相对定量分析的目的是测定目的毒液蛋白在两个或多个有毒物种样本中的表达量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的具体表达量。毒液蛋白质绝对定量分析是指通过质谱的绝对定量蛋白质组学研究技术对毒液蛋白质的含量进行分析。通过生物信息学的方法对毒液蛋白质进行定量分析，可以快速对毒液的蛋白质以及多肽成分进行鉴定以及定量分析，挖掘毒液成分的组成结构。蛋白质定量分析的应用对毒液的组成成分进行鉴定分析，包括毒液的蛋白质种类和具体的含量。通过毒液
2021-07-19 15:46:53
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原创 毒液基因组研究
简介随着毒液在生物医药领域中的广泛应用，目前，对毒液的研究越来越多，但是，随着分子生物学的发展，获得一个物种的基因组对相关研究具有十分重要的意义 。目前，一部分有毒物种如 响尾蛇，jellyfish, Stegodyphus mimosarum， Acanthoscurria geniculata， Indiancobra已进行相关基因组测序。凭借多年的高通量测序数据分析经验，Creative Proteomics 根据客户的需求提供个性化且高质量的基因组组装服务。随着分子生物学技术的快速发展，下一代高
2021-07-19 10:59:19
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原创 毒液蛋白质鉴定分析
毒液蛋白质鉴定分析简介蛋白质鉴定分析，利用质谱技术对细胞、组织、体液或经过分离、纯化、富集后的蛋白胶/液等类型样本中全部或特定的蛋白进行种类鉴定，充分了解特定环境下蛋白质种类情况是进行蛋白质组学研究的基础，为研究有毒物种分泌的毒液提供直观的蛋白质种类鉴定结果。随着质谱技术的发展，蛋白质鉴定相关的分析技术产生了大量的蛋白质组学数据。利用生物信息学的方法，可以对大量的毒液蛋白质组学数据进行高效的分析。通过对毒液蛋白质组学数据进行分析， 可以挖掘不同有毒物种毒液的蛋白质种类，以及不同有毒物种之间毒液的进化过程
2021-07-19 10:58:33
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原创 毒液组学-多组学关联分析大全
（一）转录组学与蛋白组学联合分析1.1 简介转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合，代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。且从DNA、mRNA到蛋白质的过程中涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控、转录后调控、翻译调控、翻译后调控等。因此，要全面探究毒液的组成，致病机理，生物学活性和药理作用，同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已
2021-07-03 11:34:25
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原创 Mac将本地文件上传到服务器以及从服务器下载文件到本地
将本地文件上传到服务器方法一：scp /Local/file/***.tar.gz root@47.100.192.xxx:/root/***.tar.gz/Local/file/***.tar.gz为本地文件地址root@47.100.192.xxx表示使用root用户登录远程服务器47.100.192.xxx:/root/***.tar.gz表示保存在远程服务器上目录和文件名方法二：打开命令行，并在shell菜单中选择"新建远程连接"。在弹出的对话框中，选择sftp，并且在最下面
2021-06-19 15:27:42
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原创 （二）外显子组数据分析之原始数据sra数据下载
##数据准备数据来源文献：Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity##根据文章内容查找原文数据在哪里？The accession number for the raw data from WES and AmpliSeq sequences reported in this paper is SRA: SRP070662.##于是打开NCBI...
2021-06-16 15:03:33
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原创 （一）外显子组数据分析之软件安装大全
软件安装备注：一些常用，好安装的软件尽量自己手动安装，对于一些比较复杂的软件，可以用conda安装管理。此外，由于是刚刚使用的服务器，所以，需要安装许多基础软件。## 安装condawget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #更改镜像配置conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.
