3D Slicer：从入门到精通（五）——数据的加载和保存

3D Slicer：从入门到精通（五）——数据的加载和保存

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数据加载和保存

在Slicer中，有两种主要类型的数据可以加载：DICOM和非DICOM。

DICOM数据

DICOM是一套广泛使用且复杂的数字放射学标准。

从DICOM文件加载数据到场景中需要两步：

1. 导入：通过切换到DICOM模块并将文件拖放到应用窗口中，将文件添加到应用的DICOM数据库中。
2. 加载：通过双击DICOM浏览器中的项目将数据对象获取到场景中。可以通过使用工具栏上的DICOM按钮访问DICOM浏览器。

场景中的数据可以通过两步保存到DICOM文件中：

1. 导出到数据库：将场景中的数据保存到应用的DICOM数据库中。
2. 导出到文件系统：将数据库中的DICOM文件复制到文件系统中的选定文件夹中。

非DICOM数据

非DICOM数据，涵盖所有类型的数据，从图像（nrrd, nii.gz, …）和模型（stl, ply, obj, …）到表格（csv, txt）、点列表（json）等。

加载数据

加载数据的方法：

• 将文件拖放到应用窗口，或者
• 在应用菜单中选择文件 -> 添加数据（或添加数据工具栏按钮）
  

保存数据

要保存整个场景（所有数据、可视化和处理设置等）：

• 在应用菜单文件 -> 保存数据
• 保存数据工具栏按钮
  

整个工作空间，包括所有数据和设置，可以通过点击左上角的小包装图标保存到一个单独的、独立的、自包含的.mrb文件中。所有文件的新副本将被写入并压缩到一个文件中，因此保存时间比仅修改文件的增量保存要长。

导出数据

要导出选定的数据集 - 用于与他人共享或加载到其他应用程序中：转到数据模块，右键点击一个项目，并选择导出到文件...。用于导出的设置（文件格式、文件名、选项）不会修改用于保存的设置。

可以通过将多个节点放入一个文件夹，然后导出该文件夹，一次导出多个节点。当导出整个文件夹层次结构时，可以启用导出文件夹结构选项，以使输出目录中的目录结构与主题层次结构文件夹结构相匹配。

支持的数据格式

关于使用LPS/RAS坐标系统

DICOM和医学成像软件使用LPS（左侧、后侧、上侧）坐标系统，而Slicer的内部表示使用RAS（右侧、前侧、上侧）。为了文件兼容性，Slicer假设文件中的数据是LPS坐标，并可能在读取或写入操作期间翻转前两个轴。

要了解更多，请参见坐标系统文档，以及Slicer中的坐标系统约定。

图像

读取器可能支持各种类型的2D、3D和4D图像，如标量、向量、DWI或DTI，包含图像、剂量图、位移场等。

• DICOM (.dcm或其他): Slicer核心支持读写某些数据类型，而扩展支持额外的数据类型。坐标系统：LPS（按照DICOM标准定义）。
  • 支持的DICOM信息对象：
    • Slicer核心：CT、MRI、PET、X光、某些超声图像；带有Slicer场景（MRB）的二次捕获在私有标签中
    • 量化报告扩展：DICOM分割对象（SEG模态）、参数图、封装的STL（M3D模态）、遵循TID 1500测量报告模板的某些结构化报告
    • SlicerRT扩展：DICOM RT结构集、RT剂量、RT计划、RT图像
    • SlicerHeart扩展：2D/3D/4D超声（GE、飞利浦、Eigen Artemis等）
    • SlicerDMRI束迹存储
    • SlicerDcm2nii扩散加权MR
  • 注意：
    • 对于多种dMRI格式，我们推荐在将数据加载到Slicer之前使用DICOM到NRRD转换器。
    • 可以使用DICOM模块的导出功能导出图像卷、RT结构集、剂量卷等。
    • 通过创建DICOM系列模块提供了有限的写入图像卷到DICOM格式的支持。
    • 通过报告扩展提供写入DICOM分割对象的支持。
• NRRD (.nrrd, .nhdr)：通用2D/3D/4D文件格式。坐标系统：文件头中定义的坐标系统（通常为LPS）。
  • NRRD序列 (.seq.nrrd)：4D体积
  • 要将图像文件作为分割（也称为标签图像、掩码、感兴趣区域）加载，请参见分割模块文档。
• MetaImage (.mha, .mhd)：坐标系统：LPS（文件头中的AnatomicalOrientation被忽略）。
• VTK (.vtk)：坐标系统：LPS。重要限制：此文件格式不能存储图像轴方向。
• Analyze (.hdr, .img, .img.gz)：此格式中图像方向的指定含糊不清，因此强烈不推荐使用。对于脑成像，请改用Nifti格式。
• Nifti (.nii, .nii.gz)：用于脑MRI的文件格式。作为通用3D图像文件格式并不适合（改用NRRD格式）。
  • 要将图像文件作为分割（也称为标签图像、掩码、感兴趣区域）加载，请参见分割模块文档。
• 标签图像文件格式 (.tif, .tiff)：可以读写单个/一系列帧
• PNG (.png)：可以读取单个/一系列帧，可以写入单个帧
• JPEG (.jpg, .jpeg)：可以读取单个/一系列帧，可以写入单个帧
• Windows位图 (.bmp)：可以读取单个/一系列

