不好好做图的NSC系列(八):ggplot2重现Nature文章多组柱状图+散点，这是一场硬仗

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42090739/article/details/122670374

最近，看到一篇nature文章，整篇文章的图的风格类似于如下图1，因为第一次见这种图，感觉展示效果不错，所以尝试做一下！

图片

Fluhr, L., Mor, U., Kolodziejczyk, A.A. et al. Gut microbiota modulates weight gain in mice after discontinued smoke exposure，Nature，2021.

本来看着Figure1 h很简单，就先复现它了，结果我错了，它真的太麻烦了，网上关于ggplot做多组柱状图深入修饰的教程也比较少。直到最后，我也没有完全复现它的样子。问题是：如何改变分组的填充，但是点的颜色不变！
这篇Nature文章提供了作图数据，在附件Source Data Fig. 1，有Figure1作图需要的所有数据。首先我们读入数据，并通过因子设置变量顺序与原文一致！

setwd("F:/生物信息学/NATURE折线图")
A <- read.csv("A.csv",header = T)
library(ggplot2)
library(forcats)
A$condictions <- as.factor(A$condictions)
A$condictions <- fct_inorder(A$condictions)
A$group <- as.factor(A$group)
A$group <- fct_inorder(A$group)

接着就比较直接了，画柱状图。到这一步，我们需要思考下，一步一步先解决这几个问题，柱状图坐落在坐标上，柱子之间有空隙，改变legend位置为水平，设置x，y轴标题。然后就是这幅图比较特色的地方了，添加分割线，右侧有填充，本来是一个简单的事情，但是由于横坐标不是数字，而是因子，所以这里有点区别。接着添加误差线，我这里选择了stat_summary函数，这个方法比较简单，但是也有自己计算添加的，比较麻烦。这里需要注意的是添加误差线的位置！最后就是比较难的内容了，包括添加散点，添加显著性！到这里真的是做了一天了，但是还是有一个问题没有解决，不能像原文那样，柱子为白色，点为自己的颜色，不知道有没有简单的方法！

ggplot(A, aes(fill=condictions, y=values, x=group))+
  geom_bar(position=position_dodge(1),stat="summary",width=0.7,colour = "black",size=1)+
  theme_classic(base_size = 12)+
  geom_vline(aes(xintercept=as.numeric(as.factor(group))+0.5),linetype=2,cex=1.2)+
  geom_rect(aes(xmin=as.numeric(as.factor(group))+0.5,
                xmax=Inf, ymin=(-Inf),ymax=Inf),
            fill='grey90',color='grey90')+
  geom_vline(xintercept =A$condictions,linetype=2,cex=1.2)+
  geom_bar(position=position_dodge(1),stat="summary",width=0.7,colour = "black",size=1)+
  stat_summary(fun.data = 'mean_se', geom = "errorbar", colour = "black",
               width = 0.2,position = position_dodge(1))+
  theme(legend.direction = "horizontal", legend.position = "top")+
  labs(title = "", y="Fecal calories per g", x = "")+
  scale_y_continuous(limits = c(0,6000),expand = c(0,0))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 12))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12))+
  theme(axis.title = element_text(size = 14))+
  geom_jitter(data = A, aes(y = values),size = 3, shape = 21,
              stroke = 0.01, show.legend = FALSE, 
              position = position_jitterdodge(jitter.height=1,dodge.width = 1))+
  geom_signif(y_position=c(5000,5000,5000,5500), xmin=c(0.6,1.1,1.6,1.9), xmax=c(0.8,1.3,1.8,2.3), 
              annotation=c("**","**","****","****"), tip_length=0, size=0.8, textsize = 7, 
              vjust = 0.3)+
  scale_fill_manual(values = c('#5494cc','#e18283','#0d898a','#f9cc52'))