2021-06-16 13:39:44
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原创 生物软件安装出现: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url ＜https://mirrors.tuna.tsinghua.的解决办法
本人系统：阿里云服务器的Linux安装好conda后，准备用conda开始安装软件，然后，在输入命令,报错~# conda create -n wes python=2 bwaCollecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/c
2021-06-10 11:11:33
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原创 如何租用云服务器并进行远程连接
写在前面：研究生期间学的是生物信息学，研究方向是环状RNA。毕业后出来工作，由于各种原因没有做生物信息分析相关的工作（找的第一份工作原本是生物信息分析工程师岗位，结果入职后，公司业务方向变了，就没有做生信分析）。现在又想继续把生物信息分析这快学起来，这个时候单枪匹马，没有服务器，看看自己的电脑配置，果断放弃折腾自己的电脑。于是就想到了干脆租用云服务器吧，正好，最近有年中618的活动。据说阿里云的服务器，新手优惠力度较大，因此，就选择了阿里云服务器。下图是618的活动，力度还是挺大的。购买流程看看价格
2021-06-08 14:30:21
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原创 生物信息学在生物医药领域的应用
简介生物信息学是生命科学，信息学，数学，计算机，化学，物理等多学科相互交融而形成的一门学科，生物信息学的应用几乎覆盖了生物医学研究的各个领域。生物信息学对于现代生物学和医学数据的分析具有重大意义，其研究成果将对人类社会和经济产生巨大推动作用。通过用生物信息学的方法，对基因组学，转录组学，蛋白质组学，微生物组学，表观遗传学，代谢组学，免疫组学等各种不同的组学数据进行分析，对疾病机制机理研究，相关基因的发现，药物靶点分析，药物发现，以及疾病的个性化治疗提供了新的见解与解决方案。不同组学在生物医药医学研究中的
2021-06-04 13:05:18
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原创 表观遗传学在生物医学领域的应用
简介表观遗传学是一种调控基因表达的可逆途径，通过DNA和组蛋白的化学修饰，决定特定基因是否能得以表达。表观遗传学调控多种生命活动及疾病发生发展，已成为近年来生命科学领域的研究热点，促使了生物学多领域研究的突破性进展。随着实验和测序技术的进步，当前产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。如在癌症中，表观遗传学修饰的添加或删除，与肿瘤抑制基因的沉默或者癌基因的过表达有关。有研究显示，在标准的化疗流程之前先用表观遗传学药物处理癌细胞，可以增强这些细胞对抗癌药物
2021-06-02 15:55:25
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原创 宏基因组学数据分析在生物医学领域的应用
简介宏基因组学研究是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。宏基因组学研究与传统微生物研究方式的最大区别在于把微生物看成一个整体, 摆脱了对单个微生物培养和分离的步骤，直接对环境中所有的微生物进行研究，进而可以全面地对所有微生物进行分析。如针对长期、反复腹泻的病人，可能原因是肠道生态系统失调导致的消化道炎症或者特定的病毒或者微生物感染。通过对病人粪便进行宏基因组测序分
2021-05-31 15:12:04
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原创 代谢组数据分析在生物医学领域的应用
简介代谢组学是在20世纪90年代中期发展起来，是研究生物体被扰动后(基因或环境的改变后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类及数量变化的一门科学。是继基因组学、蛋白质组学之后的新兴的组学技术, 是系统生物学研究不可缺少的重要基础学科之一。代谢组学通过揭示内在、外在因素的影响下，代谢整体的变化轨迹反映病理生理过程的一系列生物事件。通过对代谢组学数据进行分析，可以对生物体内的小分子代谢物进行定性定量分析，找出代谢产物变化与生物体生理生化变化的相对关系。挖掘疾病发生过程中生物体内代谢物的变化信息，以及药物作用后引起
2021-05-28 14:33:35
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原创 蛋白质组学数据分析在生物医学领域的应用
