homer装载本地基因组，并进行Motifs查找

当我们研究的物种，homer不支持怎么办？通过本地上传基因组文件来解决。

前期准备：

1. 带检查的目标基因ID。

2. 非差异基因ID（用于背景文件）。

3. 目标基因组文件，fasta格式。

4. 目标基因组的注释文件。gff格式或gtf格式，这里推荐gtf格式，如果没有gff，可以用gffread进行转换。

5. 安装好homer等程序包。

1. 装载本地基因组文件

从数据库下载好基因组及其注释文件后，用gunzip命令解压，之后用loadGenome脚本进行装载，我们先输入脚本命令查看一下说明，这里看到gtf并不是必须的格式，gff同样可以使用，但推荐gtf，因此可以使用gffread将gff转换为gtf。

首先用apt命令安装gffread，再执行转换命令，如果不填输出文件路径，则默认当前文件夹

gffread -T <基因组文件.fasta> -o <输出的文件名.gtf>

得到gtf文件后，进行基因组装载，根据loadGenome必填项要求，示例代码如下:

loadGenome.pl -name <自己命名的基因组数据库名字> -fasta <下载好的基因组文件> -gtf <基因组注释文件> -org <null> -promoters <自己命名的启动子数据库名字> -version <根据版本号来定，可不填>

装载完基因组数据后，检查一下是否装载成功

perl configureHomer.pl -list

检查是否有自己命名的项目，有的话就意味着成功。

此时就可以通过基因的ID list进行motifs查找了，但在准备ID list前需要先去检查原始的gff文件，看看文件中对于基因ID是如何记录的，ID list一定要与之对应，背景文件的要求也一样。

建立存放数据的文件夹，之后执行下列命令

findMotifs.pl <目标序列ID.txt> <装载好的启动子数据库> <输出文件路径> -bg <背景文件.txt> -start -2000 -end 100 -mset plants -nogo -len 6,8,10,12,15

最终得到结果，即可进行后续分析。