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nnUNet
使用nnUnet系列模型
ConscienceEvil
这个作者很懒,什么都没留下…
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U-Mamba安装避坑(ubuntu)
分别安装,causal-conv1d-1.4.0,mamba_ssm-2.2.2,貌似会报版本不兼容,但是能用。但是我本人从causal-conv1d下载开始,git不下来。mamba也git不下来。下载zip安装包,解压后,分别进入文件根目录(自己的环境)pip install .以下可以直接科学上网去git官网,如下。原创 2024-08-15 18:00:25 · 83 阅读 · 0 评论 -
nnunet编辑自己的数据集
然后根据dataset.json来分编辑数据集,2d这些都是必须的,numTraining就是图像总数,这里会有一个断言。另外需要在每张图像命名后面标注多模态_0000。需要将训练样本和标签分别放入imagesTr和labelTr中,imagesTs中放验证数据,nnunet使用交叉验证不需要测试数据。图像的名字无所谓,最后加上一个_0000,表示单一模态,图像和标签名字对应即可,标签不需要_0000。3d的dataset.json也大差不差。以我使用的2d数据为例,需要如下格式。原创 2024-08-15 14:23:27 · 187 阅读 · 0 评论 -
Unable to plot network architecture
注释掉其他代码,在_do_i_compile()函数中直接return False即可,之后重新训练即可生成。如果你需要绘制网络架构图,请在配置文件中禁用nnUNet_compile模式。今天跑nnunet代码,绘制网络结构报错,没有生成网络结构.pdf。生成完成之后记得还原_do_i_compile()函数。可以看到来自_do_i_compile()函数。原创 2024-08-15 14:10:42 · 179 阅读 · 0 评论