GO注释背景信息获取（eggNOG-mapper+TBtools eggnog-mapper helper）

已于 2024-04-29 03:39:04 修改
阅读量1.8k 收藏 11
点赞数 7
文章标签： 笔记
于 2024-04-28 01:35:27 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42639688/article/details/138262464
版权
本文介绍了eggNOG-mapper工具的使用方法，包括提交分析、结果文件(out.emapper.annotations.xlsx)的解读，以及后续的详细注释如直系同源组、COG分类、GO、KEGG、PFAM等。这些信息可用于进一步的功能分析和生物学研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成
最低0.47元/天 解锁文章
起名字好难‍♂️
关注
从eggNOG进行GO注释到使用clusterProfiler富集分析
liuninghua521的博客
12-11 1万+
从GO注释到数据处理再到富集分析可视化，最详细最简单~~~
列注释_使用eggnog-mapper进行功能注释
weixin_42121272的博客
12-30 839
欢迎关注微信公众号"生信小王子"！对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。eggnog-mapper现在已经更新到了V2版本，需要在Python2.7环境下运行，并保证有超过40G的存储空间存放数据库。## 下载eggnog-mapper V...
功能基因预测/注释通用工具
最新发布
Asa12138的博客
09-09 1252
一些常用的功能基因预测/注释通用工具介绍。
网页版eggnog进行功能注释
qq_46644680的博客
04-06 1127
打开eggnog的网址 http://eggnog6.embl.de/#/app/emapper。准备好基因的蛋白序列，已经提取了最长转录本的fasta文件。这次先更新网页版的eggnog，下次再更软件版。结果文件里的注释文件。
KEGG官方工具能够完成任何物种的KEGG注释！！！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-11 5375
写在前面之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLtsB4eZQ，不过毕竟EggNOG-mapper是第三方软件，而且注释结果仍然存在一个Gene ID对应多个KO Number的情况，虽然对富集结果影响似乎不会太大，但是影响多少肯定是会有。这里介绍KEGG官方提供的注释工具Ko...
eggnog-mapper/emapper.py help=f‘Input FASTA file containing query sequences
weixin_47577020的博客
10-01 730
help=f'Input FASTA file containing query sequences
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能.zip
09-18
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能 概述eggnog映射器是一种工具，用于快速地对新序列的函数进行注释，使用基于预计值的分配。 明显的例子包括新的基因组。transcriptomes甚至metagenomic基因目录的注释。 传统同源搜索相比，使用orthology预测功能
eggNOG-mapper：功能注释集大成者
m0_53945548的博客
07-06 442
【代码】eggNOG-mapper：功能注释集大成者。
探索未知生命的密码：EggNOG-mapper
gitblog_00090的博客
05-21 551
探索未知生命的密码：EggNOG-mapper 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目介绍 EggNOG-mapper是一个强大的工具，专为快速功能注释新的序列而设计。它利用预先计算的正向同源群和进化树（来自eggNOG数据库）来仅从精细的正向同源体中转移功能信息。这使得对新发现的基因组、转录组甚至宏基因组进行精确的功能注释成为可能。 项目技术分析 EggNOG-m...
eggNOGmapper注释蛋白序列
weixin_42480153的博客
10-19 3541
预测完ORF序列、去冗余并建立丰度表后，我们得到了预测基因的非冗余序列(核酸+蛋白)，接下来要利用eggNOGmapper注释结果，按照国际惯例，我们利用蛋白序列注释。 首先下载eggNOGmapper git clone https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git 在所在目录里就下好了这个软件，不需要安装，都是脚本 接下来，把python修...
NAR：eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-11 5480
文章目录Eggnog 5.0：一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介猜你喜欢写在后面 ...
eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释
05-01
概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库（ ）的预先计算的直系同源基因组和系统发育树，仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组，转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索（即BLAST搜索）具有更高的精度，因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释（重复的基因更有可能参与功能差异）。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得： ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件，请引用： [1] Fast genome-wide functional annotation through orth
eggnog-mapper安装
06-04
5. 安装数据库：eggnog-mapper需要使用EGGNOG数据库进行注释。你需要下载并安装该数据库。可以使用以下命令下载和安装EGGNOG 5.0数据库： ``` emapper.py install --version 5 ``` 6. 运行eggnog-mapper：输入以下...
eggnog-mapper
06-04
EGGNOG-Mapper的输出包括每个查询序列的功能注释信息、匹配到的基因家族和注释的信度得分。此外，它还提供了一个交互式Web界面，用户可以通过该界面对注释结果进行可视化和进一步分析。 EGGNOG-Mapper是一个常用的...
使用eggNOG-mapper获取gene的COG
Qiusc1999的博客
06-24 815
eggNog-mapper获取gene COG
应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程
xuzhougeng blog
11-09 5538
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of...
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-18 5万+
文章目录COG简介eggNOG简介eggNOG mapper在线版eggNOG mapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附1. emapper.py参数详解Reference猜你喜欢写在后面 COG简介 COG（Clusters of Orthologous Groups of prot...
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
m0_73361516的博客
07-13 1271
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
abb的knx的数据库下载方法_EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
weixin_39595310的博客
12-22 956
COG简介COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins，直系同源蛋白簇)构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，因此是orthologs或者是paralogs。通过把所有完整基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。在考虑来自一个给定基因组的蛋白时，这种比较将给出每个其他基因组的一个最相似的蛋白(因此需要用完整的基因组来定义COG)，这些...
eggnog-mapper的功能
06-04
EGGNOG-Mapper的主要功能是对新的基因组序列进行功能注释。具体来说，它的功能包括以下几个方面： 1. 基因预测：EGGNOG-Mapper可以预测新的氨基酸序列中的基因并将其转化为FASTA格式。 2. 序列比对：EGGNOG-Mapper使用HMMER和DIAMOND两种序列比对工具对新的氨基酸序列进行比对，以将这些序列映射到已知的基因家族和功能注释信息。 3. 功能注释：EGGNOG-Mapper将新的氨基酸序列映射到已知的功能注释信息，包括基因家族、基因本体学（Gene Ontology，GO）分类、KEGG通路分析等。 4. 注释结果可视化：EGGNOG-Mapper提供了一个交互式Web界面，用户可以通过该界面对注释结果进行可视化和进一步分析。 EGGNOG-Mapper是一个非常有用的生物信息学工具，可以帮助用户快速准确地为新的基因组序列分配功能注释，从而加速基因功能研究和生物学研究的进展。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值