简介蛋白质组学(Proteomics)是研究细胞、组织或生物体中蛋白质组成、定位、变化及其相互作用规律的科学，包括对蛋白质表达模式和蛋白质组功能模式的研究。对不同患病个体，特定表型以及正常样本的蛋白质组学数据进行研究分析，对寻找疾病的诊断标志、筛选药物靶点、毒理学研究等有重要意义。因此，根据不同的研究目的，不同的蛋白质组学研究技术被广泛应用于医学研究。蛋白质组学数据分析的意义蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体
2021-05-27 15:32:18
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原创 基因组数据分析在生物医学领域的应用
简介基因组是指一个生物体的一套染色体中的完整的DNA序列。20世纪90年代初，“人类基因组计划”正式启动，开启人类在分子水平上认识自身遗传密码的新航程。2001年，人类基因组精细图谱及其初步分析结果发布，揭开了由ATCG四种符号组成的人类遗传密码的真实面貌。通过生物信息学的方法对基因组信息进行挖掘对于鉴定遗传性疾病、表征驱动癌症进展的突变和追踪疾病爆发极为重要。快速下降的测序成本以及生物信息技术的发展，使得人类基因组研究相关的一系列性技术出现。如基因检测，基因诊断、基因治疗、靶向药物等医学新手段。生物医学
2021-05-26 14:24:59
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原创 转录组数据分析在生物医学领域的应用
简介随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。RNA-Seq利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA 反转录而成cDNA文库进行测序，通过统计相关读段(reads)数计算出不同
2021-05-25 15:25:05
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1
原创 基因分型分析
研究人员能够利用基因分型来研究遗传变异，例如单核苷酸多态性（SNP）和较大的DNA结构变化。新一代测序（NGS）和芯片等高通量基因组技术能让研究人员在分子水平上更深入地了解疾病病因。由于能引起疾病的基因组靶点可能有很多个，因此分析需要灵活性和准确性。SNP基因分型和拷贝数变异（CNV）数据分析工具可以分析数百万个标记和探针的结果，并检测样本离群值，预测基因变异的功能性后果。...
2021-05-19 15:15:37
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原创 基因分型分析之全外显子组分析
简介全外显子组测序是一种广泛使用的新一代测序（NGS）方法，涉及基因组蛋白质编码区域的测序。人类外显子组所占基因组的比例不超过2%，但它包含了约85%已知与疾病相关的变异，这使得该方法成为全基因组测序的一种经济高效的替代方法。外显子组测序可检出编码外显子的变异，能够扩大靶向内容，包括非翻译区（UTR）和microRNA，可以获得基因调控的全面视图。当无法进行或没有必要进行全基因组测序时，外显子组测序是一种经济有效的替代方法。只对基因组的编码区域进行测序，使研究人员能将资源集中在最有可能影响表型的基因上，周
2021-05-18 15:22:21
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原创 全基因组多位点序列分型
简介多位点序列分型（multilocus sequence typing, MLST）是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。MLST操作简单，结果能快速得到并且便于不同实验室的比较，已经用于多种细菌的流行病学监测和进化研究。随着测序速度的加快和成本的降低，以及分析软件的发展，MLST逐渐成为细菌的常规分型方法。随着二代测序技术提供了快速、经济高效的细菌基因组测序方法，以及分析软件的发展，全基因组多位点序列分型（wgMLST）技术逐渐取
2021-05-14 15:31:58
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原创 生物医学数据统计分析-回归分析
简介回归分析是通过一定的数学表达式描述变量之间的数量变化关系，并进行预测。回归分析分为：一元线性回归分析，多元线性回归分析，非线性回归分析，曲线估计，时间序列的曲线估计等模型。回归分析和相关分析都是研究变量间关系的统计学分析方法，在回归分析中，变量Y成为因变量，自变量X可以是随机变量；而相关性分析中，X,Y都是随机变量。常见的回归分析方法有直线回归，多重线性回归，Logistic回归等。回归模型的选用直线回归：如果回归分析中的残差服从正态分布（大样本时无需正态性），残差与自变量无趋势变化，则直线回归
2021-05-13 09:58:59
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原创 生物统计分析之生存分析
