SRA下载
文章平均质量分 91
铭&婵旭
这个作者很懒,什么都没留下…
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linux下下载和安装lftp
之前下载sra数据的方法不行,后来看了一篇博客说用lftp,于是就开始捣鼓下载安装。1、linux服务器下载和安装lftp整个代码如下wget http://lftp.yar.ru/ftp/lftp-4.9.2.tar.gztar -xvf lftp-4.9.2.tar.gzcd lftp-4.9.2.tar.gz./configure --prefix="/software/lftp-4.9.2/usr/local"说明:1)压缩包是下载在我服务器software目录下的,所以上面的代原创 2020-12-06 15:25:23 · 5443 阅读 · 2 评论 -
linux下使用Aspera Connect、wget和lftp下载sra数据
参考链接:https://www.jianshu.com/p/680e8d7205161. 下载Aspera Connect:在命令行输入如下命令wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz2. 解压:tar zxvf...原创 2019-10-11 21:52:59 · 3902 阅读 · 4 评论 -
Windows系统下载SRA数据,使用sratoolkit工具
上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件,这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。一、工具下载1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你需要的sratoolkit,我是Windows 64位,于是就是下载倒数第二个。2.下载原创 2020-09-14 20:57:51 · 18308 阅读 · 30 评论 -
Linux下把sra文件转成fastq文件
记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤转换文件需要使用sratoolkit软件,所以首先要下载,先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件,新建文件夹命令:mkdir software,然后就在这个文件夹下载软件了。1. 在Linux下直接用wget来下载,输入如下命令:wget http://ftp...原创 2019-10-25 21:04:54 · 12988 阅读 · 14 评论