【PySCF学习2】-分子结构之基组

最新推荐文章于 2024-11-25 02:47:50 发布

electrochemjy

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分类专栏： PySCF 文章标签：学习 python DFT PySCF

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本文介绍了在PySCF中如何为分子原子指定基组，包括所有原子使用同一基组、混合基组、自定义基组（使用gto.basis.parse()）和从数据库调用基组（gto.basis.load()）。通过示例展示了不同方法的用法，帮助理解分子计算中基组的选择和定义。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

基组

在上一次推送【PySCF学习1】-分子结构之定义分子，定义分子时要对分子原子指定所用的计算基组，本文章则主要是介绍一下对原子指定基组时的一些操作。

所有原子均使用同一个基组

定义分子统一使用 STO-3G 基组

from pyscf import gto
mol = gto.Mole()
mol.atom = '''8 0 0 0; h:1 0 1 0; H@2 0 0 1'''
mol.unit = 'B'
mol.basis = 'sto-3g'
mol.build()

使用混合基组(不同原子使用不同基组)

定义分子中标记原子采用特定的基组

from pyscf import gto
mol = gto.Mole()
mol.atom = '''8 0 0 0; h:1 0 1 0; H@2 0 0 1'''
mol.unit = 'B'
mol.basis = {'O': 'sto-3g', 'H': 'cc-pvdz', 'H@2': '6-31G'}
mol.build()

自行定义基组(gto.basis.parse())

可以使用gto.basis.parse()函数自行定义描述元素原子轨道所用的轨道指数、收缩指数

mol.basis = {'O': gto.basis.parse('''
C    S
     71.6168370              0.15432897
     13.0450960              0.53532814
      3.5305122              0.44463454
C    SP
      2.9412494             -0.09996723             0.15591627
      0.6834831              0.39951283             0.60768372
      0.2222899              0.70011547             0.39195739
''')}

这里是使用了C元素对应的STO-3G基组信息来描述O元素

从数据库中调用任意基组(gto.basis.load())

可以使用gto.basis.load()函数从数据库中调用任意基组来描述原子轨道，比如调用C元素的STO-3G基组来描述H元素

mol.basis = {'H': gto.basis.load('sto3g', 'C')}

实际上H元素对应的STO-3G基组信息应该是：

H     0
S    3   1.00
      0.3425250914D+01       0.1543289673D+00
      0.6239137298D+00       0.5353281423D+00
      0.1688554040D+00       0.4446345422D+00

而C元素对应的STO-3G基组信息是：

C    S
      0.7161683735E+02       0.1543289673E+00
      0.1304509632E+02       0.5353281423E+00
      0.3530512160E+01       0.4446345422E+00
C    SP
      0.2941249355E+01      -0.9996722919E-01       0.1559162750E+00
      0.6834830964E+00       0.3995128261E+00       0.6076837186E+00
      0.2222899159E+00       0.7001154689E+00       0.3919573931E+00