简介生存分析(Survival analysis)是指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断，研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法，也称生存率分析或存活率分析。临床医学数据生存分析是将临床医学中事件的现象与结果（终点事件）和出现临床现象与结果经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法。生存分析的目的1.描述生存过程：预测不同时间的总体生存率、计算中位生存期、绘制生存函数曲线。统计方法包括Kaplan-Meier（K-M）法、寿命表法。2.比较研究结果：比较不同处
2021-05-13 09:55:21
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原创 生物统计分析之机器学习
简介机器学习的定义为“一个计算机程序通过执行一些任务T得到评价P，从而得到经验E，如果程序能通过任务T和评价P得到更好的经验 E，那么我们就学这个程序进行了机器学习。” 机器学习是否有效往往取决于数据的多少，以及数据的质量。大量高质量的数据可以产生更好的结果。随着医疗行业的发展，产生了大量的临床数据和科学研究数据。大数据和机器学习基于更好的决策，优化后的创新的特点，大大的提高了医生或者科研人员的科学研究和临床试验工作效率。通过对研发部门，医生和诊所，病人，护理人员等记录的临床或者科研数据进行收集，利用机器
2021-05-11 15:20:22
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原创 生物统计分析之ROC曲线分析
简介受试者工作特征曲线( receiver operating characteristic curve ， ROC 曲线)，又称为感受性曲线( sensitivity curve )，是比较诊断测试的一种方法。随着接受者灵敏度的提高，假阳性的数量会随之增加。 因此， ROC 曲线实际上反映了特异性与灵敏度的关系，它是真阳性率与假阳性率的关系图。其背后的逻辑是，如果一项测试没有诊断能力，那么它产生真阳性或假阳性的可能性是相同的。随着诊断能力的增加，即特异性的提升，真阳性率上升，假阳性下降。 在临床诊断中R
2021-05-10 15:31:19
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原创 生物统计分析之主成分分析（PCA）
简介在医学统计中，尤其是在临床实验中，每个观测对象记录的观测结果包含多个反应变量（Respone Variables）。例如，血记录有收缩压、舒张压、脉压等，这种有多个变量的数据称为多变量数据。主成分分析是多变量分析方法中的一种分析方法，常见的多变量分析方法还包括多变量方差分析（Multivariate analysis of variance，MANOVA）、因子分析（Factor analysis）、典型相关（Canonical correlation analysis）、以及聚类分析（Cluster
2021-05-08 13:37:55
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原创 统计分析之聚类分析
简介聚类分析，是一种将随机现象归类的统计学分析方法，在不知道应分为多少类合适的情况下，试图借助数理统计的方法用已收集到的资料找出研究对象的适当归类方法。在生物医学之中，聚类分析已成为发掘海量信息（包括基因信息）的首选工具。聚类分析数据探索性统计分析方法，按照分类的目的可以分为R型聚类和Q型聚类。R型聚类又称为指标聚类，是指将m个指标归类的方法，其目的是将指标降维从而选择有代表性的指标，是针对变量进行的聚类分析。Q型聚类又称样品聚类，是指将n个样品归类的方法，其目的是找出样品间的共性，是针对样本的聚类分析。
2021-05-06 15:09:19
3055
原创 生物医学数据统计分析-相关性分析
相关性分析的概念相关性是一个统计学名词，相关的定义为随机变量之间相互联系的密切程度和方向。在医学研究中，探讨某疾病的发生与哪些因素有关、疾病与疾病之间的关系等，都需要用到相关性分析，它常用于判断两个数值变量之间有无线性关系、相关性的方向和相关性的强弱。在相关分析中，所有变量都是随机变量，它们之间不存在被解释变量和解释变量之间的关系。相关性分析有简单和多元相关，线性相关和非线性相关，正相关和负相关的关系。常用的相关性分析检验方法有线性相关分析法，Pearson 相关分析法，Spearman相关分析法，秩相关
2021-04-30 14:58:50
3257
原创 生物医学数据统计分析-分类资料统计分析
简介临床医生或者研究人员往往在分类资料分析时统计具有某种属性的个体数，调查或科研中清点分类变量资料所得到的数据称之为绝对数。绝对数可以反映研究事物或现象的基本信息，但是不便于相互比较和寻找事物间的内在联系，因此，常常使用相对数（relative number）如率，构成比，相对比等来描述和比较这类资料。 分类变量分为无序分类和有序分类，无序分类包括二项分类和多项分类，如计数资料；有序分类指变量之间有程度的差别，且排列有序，如等级资料。根据不同的资料类型，选用不用的统计分析方法，如Pearson卡方检验，W
2021-04-30 09:52:33
