关于QC样本的制备与分析

在做代谢组学分析的时候,经常会听到QC,QC是样本检测过程中必不可少的一部分,可用于考察方法的稳定性和重复性,今天给大家分享一篇QC的科普贴。如有疑问和不足,欢迎留言

QC样本的制备

  • 混合相同体积的所有待检测样本,然后按照与待测样本相同的前处理方法来处理QC样本,之后进样进行LC-MS分析。

  • 样本检测时,通常在检测最开始运行几次QC样本,之后根据样本量的大小在每检测几个样本之后检测一次QC样本。

 

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(图片来源:Want E J, Wilson I D, Gika H, et al. Global metabolic profiling procedures for urine using UPLC–MS. Nature protocols, 2010, 5(6): 1005-1018.)


 

方法学考察

  • 方法一:

  • 最早使用的一种方法,从QC样本的总离子流图中选择具有代表性的离子峰(覆盖不同的保留时间,不同的强度),在对QC样本进行重复检测之后,计算这些离子的保留时间以及峰面积的相对标准偏差(RSD),用以考察分析方法的稳定性以及重复性。


  • 方法二:

  • 所有样品检测完之后,收集所有的QC样本的原始数据进行数据预处理,包括(峰提取,排列,归一化等),经过数据过滤(80%规则)之后,计算剩下的峰的峰面积的RSD值。

  • 通常如果在一个样本中有超过70%的化合物的RSD值小于等于30%,则证明该方法有良好的稳定性以及重复性,所得到的数据可靠(也有不同的评价标准,比如要求LC-MS数据小于20%GC-MS数据小于30%等)。

 

图片

 

  • 图中柱形图表示化合物在不同RSD范围内的百分比分布折线图表示在不同RSD范围的累计百分比


  • 方法三:

  • 原始数据经过数据预处理之后,将所有样本(包括QC样本)进行PCA分析,在得分图中观察QC样本的聚集程度。

 

图片

  • 由于QC样本是 等量混合了所有的被检测样本,理论上QC样本包含了所有样本中的代谢物,因此QC样本理论上会分布在原点周围

  • 图中QC样本紧密聚集,证明方法稳定,重复性良好


  • 方法四:

  • 采用混合标准品作为QC,该QC通常包含不同物理化学性质的体内和体外代谢物(使所选择的化合物具有代表性)

  • 检测结束后,计算这些化合物的保留时间以及峰面积的RSD用以对分离分析方法进行评价。


参考文献

  • Want E J, Wilson I D, Gika H, et al. Global metabolic profiling procedures for urine using UPLC–MS. Nature protocols, 2010, 5(6): 1005-1018.

  • Dunn W B, Broadhurst D, Begley P, et al. Procedures for large-scale metabolic profiling of serum and plasma using gas chromatography and liquid chromatography coupled to mass spectrometry. Nature protocols, 2011, 6(7): 1060-1083.

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