3DSlicer中使用简单脚本处理数据


打开slicer中的自带Python交互器。可以通过,菜单栏“View”中的“Python Interactor”打开,也可以直接点击工具栏中的Python图标。

如何利用Python脚本做些有趣的事

编辑代码,按回车运行。

>>> import qt
>>> button = qt.QPushButton("Test Button")

 Slicer中会创建一个窗口并添加一个Button控件在上面,试试点击这个Button。

  添加一个鼠标指向Button时的提示语

>>> import qt
>>> button = qt.QPushButton("Test Button")
>>> button.show()
>>> button.toolTip = "This is a Button!"
>>> button.show()

添加一个ComBox控件。

>>> comboBox = qt.QComboBox()
>>> comboBox.show()

 这似乎什么也没有。


改一改,向ComBox中添加项目:

>>> comboBox = qt.QComboBox()
>>> comboBox.show()
>>> comboBox.addItem("first")
>>> comboBox.addItem("second")
>>> comboBox.addItem("third")
>>> comboBox.show()

 这下有了。


在交互器中添加脚本代码除了能生成一些控件外还能做一些简单的数据处理。

>>> import SampleData
>>> import numpy as np
>>> volumeNode = SampleData.SampleDataLogic().downloadMRHead()
>>> histogram = np.histogram(arrayFromVolume(volumeNode),bins=50)
>>> chartNode = slicer.util.plot(histogram,xColumnIndex = 1)
>>> chartNode.SetYAxisRangeAuto(False)
>>> chartNode.SetYAxisRange(0,4e5)

处理效果如下图所示:

总结一下:3DSlicer中自带了Python交互器可以方便研发人员进行简单的测试,但不推荐使用此交互器做插件开发,因为测试者一旦关闭slicer,下面的脚本代码就会自动清空,您所生成的控件也将不复存在。

### 如何在3D Slicer中计算Dice系数 #### 使用内置模块计算Dice系数 为了评估分割结果的质量,在3D Slicer中可以利用其内置的“Segmentations”模块来比较不同分割之间的相似性。具体来说,通过加载待比较的数据集之后,选择`Modules`中的`Quantification`标签页下的`Segment Comparison`功能[^1]。 该工具允许用户输入两组或多组不同的分段数据作为参考标准和测试对象,进而自动计算它们之间基于体素级别的重叠情况统计指标——即Dice系数。此过程不仅限于二值化的图像对比,也适用于多类别的复杂场景下各个类别间的匹配程度评测[^2]。 #### 编写脚本实现自动化处理 对于熟悉Python编程以及Slicer API接口的人来说,还可以编写自定义脚本来批量完成多个病例间Dice分数的获取工作。下面给出了一段简单的代码片段用于说明如何调用相应的API方法: ```python import slicer from SegmentComparison import segmentComparisonNode # 假设已经存在名为'reference'和'segmentation'的节点变量指向各自的segmentation objects scn = segmentComparisonNode() scn.SetReferenceSegmentID(reference.GetSegmentation().GetNthSegmentID(0)) scn.AddCompareSegmentID(segmentation.GetSegmentation().GetNthSegmentID(0)) logic = slicer.modules.segmentcomparison.logic() report = logic.computeStatistics(scn) for key in report.keys(): print(f"Dice coefficient for {key}: ", report[key]['dice']) ``` 这段程序首先创建了一个新的`segmentComparisonNode`实例,并设置了要参与比较的具体分段;接着借助逻辑处理器执行实际运算并返回包含各项评价参数的结果字典;最后遍历输出每一对组合对应的Dice得分[^3]。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值