3D slicer标签制作

最近用到了整理一下，欢迎指正

以心脏CT为例，对升主动脉，左心房，左心室区域进行标记

1，软件准备：

3D Slicer 下载地址

Download 3D Slicer | 3D Slicerhttps://download.slicer.org/

2，绘制步骤

1，加载数据

选择需要标注的序列后载

加载完毕如下图所示

如果自己没有CT数据，可以使用软件提供的数据。

接下来以软件提供的示例数据进行演示

2，建立分割

3，工具简介

1，No eidting：不编辑(鼠标)；

2，Threshold：阈值；

3，Paint：喷笔，绘制区域

4，Draw：画笔，绘制轮廓

5，Erase：橡皮；

6，Level tracing：将均匀强度区域添加到选定线段(Hu值跟踪)。

7，Grow from seeds：区域生长；

8，Fill between slices：在选定切片上创建完整的分割；

9，Margin：按指定的边距大小扩大或缩小所选线段。

10，Hollow：将选定的管段替换为由管段边界定义的厚度均匀的壳，使其变为空心管段。

11，Smoothing：平滑，该效果可以局部应用，也可以应用于整个片段。

12，Scissors：裁剪

13，Islands：

14，Logical operators：逻辑计算

15，Mask volume：Mask体积

3.1阈值

①，阈值按钮位置

②③，阈值范围 (下放滚动条可以滑动修改)

④，应用于标签(后续根据需要标注)

⑤，直接生成(阈值范围内均被标注)

⑥，可编辑区域

3.2喷笔

①，喷笔按钮位置

②，笔迹直径选择按钮

③，笔迹直径滚动条调节

④，是否使用三维球型画笔（默认二维圆形）

⑤，是否在3D视图上喷涂

⑥，可编辑区域

3.3橡皮

橡皮操作与喷笔类似 

3.4区域生长

①，区域生长按钮位置

②，初始化（区域增长）

③，取消

④，应用

3.5裁剪

①，裁剪按钮位置

②，擦除区域内/区域外

③，形状选择：任意形状/圆形/矩形

④，鼠标初始位置为圆形/矩形中心

⑤，编辑区域

⑥，应用于所有可见标签，勾选后所有可见标签一同切割

3.6逻辑操作

①，需要先选取被操作掩膜（图中未标记）

②，逻辑操作按钮位置

③，逻辑操作选项（常用到前三个：复制/相加/相减）

④，应用区域

⑤，应用

4，开始标注

①，选中Segment1，阈值操作

②，上限拉到最高，调整阈值下限；

使升主动脉腔体、左心房和左心室和内无明显空隙，且组织间分隔明显。

③ ，点击Use for masking

④，点击Add，添加4个Mask（第四个掩膜用于区分其他组织，可用于精细分割组织间边界）

⑤，点击左侧Segment，使用喷笔涂抹相应组织区域（大致涂抹即可，重点在于组织分界处）

①，点击区域生长

②，点击‘初始化’按钮进行计算，待计算粗略完成后，使用喷笔对错误区域进行修改，左侧‘Auto-update’勾选状态下会自动更新标签

③，点击Apply保留结果

①，单击Show 3D可以在3D视窗中看到大致分离结果，本例中Segment2，3，4依次为升主动脉腔体、左心房和左心室区域，Segment5为骨骼和心脏其他组织。

②，将Segment5隐去（选中后单击左侧小眼睛改为关闭状态）

5，保存结果

5.1 保存工程文件

①， Ctril+S

②，点击’打包‘图形

③，更改名称

④，选择保存目录

⑤，点击保存

5.2 保存NIFTI

该格式一般用于模型训练

5.2.1 保存ct图像

点击Data，右键该序列，点击’Export to file‘ 

5.2.1 保存标签图像