搭建你的Python小窝

Python2 or Python3？

想要学习Python，第一步当然需要安装Python，Python2和Python3要选哪一个呢？不着急，我们先看看二者的特性。

• Python2.x的版本统称Python2，在2000年的时候Python2就问世了，到现在（2020年）已经成长为一个健壮的小伙子了，但很不幸的是到2020年1月1日，官方就停止了对于Python2的更新和维护，最后版本为Python2.7。很多手里正撸着Python2的小伙伴们可能会担心了，其实完全没有必要，虽然官方停止了更新和维护，但是我们依然可以使用Python2，而且许多Python2的开发爱好者也会继续志愿维护Python2的某些模块。
• 2008年，Python3呱呱坠地，Python3生来就带着使命：优化Python2的性能，继续简化Python的语法。众多社区和公司转向支持开发基于Python3的模块，Python3蓬勃发展，势在必行。我们还是要说，Python3是Python语言的未来，我们需要与Python与时俱进。
• 总的来说，如果你撸惯了Python2，不用Python3也没关系，如果你Python2没撸多久想转Python3也完全可以，二者的语法差异并不大，并不用花太多时间来解决差异。总之，推荐使用Python3。

安装Python

一旦我们决定使用Python3，作为初学者你就可以尽情享用Python3的最新版本。这里我们以Python3.8为例，戳这里下载适合不同系统的最新版Python 3.8.2。

Mac OS系统

戳这里MacOS 64-bit installer可以直接下载适合Mac OS的最新版Python3.8.2 .pkg安装包，需要注意的是你的系统需要满足OS X 10.9 以及更高版本。你可以在左上角的apple图标里选择关于本机,在弹出的窗口中即可显示当前OS版本。如果小于这个版本，你可以尝试更新OS系统，否则你只能在Python的所有版本按照你的系统下载了，仔细查看不同Python包对于系统的要求，聪明的你总能找得到适合你系统的。

下载完成后，点击.pkg包，按提示安装即可。

Windows系统

Windows 64bit python-3.8.2：适合windows 64位系统的版本，或者
Windows 32bit Python-3.8.2：适合windows 32位系统的版本
下载完成后点击.exe文件，需要注意在弹出的窗口记得勾选Add Python3.8 to PATH，目的在于将Python程序加到Windows环境变量，这样无论你在哪个位置都能轻松使用Python。

Python命令行和IDLE的使用

安装完成以后，Python安装包默认包含Python命令行以及一个简单的集成开发环境IDLE。

• Mac上Term输入python3回车打开命令行；Lanucher - IDLE点击图标打开IDLE

• Windows上Win+R打开开始窗口，输入cmd进入dos命令行，输入python,或者安装过其他版本则输入python3回车打开命令行；或者在开始窗口搜索python也会出现python命令行和IDLE，点击相应图标即可。
  

• 对于初学者来说IDLE比较友好，可以语法高亮、自动缩进，因此这里简单说一下IDLE的使用。
  打开IDLE以后默认进入交互模式，在>>>提示符输入python关键字/函数回车就可以得到结果，所见即所得。
  

• 但是如果写的代码太多，交互模式就不方便了，此时点击File-New file新建一个代码文本，在其中随心所欲输入代码-最后点击上部菜单 Run或F5快捷键-保存运行脚本即可，这是所谓的编辑模式。
  初次之外，我们可以设置IDLE的字体、背景色等等。

• 更改字体类型、大小：
  Windows：Options-Configure IDLE-Fonts/Tabs
  Mac：IDLE-Preference-Fonts/Tabs
  

• 另外需要说明的是Python 2.7.9 + 或 Python 3.4+ 以上版本都自带 pip 工具，所以我们的Python3.8自然可以轻松管理和安装Python的第三方模块了，使用pip3 install biopython，需要注意的是如果你的电脑同时安装了多个版本的Python一定要使用pip3``安装模块，否则默认的pip```会将模块安到Python2。

• Mac使用pip安装biopython包：打开term或iterm终端，输入pip3 install biopython或者为了更快的下载速度，可以使用清华镜像pip3 install biopython -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
  

• Windows系统安装包
  Win+R键，弹出窗口中输入cmd,进入dos命令行，在>提示符后同样可以输入输入pip3 install biopython或pip3 install biopython -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple安装。
  

• 安装完成以后，输入python进入python程序命令行模式，然后输入import Bio测试模块安装成功与否。
  
  没有报错信息即安装成功。

Term或Dos下运行Python脚本

IDLE虽然好用，但是目前无法接受脚本参数，因此只能在Term（Mac）和Dos（Wibdows）下给脚本传入参数。
语法为python 代码文件路径 参数1 参数2 ...
如果代码和代码里要用到文件都在同一个目录，无论Windows还是Mac只要使用文件名称就行，例如以下count_gc_content.py和human_hba1.fasta位于同一目录下，则只需：

如果不在同一路径，可以使用绝对路径。

• Windows查看文件绝对路径
  单击文件名-右键-属性-位置-全选-复制-粘贴到dos命令行-加上文件名‘count_gc_content.py’
  
  同样，如果参数也是一个文件，按照相同的步骤复制粘贴,最后回车运行程序即可
  
  获得Windows文件路径更为便捷的方式是：
  选择文件-按住shift键-右键-复制文件路径，复制的路径被双引号扩起来，可以直接使用。
  
  值得一提的是，如果python脚本里的文件路径是用sys.argv[]传递的，我们在dos下实际给的路径无论/或\分割都可以被正确解析：
  

• Mac查看文件绝对路径
  选择文件-显示简介-位置-复制路径-加上文件名
  更为便捷的方式是选择文件-按Option+Command+C快捷键即可复制全路径