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原创 生物医学数据统计分析-两组或多组计量资料的比较
简介在临床或者基础医学研究中，会对不同的数据资料进行数据记录，其中，计量资料指连续的数据，通常有具体的数值，如临床上的身高、体重、血压、血红蛋白、胆红素和白蛋白等。以及基础医学研究中比较患者和正常人的血清铁蛋白、血铅值、不同药物的溶解时间、实验鼠发癌后的生存日数、护理效果评分等。针对不同的数据类型采取不同的统计分析方法，如t检验，秩和检验等。t检验，亦称student t检验（Student’s t test），主要用于样本含量较小，且分布符合正态分布的样本。t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率，从
2021-04-28 16:22:43
5751
原创 CRISPR验证分析
简介运⽤ CRISPR/Cas9 ⾼通量筛选技术在肿瘤细胞进⾏阳性或阴性筛选，可以对靶向候选基因向导 RNA 进⾏富集，从中可挖掘肿瘤耐药基因或寻找肿瘤治疗的新靶点。根据客户需求，我们可开展基于 CRISPR 技术的不同的筛选实验。近年来，CRISPR-Cas9系统被不断改进，已逐渐成为适用于各类生物基因编辑的强大工具。无论是在DNA水平上进行单碱基编辑、小片段缺失、突变，还是在RNA水平上转录调控RNA、实现RNA干扰，或是基于表观遗传学调控DNA甲基化等各方面的研究，都给科研工作者带来极大的便利。
2021-04-28 09:46:18
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原创 临床宏基因组学的应用
简介宏基因组( Metagenome）是生境中全部微小生物遗传物质的总和，它包含了可培养的和不可培养的微生物的基因组。宏基因组学就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以测序技术和生物信息学分析技术为研究手段，对微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及微生物与环境之间的关系进行研究。从而解读微生物群体多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。临床宏基因组学-Clinical metagenomic next-generatio
2021-04-26 14:14:55
847
原创 宏基因组在传染病研究中的应用
简介宏基因组学研究广泛应用于土壤、水体等环境样本，以及与人类疾病相关的微生物群落的生物多样性分析。由于宏基因组学无需单独对病原体（如病毒、细菌，真菌和/或寄生虫）分离培养，通过核酸提取纯化可以直接分析临床样本，为传染病病原尤其是未知病原检测提供了新的技术手段和思路。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)可以得到样本中全部物种的基因组，通过生物信息学分析技术根据唯一可识别的DNA和/或RNA序列，从而能同时识别所有致病病原体，极大减少逐个排除可疑病原所耗费的时间及人力物力，并可对未知病原或已知变异较大病原进行
2021-04-24 09:50:07
614
原创 传染病研究-非靶向下一代宏基因组测序（mNGS）分析
简介与靶向mNGS有针对性的增加目标微生物的序列数据数量和比例相比较，非靶向mNGS分析在建库过程中不使用特异性引物或探针对样本进行扩增，从而对整个样本中的DNA和/或RNA进行测序。非靶向宏基因组测序需要对临床样本中的所有微生物和宿主核酸进行无偏鸟枪测序。分别构建分离的DNA和RNA文库（需要反转成cDNA），DNA文库用于鉴定细菌、真菌、DNA病毒和寄生虫，而RNA文库用于鉴定RNA病毒和基于RNA测序的人类宿主转录组分析。用非靶向的下一代宏基因组测序（mNGS）方法对各种患者样本以及培养的微生物菌落
2021-04-23 14:09:04
1338
原创 传染病研究-靶向下一代宏基因组测序（mNGS）分析
简介在临床检测实验室，临床样品中病原体常规检测的范围包括鉴定培养中的微生物，如通过生化表型检测或基质辅助激光解吸/电离（MALDI）飞行时间质谱法，以及检测生物体特异性生物标记物，如抗原用乳胶凝集试验或酶联免疫吸附试验（ELISA）抗体试验，或用PCR对单个样本进行核酸试验。但是通过这些检测方式一次只能检测一种或有限的病原体。通过靶向下一代宏基因组测序有针对性的检测方法有利于增加序列数据中病原体读取的数量和比例，可以提高对目标微生物的检测灵敏度。靶向NGS分析的方法有： 1. 使用高度保守的引物对临床样
2021-04-22 10:29:36
2368
原创 带你初步了解基因表达调控
简介基因表达调控机制是后基因组时代一个重要的研究内容。基因正确的表达有赖于一个复杂的调控系统而转录因子与转录因子结合部位的相互作用是这一系统的重要组成部分。不同的转录因子对外界环境的各种刺激或不同发育阶段的各种信号做出反应，结合于转录调控元件，激活或抑制基因的转录从而控制不同基因的表达。因此，进行基因表达调控研究需要确定基因组序列中的转录因子结合部位。随着基因组序列信息的日益丰富，计算方法和数据库的不断完善，生物信息学的应用将日益广泛，生物转录调控机制也将逐步得到阐明。...
