一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径,是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘,所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘,于是按照下面操作更改package存放目录。
1.打开RStudio,在控制台输入.libPaths(),会显示如下结果,这是默认的package存放目录。
.libPaths()
#[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0"
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"
2.输入
file.edit('~/.Renviron')
就会打开.Renviron配置文件,在这个文件输入这句代码
R_LIBS_USER="D:/rpackage"
其中rpackage这个文件夹是自己在D盘创建的。保存该文件,然后关闭RStudio,重新启动。再次在控制台输入.libPaths(),得到如下结果:
.libPaths()
#[1] "D:/rpackage"
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"
我们可以看到package的存放目录更改为自己创建的文件目录了。
二、GEOquery包的下载
1.在install package里面直接输入GEOquery不能下载成功,会出现这样问题。
2.去查找百度,一个类似问题,别人是安装impute包失败,报错:package ‘impute’ is not available (for R version 3.6.1)。链接:https://blog.csdn.net/helloworld987456/article/details/105473770/
借鉴人家的,然后找到了GEOquery的新安装方式,发现这段代码主要针对3.6以上的R版本我运行成功。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")