记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤
转换文件需要使用sratoolkit软件,所以首先要下载,先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件,新建文件夹命令:mkdir software,然后就在这个文件夹下载软件了。
1. 在Linux下直接用wget来下载,输入如下命令:
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
2. 在当前目录解压下载的压缩包,输入如下命令:
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
3. 为了避免因升级而需要修改配置文件,把软件的版本号去了,该名字为sratoolkit
mv sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64 sratoolkit
4. 在sratoolkit文件夹下查看绝对路径
[wuchan@login sratoolkit]$ pwd
/share/home/wuchan/software/sratoolkit
[wuchan@login sratoolkit]$ ls
bin CHANGES example README-blastn README.md README-vdb-config schema
5. 配置环境变量,用的是vi编辑文本命令
vi ~/.bashrc