热图1：画热图只标注感兴趣的基因名称

做组学分析的时候，想用热图展示差异基因的情况。很多时候尤其转录组，可能得到上千个差异基因，这时候画热图不可能将所有基因的名称显示，一方面太啰嗦，一方面放不下。那么这种既想展示差异基因在样本表达中的全局情况，又想显示基因名称（自己感兴趣的或者对于研究比较关键的），怎么操作呢？接着看：

首先，准备画热图需要的文件，基因表达矩阵。（示例数据，自己瞎编的，没有任何意义）

将数据入读R：

setwd("D:/生物信息学")
A <- read.csv("热图标注特定基因.csv", header = T,row.names = 1)

一般情况下用pheatmap画简单的热图，不过复杂的热图就需要用其他的包了，也就是ComplexHeatmap，学会它，在复杂的热图都能搞定。

加载包：

library(ComplexHeatmap)

先绘制一个很常规的热图：

A <- as.matrix(A) #将表达矩阵转化为matrix
samples <- rep(c('Control', 'Treat'), c(3, 3)) #定义样本分组信息  
for (i in 1:nrow(A)) A[i, ] <- scale(log(unlist(A[i, ] + 1), 2)) #对数据进行标准化处理
B <- Heatmap(A,#表达矩阵
        col = colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),#颜色定义
        show_row_names = F,#不展示行名
        top_annotation = HeatmapAnnotation(Group = samples, 
                                           simple_anno_size = unit(2, 'mm'), 
                                           col = list(Group = c('Control' = '#00DAE0', 'Treat' = '#FF9289')),
                                           show_annotation_name = FALSE))#分组注释

 

做出的效果如下：

接下来，注释需要展示的基因信息。手动输入或者做一个列表读入，此外为了方便自己创建了一个gene list。

 

genes <- c("S100A10",
           "S100A11",
           "S100A9",
           "S100A8",
           "ILF2",
           "RPS27",
           "HAX1",
           "SNRPE",
           "SLFN5",
           "CCL5",
           "SYNRG",
           "MLLT6",
           "RPL23",
           "NCOA4",
           "BUD31",
           "TNIP1",
           "KDM6B",
           "SMG1")
genes <- as.data.frame(genes)

将注释信息添加到热图中：

B + rowAnnotation(link = anno_mark(at = which(rownames(A) %in% genes$genes), 
                                      labels = genes$genes, labels_gp = gpar(fontsize = 10))

做出来的效果如下：一张完美的热图出现了！

除了这个方法，也有人自己编写函数，比复杂。我认为这种能简单就简单，达到自己的目的，取得美化的效果就可以了！