nib和itk读取nii数据的差异——一个自己调了半天的bug复盘

前情提要：用nibable读取nii格式数据，三个方向的网络输出loss总出现nan？

找原因：debug看到某几个病例的img就是nan，但用3D Slicer看数据没什么问题，大惊

结果分析：

origin_array = np.float32(sitk.GetArrayFromImage(
        sitk.ReadImage(os.path.join(origin_path, i))))  
##使用simpleitk读取的array里很小的数值为0，非-inf

np.array(nib.load('/data/histo_set/732_new_woADCset/153358_cm/153358 T2Sag 0.nii').get_fdata(), dtype="float32")     
##而使用nibable读物的array里出现了很多的-inf

print(len(a[np.isnan(a)]))   ##统计array里面为Nan的个数

print(len(a[~np.isnan(a)]))  ##统计array里面非Nan的个数

###如何解决？用itk读取的array维度会变，不一致为128，128，64，所以最好还是用nibable读

data = np.nan_to_num(a,neginf=0)  ##用0值代替-inf

## 下面是验证是否满足以上的推断

b=data.transpose(2,1,0)  ##为nibable读取的array（128，128，64）
origin_array  ##为itk读取的array（64，128，128）
##若两个矩阵完全相同，则验证成功

 经验证，将nib读取的-inf转为0后，和itk读取的矩阵转置后相同，即验证成功

反思：没想到读取数据居然也暗藏玄机，调试花费了大量时间，谨以此贴，铭记在心！