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热图
TS的美梦
这个作者很懒,什么都没留下…
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玩转单细胞(3):堆叠柱状图添加比例
单细胞比例的展示,常见的是堆叠柱状图,但是有一个小问题,比较上不明显,那么如果将文字比例添加到图上,那么就一目了然了。使用老伙伴geom_text就可以了。更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。改变下分组,看看效果!原创 2023-01-03 13:06:56 · 1066 阅读 · 1 评论 -
单细胞marker基因平均表达量热图
最近有小伙伴问道如下的文献图,简单明了的一种细胞一列进行marker gene表达展示。这个图其实就是展示了平均的细胞表达量而已。此外,顺便复现下基因注释。选择需要的marker gene进行展示,平均表达量使用seurat自带函数AverageExpression进行计算。热图使用Complexheatmap做即可。legend自己修饰一下就可以了。Complexheatmap真的很强大,有很多有用的功能,慢慢的我们探索。原创 2022-12-15 14:33:06 · 2763 阅读 · 0 评论 -
复现PNAS图表:数据整理+聚类离散热图
其实得到数据才是这一篇文章的重点内容,从原始的GO、KEGG分析结果csv文件中,我们挑选需要的通路,还有基因,构建做这个离散热图的文件。这里涉及到一个批量读入文件的操作,其实我们只有三个文件,这样做实属操作过度,不过这里只是一个例子,当你面对几十个文件要读入的时候,想起来这篇文章,获取有用!今天复现一幅PNAS文章中的图,是个热图,重点不是这个热图,而是得到做热图的数据(数据代码已上传qq群)。具体参数感兴趣可自行研究。其实还没有达到完全复现,ggplot是可以很轻松实现的,但这不是我的目的,不弄了。原创 2022-11-21 10:20:58 · 596 阅读 · 0 评论 -
ComplexHeatmap画复杂热图行列注释
之前我们交替介绍了pheatmap和ComplexHeatmap的热图画法,ComplexHeatmap其实是pheatmap的升级版,包含其大多数功能。小编觉得掌握这两个包就可以解决大多数热图问题了,当然了,很多功能我们也没有涉及,因为太细节化了,需要大家自己在实践中探究学习,至于其他的个性化热图呈现我们下节再讲!还是用上节的数据,利用ComplexHeatmap包中的pheatmap函数作图。 setwd("D:/生物信息学")A <- read.csv("行列注释.csv",原创 2021-12-14 11:22:04 · 3091 阅读 · 1 评论 -
热图6:系列终章之“奇形怪状”的热图
走到这里,也代表热图这个系列到最终篇了。最后我们说说一些奇形怪状的热图。其实小编也发现,生物学现在整的不太好的一个方面就是发论文大家太注重图了,反倒忽略了数据的价值。我是认为用合理的图将数据价值表现出来即可,稍加修饰,无需太过。但是很多小伙伴总是看到别人文章新奇的图,比较感兴趣,所以这里也示范一下一些新奇的热图,仅限于小编自己见过的!其他的小伙伴们可以留言分享。一、环状热图顾名思义,环状热图就是圆形的热图,将长形的热图卷一下就可以了。它唯一的好处可能就是热图太长的时候节省空间!用circli原创 2021-12-13 17:50:01 · 1430 阅读 · 0 评论 -
热图5:ggplot2画热图及个性化修饰
这节我们讲下ggplot做的热图。实际上,之前heatmap已经足够了,但是ggplot2画图可以进行一些特殊的个性化修饰,一些比较特殊的热图也是通过ggplot做的。 ggplot2与pheatmap热图对比 读取文件和一些需要的包:setwd("D:/生物信息学")A <- read.csv("行列注释.csv",header = T,row.names = 1)#数据行为基因,列为样本library (ggplot2)library (reshape2)#数据转换req原创 2021-12-08 13:22:27 · 11248 阅读 · 0 评论 -
热图3:热图行列分组信息注释
这次我们要让热图更加复杂化。实际上,有些情况下做热图可能只需要标注对照组、实验组即可。但是大多时候,可以在热图上体现更多信息,比如,除了分组,还有不同得处理、年龄、性别、疾病阶段等等,以及不同功能基因也要分组。因此,需要在热图上添加更多分组信息。下面是我们得示例数据,一个表达举证(数据纯属虚构,分组纯属虚构)第一步,还是将数据读入,加载R包,这里我们使用pheatmap。setwd("D:/tq/热图行列注释")A <- read.csv("行列注释.csv",header原创 2021-12-08 13:18:16 · 19332 阅读 · 2 评论 -
热图2:样品内重复性不好,热图聚不到一起怎么办?
还记得之前我们发过的热图吗?样品之间聚类的时候发现对照和实验组混合到了一起。这是由于样品一致性差造成的,这种情况很多时候都会遇到。一般的做法是放弃列的聚类。但是我不,很多文章也是,我就想样品聚类。怎么办?让聚类按照样本来,把热图裂开来就可以了。这次使用的还是ComplexHeatmap包。读入作图数据、并加载包:setwd("D:/生物信息学")A <- read.csv("基因.csv", header = T,row.names = 1)library(Complex原创 2021-12-08 13:13:07 · 4745 阅读 · 4 评论 -
热图1:画热图只标注感兴趣的基因名称
做组学分析的时候,想用热图展示差异基因的情况。很多时候尤其转录组,可能得到上千个差异基因,这时候画热图不可能将所有基因的名称显示,一方面太啰嗦,一方面放不下。那么这种既想展示差异基因在样本表达中的全局情况,又想显示基因名称(自己感兴趣的或者对于研究比较关键的),怎么操作呢?接着看:首先,准备画热图需要的文件,基因表达矩阵。(示例数据,自己瞎编的,没有任何意义)将数据入读R:setwd("D:/生物信息学")A <- read.csv("热图标注特定基因.csv", heade..原创 2021-12-08 13:05:40 · 2659 阅读 · 7 评论