目录
Linux常用操作指令
Shell指令
shell 指令可以理解成运行一个软件，只不过是命令行形式
机器信息查询指令
| 用户名称：当前使用的账户 | whoami |
| 服务器名称：当前所使用的节点 | hostname |
| 机器信息：基本硬件配置 | |
| 查看CPU信息 查看内存信息 | lscpu free -h |
文件、目录和权限
目录/文件的查看和权限：
查看指定目录下所有文件：ls [directory]
以详细列表形式显示文件：ls -l
以修改时间倒序显示文件：ls -ltr
通配符：星号 *
查看文件名中带有na字符的文件：ls *na*
- 更改文件的权限: chmod [para] [filename]
- 增减某种权限： chmod +x [filename] chmod -w [filename]
- 目录的创建，目录以及文件的删除: mkdir [directoryName] , rm [-rf] [filename or directoryName]
- 查看当前目录（路径）：pwd
- 目录切换： cd [absolutePath]
- cd .. 上级目录 cd . 当前目录
- cd - 上次访问目录 cd ~ 用户根目录
- 文件的创建（空文件）: touch [filename]
- 文件/目录的移动： mv [filename] [object_directoryName]
- 文件/目录的重命名：mv [old_filename] [new_filename]
- 文件/目录的拷贝：cp [source_filename] [dest_filename]
- 文件/目录名称补全: 输入文件名称起始n个字符后，单击tab键，将快速把文件名称补全，加快速度
- 文件和目录查找：find(在目录中找文件/文件夹)
- 在指定目录下搜索，文件名中包含某特定字符串的文件 find [directory] –name [filename]
- 文件的字符搜索：grep（在文件中找字符串）
- 在指定目录下文件中搜索，是否包含特定字符串，存在便显示 grep “[string]” –r [filename]
文件内容查看
显示文件全部内容 cat
cat [file_name] 将文件整个内容从上到下显示在屏幕
显示文件开头 head
head [file_name]
head –n [line_num] [file_name] 指定行数
显示文件结尾 tail
tail [file_name]
tail –n [line_num] [file_name]指定行数
tail –f [file_name] 动态刷新文件末尾
显示文件结尾 more
more [file_name]
若屏幕输出太长，该命令可一页一页显示，更方便使用者逐页阅读
压缩与解压缩
打包 tar及解压
tar –cvf jpg.tar *.jpg //将目录里所有jpg文件打包成 jpg.tar
tar –czf jpg.tar.gz *.jpg / /将目录里所有jpg文件打包成 jpg.tar.gz
tar -xf jpg.tar //解压 jpg.tar包中所有文件
tar -zxf jpg.tar.gz //解压 jpg.tar.gz包中所有文件
压缩 zip
zip jpg.zip *.jpg //将目录里所有jpg文件压缩成 jpg.zip
unzip jpg.zip //解压 jpg.zip包中所有文件
环境变量使用
env ： 用来显示环境变量，显示当前用户的变量
export： 用来设置环境变量
echo ： 用来查看指定变量内容 echo $PATH, echo ${PATH}
PATH ： 当前 shell 中命令、系统程序、应用程序以及自定义可执行文件的路径
LD_LIBRARY _PATH ： 可执行共享库（动态库）的目录路径
export PATH=[one_path]:$PATH 注意等号两边不能有空格
编译器VIM
程序开发：将人类想要计算机执行的工作按照计算机所支持的方式流程化、格式化、系统化的，使用编译 器支持的开发语言组织成文，并由编译器翻译成机器码供计算机执行。
C/C++程序开发一般包括以下步骤： ① 明确任务需求或目标
② 算法设计
③ 编码源文件 （通过编辑器vim编写）
④ 编译二进制文件 （通过编译器GCC完成）
⑤ 运行二进制文件 （通过作业管理系统slurm运行计算任务）