帧

• BioRad (.pic)
• Brains2 (.mask)
• GIPL (.gipl, .gipl.gz)
• LSM (.lsm)
• Scanco (.isq)
• Stimulate (.spr)
• MGH-NMR (.mgz)
• MRC电子密度 (.mrc)
• SlicerRT扩展
  • Vista锥束光学扫描仪体积 (.vff)
  • DOSXYZnrc 3D剂量 (.3ddose)
• SlicerHeart扩展：2D/3D/4D超声（仅限读取GE、飞利浦、Eigen Artemis等）
  • 飞利浦4D超声：从QLab导出的笛卡尔DICOM
  • GE Kretz 3D超声 (.vol, .v01)
  • Eigen Artemis 3D超声
  • 任何3D/4D超声图像和ECG信号：如果用户从供应商（GE Voluson、飞利浦、西门子等）获取Image3dAPI插件
• RawImageGuess扩展
  • RAW体积 (.raw)：需要手动设置头部参数
  • 三星3D超声 (.mvl)：需要手动设置头部参数
• SlicerIGSIO扩展：
  • 压缩视频 (.mkv, .webm)
  • IGSIO序列元文件 (.igs.mha, .igs.mhd, .igs.nrrd, .seq.mha, .seq.mhd, .mha, .mhd, .mkv, .webm)：带有元数据的图像序列，例如用于存储手术导航和位置跟踪的超声数据
• OpenIGTLink扩展：
  • PLUS工具包配置文件 (.plus.xml)：用于实时从成像和跟踪设备以及各种传感器获取数据的配置文件
• Sandbox扩展：
  • Topcon OCT图像文件 (.fda, 仅限读取)

模型

表面或体积网格。

• VTK多边形数据 (.vtk, .vtp)：默认坐标系统：LPS。可以在头部指定坐标系统（LPS/RAS）。可以读写全彩（RGB或RGBA）网格（颜色必须作为unsigned char类型的点标量数据分配，并且具有3或4个组件）。使用"SlicerIGT扩展"中的"Texture model"模块可以应用纹理图像。
• VTK非结构化网格数据 (.vtk, .vtu)：体积网格。默认坐标系统：LPS。可以在头部指定坐标系统（LPS/RAS）。
• STereoLithography (.stl)：最常用于3D打印的格式。默认坐标系统：LPS。可以在头部指定坐标系统（LPS/RAS）。
• Wavefront OBJ (.obj)：默认坐标系统：LPS。可以在头部指定坐标系统（LPS/RAS）。使用"SlicerIGT扩展"中的"Texture model"模块可以应用纹理图像。不支持将顶点颜色作为坐标后的额外值保存的非标准技术 - 如果需要顶点着色，则使用另一软件转换为PLY、VTK或VTP格式。
• Stanford三角格式 (.ply)：默认坐标系统：LPS。可以在头部指定坐标系统（LPS/RAS）。

可以读写全彩（RGB或RGBA）网格（颜色必须分配给以uchar类型属性命名的顶点数据的red、green、blue和可选的alpha）。使用"SlicerIGT扩展"中的"Texture model"模块可以应用纹理图像。

