GO注释背景信息获取（eggNOG-mapper+TBtools eggnog-mapper helper）

eggNOG-mapper

http://eggnog-mapper.embl.de/

1. 提交分析

2. 结果分析

out.emapper.annotations.xlsx文件

out.emapper.annotations.xlsx 结果解读​

• query：蛋白序列名称​
• seed_ortholog：搜索阶段比对上的seed ortholog编号​
• evalue：evalue值，越小结果越可靠​
• score：比对的得分，越大越可靠​
• eggNOG_OGs：为序列确定的以逗号分隔、按照进化分支深度排序的直系同源组（orthologs groups，OGs）列表。每个直系同源组以OG@tax_id|tax_name方式展现。​
• max_annot_lvl：用于检索注释的最宽的直系同源组，以tax_id|tax_name方式展现。​
• COG_category：从最佳OG中推测的COG功能分类（一个字母），具体有哪些可以看这里NCBI的介绍COG - NCBI (nih.gov)。​
• Description：注释的基因功能描述（eggNOG-mapper注释的描述真的很简短……）​
• Preferred_name：普遍使用的基因名缩写​
• GOs：注释的GO编号，一个基因可能对映非常多的GO号​
• EC：KEGG的EC通路编号，代表相关的酶​
• KEGG_ko：KEGG的KO编号，表示直系同源基因，代表一个具体的功能​
• KEGG_Pathway：通常有ko编号和map编号，map编号代表reference pathway，是一种代谢通路类型，比较具体有一般参考意义​
• KEGG_Module：KEGG Module数据库编号，以M开头，实际上就是多个KO划分在一个共同发挥功能的单元里​
• KEGG_Reaction：KEGG Reaction数据库编号，以R开头，包含代谢通路上酶促反应相关信息​
• KEGG_rclass：KEGG RCLASS数据库编号，以RC编号开头，手动整理的反应数据集合​
• BRITE：KEGG的Brite数据库编号，用的不是很多，是一个储存分类信息的数据库​
• CAZy：碳水化合物酶相关的专业数据库，可以看官网CAZy - Home​
• BiGG_Reaction：BiGG是一个整合基因组尺度代谢网络模型的数据库，官网BiGG Models (ucsd.edu)​
• PFAMs：PFAM数据库，根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型，将蛋白分为不同家族的一个数据库，官网InterPro (ebi.ac.uk)。没错官网是InterPro，pfam数据库已经被InterPro合并，并且2023年1月之后原网页就失效了。​

eggNOG-mapper Helper：一键直接整理 eggNOG-mapper 的结果

out.emapper.annotations.description.txt，对应的功能文本描述​
out.emapper.annotations.GO.txt，对应的是GO注释结果，可直接用于 TBtools GO富集分析，当注释背景文件​
out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt，对应的是KEGG注释结果，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，当背景注释文件​
out.emapper.annotations.pfam.domain.txt，对应的是PFAM结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个​