数据处理
风巽·剑染春水
醉层楼,仰天笑,风月潦草,我终无人不晓
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【数据处理】使用pymic库裁剪nii.gz文件
我有一个图像文件为nii.gz格式,做了一个分割,得到了一个mask,格式也为nii.gz,我需要根据mask,设定一个box框,裁剪对应的图像文件。对应到一个临床问题上就是,心脏核磁数据,我需要裁剪关于心脏的感兴趣区域,其他部分舍弃掉。原创 2024-04-29 16:19:27 · 440 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】Python解析nii.gz文件
最近又接触了一种影像数据格式:nii.gz文件,记录一下python读取方式。原创 2024-02-27 15:10:36 · 844 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】Python解析多类别分割标签的json文件
之前数据处理也解析过json文件,不过那会是一张图只有一个mask,一个标签,近期接触多类别分割标签的json文件,进一步理解了以前写的解析代码,考虑了多类别标签的各种情况,特此记录。原创 2024-01-03 15:48:22 · 662 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】Python解析json文件(转mask)
import osimport jsonimport numpy as npfrom labelme import utilsfrom skimage import img_as_ubyteimport matplotlib.pyplot as pltpath = './data_json/benign/00303466.json'data = json.load(open(path))imageData = data.get('imageData')img = utils.img_原创 2022-03-01 11:25:44 · 1521 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】Python读取.dcm文件的方法(解决报错:Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: D:\a\1\sitk\Cod)
一、SimpleITK读取import SimpleITKimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimage = SimpleITK.ReadImage(r"G:5511-2-00001.dcm")image = np.squeeze(SimpleITK.GetArrayFromImage(image)) plt.imshow(image)plt.show()SimpleITK有个缺点是:dcm文件的路径中不能含有中文,否则会报原创 2022-01-10 21:35:08 · 4941 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】Python读取.mat文件的方法(解决报错:NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files)
一、scio库import scipy.io as sciodataFile = 'G:/radar data/data(20,20).mat'data = scio.loadmat(dataFile)X_train = data['X_train']Y_train = data['Y_train']X_val = data['X_val']Y_val = data['Y_val']X_test = data['X_test']Y_test = data['Y_test']结果原创 2021-12-30 21:05:56 · 2075 阅读 · 0 评论 -
【数据处理】nii文件解析
先安装nibabelpip install nibabel示例:from nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dfrom nibabel import nifti1import nibabel as nibfrom matplotlib import pylab as pltimport math# 文件路径example_path = 'G:/深度学习数据集/synapse分割/averaged-training-images/DET0001801_原创 2021-12-14 16:55:53 · 3586 阅读 · 0 评论