Alphafold3预测蛋白互作及查看互作位点

#自留存档，有误请指出，感谢！！！

1. 首先要科学上网。

2. 进入Alphafold3官网AlphaFold Server (google.com)，这里需要进行账号注册，需要谷歌邮箱账号，只要科学上网后就可以申请账号。注：目前国内手机号可以用，所以注册过程很快。

3. 确定蛋白序列：我这里是从Uniport上下载的蛋白序列。

4. 导入数据进行分析，数据类型也可以是RNA或者DNA序列。分析的时间和你导入的序列大小相关，我尝试过转录因子和启动子的预测，由于序列较小，整个过程只需要不到10分钟。

5. 分析结果，强烈建议先去查看结果说明

6. 下载互作结果数据，用于后续分析

7. 下载的数据里面，我们把cif文件用pymol打开并查看互作位点

8. pymol可以从官网下载PyMOL | pymol.org

9. 经过修改处理后可以清晰看到预测互作位点，这时就可以结合文献资料进行互作结果的解读

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2024年11月27日更新

接着上面的内容，添加具体如何使用pymol来查看蛋白的互作位点

下载好的互作结果文件中有多个cif文件，这是后续要使用的文件，model后面有数字，这是预测的多个结果，我看网上的教程说数字越小代表可信度越高，但是也不绝对，各位如果有可靠的已经发表或者自己的生化实验结果可以对照查看，这里我就使用model_0来作为示例来进行。

1. 打开pymol软件并打开cif文件。或者把cif文件直接拖拽到pymol软件图标上。打开后可以直接看到蛋白的结构图。pymol的操作按理说有很多教程，这里我也是直接把别人的视频教程整理成了文字档。

2. 更改背景色

Display——Background——white

3. 更改蛋白对象名称和改变目标蛋白颜色

首先在这里点击将选项改为Chains，这样改变后点击蛋白可以选择整个肽链。

选择好之后，右侧的工作框会出现新的项目，点击该项目右侧的A图标来进行rename更名。点击C图标进行改色，这个颜色怎么改就看各自需求。需要注意的是在对一个蛋白进行编辑时，如果是选中状态是明显高亮的，没有选中则是灰色。后续在对不同蛋白进行编辑时需要注意这点，不然编辑对象可能出错。

这里我使用的是海军蓝和松石绿。

4. 查看蛋白互作位点

随便选中一条肽链进行编辑。步骤是A——find——polar contacts——to other atoms in object

之后就会出现类似这种黄色的小棒

先把每条肽链的表示方式换成棍状模式，步骤是S——sticks

5. 对氨基酸残基进行编辑

同样的操作，将左上角的chains改为Residues，这样我们就可以对氨基酸残基进行选中。最好是把所有的互作都选中，我这里偷个懒，只选了一个。

之后隐藏棍状，步骤还是在右侧项目栏中操作。H——sticks

为了凸显出这个互作位点，我们再把主体蛋白模型进行透明化。步骤：setting——Transparence——cartoon——80%

选中残基图层再将其棍状结构显示出来。

之后再进行编辑将其互作位点的氨基酸信息标注出来，步骤：L——residues

当位点很多时，这样不好看，可以再将这些氨基酸信息进行编辑，切换到编辑模式button editing，再按住ctrl用鼠标推拽就可以了。

再将氨基酸信息与对应位点进行连接，setting——label——show connector，这样就更直观了。

怎么去看具体的序列信息？？？也就是互作位点是哪个氨基酸？

1. 右下角有个seq选项。点击之后模型上方就会出现序列框。

2. 再次把鼠标改为view模式，点击这个互作位点，就可以具体显示在序列上的哪个位置，当然这里其实也已经显示了，比如说ASP-39就是说明这条序列上的第39位天冬氨酸