GO注释背景信息获取（eggNOG-mapper+TBtools eggnog-mapper helper）

已于 2024-04-29 03:39:04 修改
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于 2024-04-28 01:35:27 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42639688/article/details/138262464
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本文介绍了eggNOG-mapper工具的使用方法，包括提交分析、结果文件(out.emapper.annotations.xlsx)的解读，以及后续的详细注释如直系同源组、COG分类、GO、KEGG、PFAM等。这些信息可用于进一步的功能分析和生物学研究。

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列注释_使用eggnog-mapper进行功能注释
weixin_42121272的博客
12-30 1026
欢迎关注微信公众号"生信小王子"！对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。eggnog-mapper现在已经更新到了V2版本，需要在Python2.7环境下运行，并保证有超过40G的存储空间存放数据库。## 下载eggnog-mapper V...
使用eggNOG-mapper获取gene的COG
Qiusc1999的博客
06-24 1008
eggNog-mapper获取gene COG
eggNOG-mapper：功能注释集大成者
最新发布
m0_53945548的博客
07-06 1262
【代码】eggNOG-mapper：功能注释集大成者。
应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程
xuzhougeng blog
11-09 6090
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of...
iMeta | 南医大陈连民/孔祥清等综述从基因组功能角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-28 1413
点击蓝字 关注我们从基因组功能学角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响https://doi.org/10.1002/imt2.143.29iMetaREVIEW ARTICLE●2022年3月29日，南京医科大学陈连民等在iMeta在线发表题为“Decoding microbial genomes to understand their functional roles ...
eggNOGmapper注释蛋白序列
weixin_42480153的博客
10-19 4065
预测完ORF序列、去冗余并建立丰度表后，我们得到了预测基因的非冗余序列(核酸+蛋白)，接下来要利用eggNOGmapper注释结果，按照国际惯例，我们利用蛋白序列注释。 首先下载eggNOGmapper git clone https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git 在所在目录里就下好了这个软件，不需要安装，都是脚本 接下来，把python修...
探索未知生命的密码：EggNOG-mapper
gitblog_00090的博客
05-21 673
探索未知生命的密码：EggNOG-mapper 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目介绍 EggNOG-mapper是一个强大的工具，专为快速功能注释新的序列而设计。它利用预先计算的正向同源群和进化树（来自eggNOG数据库）来仅从精细的正向同源体中转移功能信息。这使得对新发现的基因组、转录组甚至宏基因组进行精确的功能注释成为可能。 项目技术分析 EggNOG-m...
网页版eggnog进行功能注释
04-06 2223
打开eggnog的网址 http://eggnog6.embl.de/#/app/emapper。准备好基因的蛋白序列，已经提取了最长转录本的fasta文件。这次先更新网页版的eggnog，下次再更软件版。结果文件里的注释文件。
NAR：eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-11 5928
文章目录Eggnog 5.0：一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介猜你喜欢写在后面 ...
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能.zip
09-18
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能 概述eggnog映射器是一种工具，用于快速地对新序列的函数进行注释，使用基于预计值的分配。 明显的例子包括新的基因组。transcriptomes甚至metagenomic基因目录的注释。 传统同源搜索相比，使用orthology预测功能
eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释
05-01
概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库（ ）的预先计算的直系同源基因组和系统发育树，仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组，转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索（即BLAST搜索）具有更高的精度，因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释（重复的基因更有可能参与功能差异）。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得： ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件，请引用： [1] Fast genome-wide functional annotation through orth
EggNOG-mapper：高精度基因组功能注释的利器
EggNOG数据库是一个广为人知的资源，它集成了来自多个其他数据库的注释信息，如COG、KEGG、GO等，并提供了丰富的物种覆盖。 ### 描述知识点 #### 功能注释 功能注释是指对未知功能基因赋予生物学意义的过程。在...
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
m0_73361516的博客
07-13 1799
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
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从eggNOG进行GO注释到使用clusterProfiler富集分析
liuninghua521的博客
12-11 1万+
从GO注释到数据处理再到富集分析可视化，最详细最简单~~~
GO analysis with TBtools
qq_42639688的博客
04-27 1358
用于富集的基因集 （通过差异分析或聚类等各种方式得到的部分基因）;物种背景文件（物种全部基因的GO注释文件，可以通过物种网站下载注释。获得，详细步骤见额外。可以用于后续GO分析。
KEGG官方工具能够完成任何物种的KEGG注释！！！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-11 8033
写在前面之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLtsB4eZQ，不过毕竟EggNOG-mapper是第三方软件，而且注释结果仍然存在一个Gene ID对应多个KO Number的情况，虽然对富集结果影响似乎不会太大，但是影响多少肯定是会有。这里介绍KEGG官方提供的注释工具Ko...
linux下下载并安装 eggnog数据库文件
06-04
您可以按照以下步骤在Linux上下载并安装EggNOG数据库文件： 1. 首先，您需要在EggNOG网站上下载所需的数据库文件，即`eggnog.db`.gz。您可以使用以下命令在Linux上下载该文件： ``` wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_5.0/eggnog_5.0_annotations/eggnog_5.0_annotations.db.gz ``` 2. 解压缩下载的数据库文件。您可以使用以下命令在Linux上解压缩该文件： ``` gunzip eggnog_5.0_annotations.db.gz ``` 3. 安装SQLite3软件，SQLite3是一个轻量级的数据库管理系统，EggNOG数据库使用SQLite3存储数据。您可以使用以下命令在Linux上安装SQLite3： ``` sudo apt-get install sqlite3 ``` 4. 现在，您需要打开SQLite3并创建一个数据库。您可以使用以下命令在Linux上打开SQLite3： ``` sqlite3 eggnog.db ``` 5. 在SQLite3中，您需要创建一个表来存储EggNOG数据库中的注释信息。您可以使用以下命令在SQLite3中创建一个名为`annotations`的表： ``` CREATE TABLE annotations (query VARCHAR(255), seed_ortholog VARCHAR(255), evalue FLOAT, score FLOAT, predicted_name VARCHAR(255), GO_terms VARCHAR(255),KEGG_KOs VARCHAR(255), BiGG_reactions VARCHAR(255), Annotation_tax_scope VARCHAR(255), OGs VARCHAR(255)); ``` 6. 接下来，您需要将EggNOG数据库中的注释信息导入到SQLite3的`annotations`表中。您可以使用以下命令在Linux上将注释信息导入到SQLite3中： ``` sqlite3 eggnog.db ".separator '\t'\" \".import eggnog_5.0_annotations.db annotations\" ``` 7. 安装过程完成后，您可以通过以下命令测试您的EggNOG数据库是否安装成功： ``` sqlite3 eggnog.db "SELECT * FROM annotations LIMIT 10;" ``` 如果您成功运行该命令并获得了注释信息的前10行，则说明您已成功安装EggNOG数据库。
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