⑥ 调试程序 （debug）
vim使用（截图课程ppt）：
Linux的程序编译器GCC
C/C++程序的编译由编译器完成，将源文件内的高级语言 翻译成计算机能直接“看懂”和执行的机器码，即二进制 文件。
编译器对我们编写的源文件进行：预处理、编译、链接三 个步骤：
① 预处理：处理.c文件的#define，#include等预处理指 令
② 编译：把高级语言(.c)翻译成汇编指令(.s)，再翻译成机 器码(.o)
③ 链接：将所有目标文件(.o)和第三方库文件，链接成二 进制文件(exe)
gcc命令的的简易编译规则：gcc –o [binaryfile] [sourcefile1] [sourcefile1] ……
分步进行编译和链接：
编译(源文件逐个编译成目标文件：
gcc –o [obj_file] –c [src_file] –I[include_path]
例如： gcc –c main.c –o main.o
gcc –c kernel.c –o kernel.o -I/home/opt/include
链接(将所有目标文件，以及第三方库，链接成二进制文件）：
gcc –o [bin] [all_obj_files] –L[library_path] –l[library_file_name]
例如：gcc –o exe main.o kernel.o -L/home/opt/lib –lmymath
直接编译出二进制：
gcc –o [bin] [all_src_files] –I[include_path] –L[library_path] –l[library_file_name]
gcc –o exe main.c kernel.c –I/home/opt/include -L/home/opt/lib –lmymath
编译选项：
gcc命令后可加入可选编译选项，以实现代码优化等不同目的。
gcc [–option] –o [bin] [src_file]
常用option编译选项及其作用如下：
优化等级选项 -O0,-O1,-O2,-O3 由编译器自动进行代码性能优化，优化等级越大，程序运算速度越快
O0 — debug调试版本，
O2/O3 — release发行版本
警告选项：
-Wall 显示所有警告
调试选项 -g 通常结合-O0优化等级编译，后期可使用gdb工具对二进制文件进行调试。会降低程序计算速度
性能分析选项 -pg 后期可用于gprof工具对二进制文件进行性能分析。会降低程序计算速度
宏定义选项 -D 对应着程序代码中的宏定义。如-DUSE_MPI
工程构建工具 make
Make 与 Makefile
GNU Make：最基本的项目构建工具
命令行逐个文件手动编译的缺陷： 不可重复，效率低
源文件很多情况下，几乎无法完成程序的编译。
而 Make 通过一个Makefile 文件，获取如何构建执行文件信息， 并按照 Makefile 里面 设定的规则，根据源文件的依赖关系，调 用编译器自动执行编译
Make 还会根据源文件的更新状态，来判断是否需要重新编译 该文件
Makefile 的逻辑与规则:
Makefile 组成结构即为：目标、目标的前置条件（依赖）、和 规则，还包括变量以及内置函数，也都是为前面三者服务的
一个目标（或者说总体目标，即最终的执行文件），会依赖一 些文件（如源文件、目标文件、库文件等），所依赖的文件也 可以作为新的目标（子目标）放在后面，建立其对应的规则
当我们输入 make 指令时，make 首先执行的是 Makfile 里面的第一个目标，检查第一个目标的前置条件，然后寻找 “前置条件”的“前置条件”，以此类推
执行某个特定的目标，不遵循默认从第一个目标开始，则输入： make [targetName] make 会从 [targetName] 名称指定的目标开始执行
作业管理系统slurm
资源管理系统是用户使用超算平台中计算资源的入口。资源管理系统主要由控制进程、节点监控进程、作业管理进程、记账存储进程、命令工具等组成
用户层面：只有通过资源管理系统分配资源，用户才能够访问计算节点。可：查看系统状态，提交作业，加载执行计算任务，查看历史作业信息等。
基本用户指令:
yhinfo / yhi： 资源信息查询
thcp1：分配给帐户的分区名称
alloc：表示已经被分配的节点， 已经被别人用了，现在不可用。
idle：空闲节点，表示可以的节点。