2021-04-19 09:27:26
4699
原创 基因调控分析之非编码RNA
非编码RNA简介非编码 RNA (ncRNA) 是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 RNA 分子。非编码 RNA 除了在转录和转录后水平上发挥作用外，还在基因表达的表观遗传学调控中发挥重要作用。在真核生物基因组中，大约 90% 的基因是转录基因，在这些转录基因中只有 1-2% 编码蛋白质，其他大多数转录为非编码RNA。非编码 RNA 可分为两种主要类型：基础结构型ncRNA和调控型ncRNA。基础结构型 ncRNA 在翻译和剪接中起着类似于管家基因的作用，包括核糖体 RNA(rRNA)、转移 RNA(
2021-04-15 16:44:38
7920
原创 基因调控分析之转录因子结合位点分析
简介基因表达调控机制是后基因组时代一个重要的研究内容。其中，转录因子通过特异性结合调控区域的DNA序列来调控基因转录过程。转录因子(Transcription Factors，TFs)，是指能够以特定序列与基因专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。许多转录因子充当着主调节因子和选择基因的角色，控制着细胞类型的决定、发育模式和特定途径控制(如免疫反应)的过程。转录因子结合位点（Trans
2021-04-14 14:56:37
5559
原创 蛋白质翻译后修饰分析简介
蛋白质翻译后修饰蛋白质翻译后修饰 (Protein post-translational modifications，PTMs) 通过功能基团或蛋白质的共价添加、调节亚基的蛋白水解切割或整个蛋白质的降解来增加蛋白质的功能多样性。蛋白质组中任一蛋白质都能在翻译时或翻译后进行修饰。不同类型的修饰都会影响蛋白质的电荷状态、疏水性、构象或稳定性，最终影响其功能。这些修饰包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、脂质化和蛋白水解。相较于没有发生修饰的蛋白，PTMs会导致特定序列分子量的增加。在蛋白翻译后
2021-04-13 13:39:47
8350
原创 甲基化调控分析
简介甲基化(methylation)为DNA化学修饰的一种形式，是蛋白质和核酸的一种重要的修饰。能够在不改变DNA序列的前提下，能够调节基因的表达和关闭，改变遗传表现。与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病的发生密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。而DNA甲基化是DNA化学修饰的一种形式，是DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNMT）的催化作用下，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作为甲基供体，通过共价结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DN
2021-04-12 14:22:28
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原创 代谢网络分析
简介代谢处于生命活动调控的末端，是驱动生命过程的化学引擎，产生能量来驱动各种细胞过程，降解和合成许多不同的分子。代谢网络把细胞内所有生化反应表示为一个网络，反映了所以参与代谢过程的化合物之间以及所有催化酶之间的相互作用，是对细胞代谢的抽象表达。研究代谢网络能帮助我们更好地认识和利用细胞代谢过程，从而促进疾病基础研究，药物开发等方向的发展。另一方面，网络的拓扑结构是网络形成和进化的反映，研究代谢网络的结构特征，能帮助我们认识代谢网络的形成演化机理，从而更好地理解疾病发生发展过程以及生命进化过程。应用领域
2021-04-10 15:44:04
2003
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