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RSS订阅原创 不间断更新--Zotero安装/插件配置/实操
火狐，Edge，谷歌都可以安装，我这里用的火狐。安装完成后在插件拦将插件固定在栏目条上，一般这个插件的图标会有两种形态，如下图所示，一个是文档图标，一个是文件夹图标，我猜这是因为当前页面Zotero所识别的文件个数区别，文件大于1个就会显示为文件夹。4. 导入的文献我最关心的问题是，文献信息是否获取完全，检查后发现信息非常全面，甚至比web of science的亲儿子endnote还要全面，实在不明白为什么。1. 安装的方式推荐两个，一是直接在ubantu自己的应用中心进行安装，安装的时候可以选择版本。
2024-10-19 20:58:00
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原创 Alphafold3预测蛋白互作及查看互作位点
4. 导入数据进行分析，数据类型也可以是RNA或者DNA序列。分析的时间和你导入的序列大小相关，我尝试过转录因子和启动子的预测，由于序列较小，整个过程只需要不到10分钟。，这里需要进行账号注册，需要谷歌邮箱账号，只要科学上网后就可以申请账号。注：目前国内手机号可以用，所以注册过程很快。9. 经过修改处理后可以清晰看到预测互作位点，这时就可以结合文献资料进行互作结果的解读。7. 下载的数据里面，我们把cif文件用pymol打开并查看互作位点。8. pymol可以从官网下载。
2024-10-14 22:20:59
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原创 植物类研究-R语言数据可视化#1-veen图绘制及数据提取
2. 确定文件的路径，因为后续的数据读入需要，这里可以用file.choose()来进行，输入命令后会手动选择文件，之后会输出具体文件路径。1. 将需要进行分析的文件转化为csv文件或txt文件。这里我使用的是txt文件格式，只需要将execl中的数据复制过来就行。背景：转录组数据得到之后想对差异表达基因进行veen分析。由于还要进行后续分析，因此还需要对交集的结果进行提取。新手记录，如有不足，请指出！3. 绘制veen图的完整代码如下。
2024-09-28 17:23:45
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原创 利用motifStack将homer结果可视化#2#更新-已解决
用法：只需要替换你的文件路径就行，然后就是原始的文件中，就是>后面的内容，需要手动修改一下，因为最终呈现出来的单个logo名字是按照这个来的。#为了解决pcm的格式问题，我看了motifStack的原文档，但是没找到。如果有大佬知道，还请告知，小弟给你跪一个。#于是想到是否可以将我们前面设置的矩阵文件导出成pcm呢？至于怎么美化，就按照喜好来就行。
2024-06-24 01:49:38
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原创 利用motifStack将homer结果可视化#1
这里目前四列的还没有命名，系统给出的默认命名时V1，V2，V3，V4所以，我们先给四列进行命名，分别是ACGT。由于需要把外部motif文件读入到程序中，因此我们首先要知道文件存在的路径，可以手敲，还有一种方便的方法来获取文件路径，file.choose()，运行这条命令后会弹出文件选择框，选择好文件后会列出文件的路径信息。由于我没有进行富集分析，所以最终输出的结果中也没有富集的结果，其中de nove的结果和knowmotif的结果分别在两个文件夹中，接下来的示例是用knowmotif的结果来展示。
2024-06-23 17:53:10
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原创 homer装载本地基因组，并进行Motifs查找
当我们研究的物种，homer不支持怎么办？通过本地上传基因组文件来解决。前期准备：1. 带检查的目标基因ID。2. 非差异基因ID（用于背景文件）。3. 目标基因组文件，fasta格式。4. 目标基因组的注释文件。gff格式或gtf格式，这里推荐gtf格式，如果没有gff，可以用gffread进行转换。5. 安装好homer等程序包。
2024-06-18 00:37:12
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原创 ubantu安装anaconda，再安装homer，并进行motif查找
找到安装包，并在安装包目录下打开终端，用bash命令进行安装，根据提示进行安装即可，我这里是一路enter+yes过去的，安装目录也是用的默认路径。注：第一次安装时提示我缺少相关命令，gcc，g++，make，于是再sudo apt install ，将这三个命令安装好之后，再进行homer安装即可。这里输入邮箱之后会给你提供下载连接，他会检测你的系统从而提供合适的下载版本，但是需要注意，我这里的系统是ubantu，并不是windows。我看从官网下载也挺快的，而且现在要吃个饭，所以就官网咯。
2024-06-14 13:11:12
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qpcr数据处理，只需替换目标CT值，秒出结果，节约时间
2024-10-09
空空如也
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