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RSS订阅原创 ChIP-seq analysis (代码)
使用的测试数据均来自文章: The transcriptional repressors VAL1 and VAL2 mediate genome-wide recruitment of the CHD3 chromatin remodeler PICKLE in Arabidopsishttps://academic.oup.com/plcell/article/34/10/3915/6648467?login=falseGEO accession: GSE186157 (https://www.ncb
2024-04-29 09:15:55
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原创 基因家族分析
基因家族是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。
2024-04-29 09:00:32
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1
原创 GO注释背景信息获取（eggNOG-mapper+TBtools eggnog-mapper helper）
对应的是PFAM结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个。，对应的是KEGG注释结果，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，当背景注释文件。，对应的是GO注释结果，，对应的功能文本描述。
2024-04-28 01:35:27
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原创 ChIP-seq分析（Galaxy）
Galaxy (https://usegalaxy.org/)1. fastp: (-g -q 5 -u 50 -n 15 -l 150)fast all-in-one preprocessing for FASTQ files (Galaxy Version 0.23.2+galaxy0)2. Mapping: Bowtie2map reads against reference genome(Galaxy Version 2.5.0+galaxy0)3. 排序: SAMtools
2024-04-28 01:01:51
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原创 GO analysis with TBtools
用于富集的基因集 （通过差异分析或聚类等各种方式得到的部分基因）;物种背景文件（物种全部基因的GO注释文件，可以通过物种网站下载注释。获得，详细步骤见额外。可以用于后续GO分析。
2024-04-27 23:44:53
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空空如也
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