linux下使用Aspera Connect、wget和lftp下载sra数据

本文介绍了在Linux环境下,如何使用Aspera Connect、wget和lftp下载SRA数据。详细步骤包括Aspera的下载、安装和配置,以及使用不同工具下载SRA数据的命令和注意事项。文章还提到了SRA数据的分类,并给出了处理下载中断的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考链接:https://www.jianshu.com/p/680e8d720516

1. 下载Aspera Connect:在命令行输入如下命令

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

2. 解压:

tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

3. 安装:

bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh

4. 查看是否有.aspera文件夹,去根目录,输入:ls -a #,若看到.aspera文件夹,代表安装成功

5. 永久添加环境变量:

打开~/.bashrc文件,y用vi ~/.bashrc

输入i,切换成编辑命令

export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' 

Esc,回到命令行

:wq,保存退出

~/.bashrc, 让配置生效

6. 查看帮助文档,验证是否可以调用:

ascp --help

PS:我输入这个命令出现

所以我进行如下操作

之后输入:.aspera/connect/bin/ascp --help 命令就能正常使用aspera工具。

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