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RSS订阅原创 conda常用命令
conda 是一个开源的软件包，可管理环境变量，一键安装各种软件、以及该软件所依赖的其他软件。下面介绍一下conda的使用方法1、 首先加入频道镜像conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forgeconda config --add channels genomedk2、查看已添加频道...
2019-09-09 20:22:17
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原创 图形布局的精细控制fig()函数
上一篇介绍了par()和 layout()，这一篇介绍一下fig()用法fig=c(x1,x2,y1,y2)，其中x1,x2,y1,y2分别对应一幅图的4个角。举例：> data("mtcars")> attach(mtcars)> opar <- par(no.readonly = TRUE)> par(fig=c(0,0.8,0,0.8))> ...
2019-09-05 21:40:07
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原创 R语言多种图像的排列布局，par（），layout（）
在R中使用函数par()，layout()可以很容易组合多副图为一副总括图形。一、par() 用法在par 函数中使用图形参数mfrow=c(nrows,ncols)来按照行填充的行数为nrows，列数为ncols的图形矩阵。也可以使用mfcol=c(nrows,ncols)举例：> data(mtcars)> attach(mtcars)> opar <- p...
2019-09-04 21:31:54
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原创 bcftools的功能介绍
bcftools的功能介绍bcftools与vcftool一致的地方，都可以处理vcf文件。但是两个的功能又有不一致的地方，上一篇博客讲述了vcftools的功能，本片着重介绍bcftools的功能。1. view可以用于bcf个vcf的格式转换。还可以对vcf文件进行过滤。主要包括根据样品、基因型、突变类型、是否分型等等条件。2.concat和mergeconca可以进行vcf的“...
2019-04-23 20:50:44
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原创 bedtools，vcftools，bcftools的功能区别
一、bedtoolsbedtools的功能主要是：1、基因坐标的计算：交集（intersectBed，windowBed）；邻集（closest）；补集（complement）；差集（subtract）；合并（merge，合并重叠或相接的区域）；聚类（cluster，聚类重叠或相接的区域）；排序（sort）；random，随机产生一个区间；注释（annotate）；multiinter，多个...
2019-01-16 21:10:36
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原创 samtools用法
文章目录samtools命令indexing功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入samtools命令sa...
2018-12-16 11:21:15
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原创 VCF格式解读与Pyvcf模块对其的处理
一、VCF格式解读1、vcf格式说明VCF格式：Variant Call Format，用于记录variants (SNP / InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1268/how-should-i-interpret-vcf-files-produced-by-the-gatk2、vcf文...
2018-12-08 17:30:22
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原创 Linux 命令之awk
Linux 命令之awk学习了将近半年的linux，一直觉得awk命令是最难的，所以我是是能避免就避免用。曾经看过各种网页，包括菜鸟教程，也是只会一些基本的。我比较喜欢在实践中学习知识，在这里给大家实操介绍一下awk。awk命令形式awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ file[-F|-f|-v] 大参数，-F...
2018-12-06 20:48:54
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原创 python和perl基本语法区别（二）
python和perl基本语法区别（二）在上一篇博客当中，主要介绍到关于python和perl关于字符串，列表和数组的一些基本区别。今天我们主要介绍一下python和perl在字典与哈希的区别下篇介绍两者在读写文档的区别。字典与哈希1、在python中，我们存储对象主要有字符串、列表和字典，而字典存储的是key和value两个相互对应的对象。定义：字典用{}来定义； key=&amp;amp;gt;...
2018-12-01 12:13:36
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原创 python和perl基本语法区别（一）
python和perl基本语法区别（一）关于初级生信分析人员，刚进入这个大门时，要常常面对各种语言，尤其是perl和python。我本身用的语言是python，但是最近由于工作的需要，我需要看perl脚本。通过这几天的学习，关于python和perl语言的的一些基本语法区别，分享一下心得。这一篇重点关注一下基本概念：包括字符串，列表和数组:下一篇讲解：字典与哈希，还有读写文件的区别。...
2018-11-29 22:53:36
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空空如也
空空如也
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