yhalloc： 资源申请（强占）
yhrun： 作业提交（自动申请资源）
yhrun –p [partitionName] –N [nodesNum] –n [totalProcs] -c [numThreadss] [binaryPath]
-p：指定分区
-N：指定程序使用的节点数目
-n：指定程序使用的总进程数目，则每个节点启动约n/N个进程，一般情况是整除
-c：指定每个进程可使用的处理器个数，通常应该等于每进程派生的线程数
[binaryPath]：可执行文件名字，相对路径或者绝对路径，后面可以继续带程序自身的运行时参数
yhqueen / yhq： 作业队列查询
JOBID： 作业ID号，可以根据作业ID使用其他操作，如取消yhcancel等
PARTITION ： 分区名称
NAME： 可执行文件名
USER： 用户
ST： 状态，R表示RUN，还有排队PD等：
TIME： 运行了多长时间
NODES： 使用的节点数目
NODELIST： 具体节点列表
yhcancel： 作业取消
yhbatch： 批处理作业
yhbatch –p [partitionName] –N [nodesNum] [scriptPath]
scriptPath：为shell脚本文件，需包含yhrun命令
yhbatch 提交的作业终端关闭时不会受到影响，登陆结点宕机时也不会受到影响，强烈推荐使 用 yhbatch 提交任务。
运行命令yhbatch –p thcp1 -N 2 ./yhrun.sh
yhacct： 作业历史查询
程序调试工具 GDB
GDB：GNU symbolic debugger， 是 Linux 下常用的程序调试器
调试模式启动程序，指定可能影响其行为的任何内容
使程序在指定条件下停止，多种断点
检查程序崩溃或停止时发生了什么
更改程序中的内容，尝试纠正一个错误的影响，并 继续了解另一个错误
实时调试:
源码编译阶段，需要添加调试选项 “-O0 -g ” gcc –O0 –g -o exe file.c
进入实时调试的两种方法：
1、先使用gdb命令进入gdb窗口 再使用 file 命令加载二进制文件：file exe [命令行参数]
2、使用 gdb exe [命令行参数] 直接进入调试模式
•在编译程序的时候，需要加调试选项：-g
user@hostname ~ ❯❯❯ gcc –g –o ex1 main.c
使用 gdb 启动程序：
user@hostname ~ ❯❯❯ gdb ./ex1
GDB常用命令总结:
core 文件调试
如果程序运行中因段错误发生崩溃结束，便会 生成core文件，使用这个 core 文件来回溯程 序崩溃的时候发生了什么。
什么是 core 文件？
core 文件，确切说是 core dump 文件，core 是内存的映像，当程序崩溃时，dump 是“扔出来”的意思，即核心 已转储，实际上就是有问题的程序运行后，产生“段错误 (核心已转储)”时生成的具有堆栈信息和调试信息的文件
如何生成 core 文件？
使用 ulimit -c 查看core开关，如果为0表示关闭，不会生成core文件；
使用 ulimit -c [filesize] 设置core文件大小，当最小设置为4之后才会生成core文件；
使用 ulimit -c unlimited 设置core文件大小为不限制，这是常用的做法；
core 文件的目录:
默认情况下一般 core 文件的生成目录为程序运行当前目录，用户不要自行修改
core 文件调试:
gdb -c：使用 core 文件记录的信息进入程序调试
进入调试环境后，gdb 会直接给出代码奔溃的位置
core 文件的使用场景：
在超算平台上，程序一般是通过作业管理系统发送到计算几点执行的。
gdb 实时调试，r 指令运行程序的时候，实际上是在登录节点本地执行，原则上这不允许，尤 其是大型程序。
作为用户，有时是不开放登录计算节点权限的，没有办法使用计算节点直接实时调试，或者是 程序在计算节点上的运行时间非常短，来不及其它措施（实时，或 attach）等。
超算平台的权限部署，也一般不允许离开作业管理系统操作计算节点，所以 gdb 独立远程调 试所需的权限一般也没有 这种情形下，core 文件调试就很有作用，但不是所有的程序崩溃都会产生 core 文件。
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