Python手册(Python Basics)--RPy2

概述

Python是一种流行的通用脚本语言，而R(S/Splus语言的开源实现)是一种主要用于数据分析，统计和图形的脚本语言。rpy2 是一个嵌入在Python进程中的R接口.

pip install rpy2

子模块

• rpy2.rinterface: Low-level interface to R，Close to R’s C-level API.当速度和灵活性最重要时
• rpy2.robjects: High-level interface,Based on the previous one.当易用性最重要时
• rpy2.interactive: High-level interface,Largely based on rpy2.robjects.当注重交互式工作时
• rpy2.rpy_classic: High-level interface，这是出于兼容性原因提供的，也是为了便于RPy-1.x迁移到RPy2。
• rpy2.rlike: 数据结构和函数，以模仿纯Python中的一些R特性和特性（无嵌入式R过程）。

IPython魔法接口(rmagic)

Rmagic: 用于在ipython中与R进行交互式工作的Magic命令。％R和%% R分别是单行和单元格(cell)的magic命令。
Usage: 要运行magics below,，先执行 %load_ext rpy2.ipython

• %R

  %R [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-n] [-w WIDTH] [-h HEIGHT] [-p POINTSIZE]
  
  [-b BG] [–noisolation] [-u {px,in,cm,mm}] [-r RES] [-c CONVERTER] [code [code …]]
  

• %% R:

  In [10]: %%R
     ....: Y = c(2,4,3,9)
     ....: summary(lm(Y~X))
  

  通过用分号连接来执行多个R表达式

  In [9]: %R X=c(1,4,5,7); sd(X); mean(X)
  Out[9]: array([ 4.25])
  

  默认情况下，在 %% R 模式下，没有任何内容返回到python。对象可以通过行中的-i -o标志在rpy2和python之间来回传递：

  In [14]: Z = np.array([1,4,5,10])
  
  In [15]: %R -i Z mean(Z)
  Out[15]: array([ 5.])
  
  In [16]: %R -o W W=Z*mean(Z)
  Out[16]: array([  5.,  20.,  25.,  50.])
  
  In [17]: W
  Out[17]: array([  5.,  20.,  25.,  50.])
  

• %Rpush and %Rpull

  %Rpush [input] : pushes variables from python to rpy2
  %Rpull [outputs outputs …] : pulls variables from python to rpy2

  In [8]: X = np.array([4.5,6.3,7.9])
  In [10]: %Rpush X
  In [11]: %R mean(X)
  Out[11]: array([ 6.23333333])
  
  In [18]: _ = %R x = c(3,4,6.7); y = c(4,6,7); z = c('a',3,4)
  In [19]: %Rpull x  y z
  In [20]: x
  Out[20]: array([ 3. ,  4. ,  6.7])
  

• %Rget

  %Rget output 从rpy2返回一个对象，可能是一个结构化数组（如果可能的话）。与Rpull类似，除了只接受一个参数并返回值而不是推送到self.shell.user_ns

  In [3]: dtype=[('x', '<i4'), ('y', '<f8'), ('z', '|S1')]
  In [4]: datapy = np.array([(1, 2.9, 'a'), (2, 3.5, 'b'), (3, 2.1, 'c'), (4, 5, 'e')], dtype=dtype)
  
  In [5]: %R -i datapy
  In [6]: %Rget datapy
  Out[6]:
  array([['1', '2', '3', '4'],
         ['2', '3', '2', '5'],
         ['a', 'b', 'c', 'e']],
        dtype='|S1')