bcftools的功能介绍
bcftools与vcftool一致的地方,都可以处理vcf文件。
但是两个的功能又有不一致的地方,上一篇博客讲述了vcftools的功能,本片着重介绍bcftools的功能。
1. view
可以用于bcf个vcf的格式转换。还可以对vcf文件进行过滤。主要包括根据样品、基因型、突变类型、是否分型等等条件。
2.concat和merge
conca可以进行vcf的“纵”向合并,比如不同染色体的vcf文件,或者snp和indel进行的合并。但是样品顺序必须保持一致。
merge可以进行vcf的“横”向合并,比如单个样本的vcf文件的合并。
concat和merge的共同点是输入文件必须是bgzip压缩,且有索引。
3.index
建立.tbi和.csi的索引。文件必须是gbzip的压缩。
4.query
query可以定制vcf文件的格式,比如染色体、ref、alt、基因型、样品名的顺序或者其他。
5.sort
可以对vcf文件排序,按照染色体。
6.reheader
可以编辑vcf文件的header,也可以更新vcf文件中的样品名。
7.annotate
用于注释vcf文件,我们可以向vcf文件添加我们想更新的内容,也可以对vcf文件去除某些注释信息,或者某些样本