ChIP-seq分析（Galaxy）

已于 2024-04-29 03:39:18 修改
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于 2024-04-28 01:01:51 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42639688/article/details/138261769
版权
本文详细介绍了在Galaxy平台上进行ChIP-seq数据分析的完整流程，包括使用fastp预处理FASTQ文件、Bowtie2映射到参考基因组、SAMtools排序、Picard去重、MACS2峰呼叫、多种可视化和差异分析工具的应用，如IGV、multiBamSummary、plotCorrelation等，以及最终的差异peak筛选步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Galaxy (https://usegalaxy.org/)

1. fastp: (-g -q 5 -u 50 -n 15 -l 150)

fast all-in-one preprocessing for FASTQ files (Galaxy Version 0.23.2+galaxy0)

在这里插入图片描述
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2. Mapping: Bowtie2

map reads against reference genome(Galaxy Version 2.5.0+galaxy0)

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3. 排序: SAMtools sort

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起名字好难‍♂️
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