• BYU (.byu, .g; 仅限读取)：坐标系统：LPS。
• UCD (.ucd; 仅限读取)：坐标系统：LPS。
• ITK meta (.meta; 仅限读取)：坐标系统：LPS。
• FreeSurfer扩展：
  • Freesurfer表面 (.orig, .inflated, .sphere, .white, .smoothwm, .pial; 仅限读取)
• SlicerHeart扩展：
  • CARTO表面模型 (.vtk; 仅限写入)：特殊.vtk polydata文件格式变体，包含患者姓名和ID以允许导入到CARTO心脏电生理映射系统

分割

• 分割标签图表示 (.seg.nrrd, .nrrd, .seg.nhdr, .nhdr, .nii, .nii.gz, .hdr)：3D体积（如果有重叠的分段，则为4D体积），带有自定义字段指定分段名称、术语、颜色等。
• 分割闭合表面表示 (.vtm)：保存为VTK多块数据集，包含自定义字段指定分段名称、术语、颜色等。
• 标签图体积 (.nrrd, .nhdr, .nii, .nii.gz, .hdr)：可以通过使用颜色表定义分段名称。要以NIFTI格式写入分割，请使用Export to file功能或将分割节点导出到标签图体积。
• 闭合表面 (.stl, .obj)：每个文件可以读取单个分段。可以使用分割模块的Export to files功能直接导出到这些格式。
• SlicerOpenAnatomy扩展：
  • GL Transmission Format (.glTF, 仅限写入)
• Sandbox扩展：
  • Osirix ROI文件 (.json, 仅限读取)
  • sliceOmatic标签文件 (.tag, 仅限读取)

变换

• ITK HDF变换 (.h5)：用于线性、B样条、网格（位移场）、薄板样条和复合变换。坐标系统：LPS。
• ITK TXT变换 (.tfm, .txt)：用于线性、B样条、薄板样条和复合变换。坐标系统：LPS。
• Matlab MAT文件 (.mat)：用于线性和B样条变换。坐标系统：LPS。
• 位移场 (.nrrd, .nhdr, .mha, .mhd, .nii, .nii.gz)：用于存储网格变换为矢量图像，每个体素包含位移向量。坐标系统：LPS。
• SlicerRT扩展
  • Pinnacle DVF (.dvf)

标记

• 标记JSON (.mkp.json)：点列表、线、曲线、闭合曲线、平面等。默认坐标系统：LPS。可以在图像头部指定坐标系统（LPS/RAS）。JSON模式可在此处获取。
• 标记CSV (.fcsv)

：用于存储点列表的旧文件格式。默认坐标系统：LPS。可以在图像头部指定坐标系统（LPS/RAS）。

• 注释CSV (.acsv)：用于存储标记线、ROI的旧文件格式。

场景

• MRML（Medical Reality Markup Language File） (.mrml)：MRML文件是一个xml格式的文本文件，包含场景元数据和指向外部存储数据文件的指针。参见MRML概览。坐标系统：RAS。
• MRB（Medical Reality Bundle） (.mrb, .zip)：MRB是一种二进制格式，封装了所有场景数据（大数据和元数据）。内部使用zip格式。任何包含自给自足的数据树（包括.mrml文件）的.zip文件都可以打开。坐标系统：RAS。注意：只能选择.mrb文件扩展名进行写入，但之后如果需要访问内部数据，可以手动将文件重命名为.zip。
• 在XNAT目录格式中的数据集合 (.xcat; 仅限读取)
• 在XNAT归档格式中的数据集合 (.xar; 仅限读取)

其他

• 文本 (.txt, .xml., json)
• 表格 (.csv, .tsv)
• 颜色表：
  • Slicer颜色表 (.ctbl, .txt)
  • ITK-Snap标签描述文件 (.txt, .label)（仅限读取）这可用于加载在ITK-Snap中创建的分割。必须首先在场景中加载颜色表。然后，当加载标签图像文件时，在Add Data窗口中选择Segmentation作为Description列，并在Color node列中选择加载的颜色表。
• 体积渲染属性 (.vp)
• 体积渲染着色器属性 (.sp)
• 术语 (.term.json, .json)：标准DICOM或其他术语的字典
• 节点序列 (.seq.mrb)：任何MRML节点的序列（用于存储4D数据）