生信
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小青儿
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VCF格式解读与Pyvcf模块对其的处理
一、VCF格式解读1、vcf格式说明VCF格式:Variant Call Format,用于记录variants (SNP / InDel)的文件格式,关于其说明,详见:http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1268/how-should-i-interpret-vcf-files-produced-by-the-gatk2、vcf文...原创 2018-12-08 17:30:22 · 2988 阅读 · 3 评论 -
samtools用法
文章目录samtools命令indexing功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入samtools命令sa...原创 2018-12-16 11:21:15 · 2371 阅读 · 0 评论 -
bedtools,vcftools,bcftools的功能区别
一、bedtoolsbedtools的功能主要是:1、基因坐标的计算:交集(intersectBed,windowBed);邻集(closest);补集(complement);差集(subtract);合并(merge,合并重叠或相接的区域);聚类(cluster,聚类重叠或相接的区域);排序(sort);random,随机产生一个区间;注释(annotate);multiinter,多个...原创 2019-01-16 21:10:36 · 6675 阅读 · 0 评论 -
bcftools的功能介绍
bcftools的功能介绍bcftools与vcftool一致的地方,都可以处理vcf文件。但是两个的功能又有不一致的地方,上一篇博客讲述了vcftools的功能,本片着重介绍bcftools的功能。1. view可以用于bcf个vcf的格式转换。还可以对vcf文件进行过滤。主要包括根据样品、基因型、突变类型、是否分型等等条件。2.concat和mergeconca可以进行vcf的“...原创 2019-04-23 20:50:44 · 7731 阅读 · 0 评论 -
R语言多种图像的排列布局,par(),layout()
在R中使用函数par(),layout()可以很容易组合多副图为一副总括图形。一、par() 用法在par 函数中使用图形参数mfrow=c(nrows,ncols)来按照行填充的行数为nrows,列数为ncols的图形矩阵。也可以使用mfcol=c(nrows,ncols)举例:> data(mtcars)> attach(mtcars)> opar <- p...原创 2019-09-04 21:31:54 · 29430 阅读 · 2 评论 -
conda常用命令
conda 是一个开源的软件包,可管理环境变量,一键安装各种软件、以及该软件所依赖的其他软件。下面介绍一下conda的使用方法1、 首先加入频道镜像conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forgeconda config --add channels genomedk2、查看已添加频道...原创 2019-09-09 20:22:17 · 945 阅读 · 0 评论