lammps下载 Ubuntu 安装

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主要专栏内容包括：
$\text{ †《LAMMPS小技巧》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度：$★$）
$\text{ ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度：$★$$★$$★$）
$\text{ †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}$ 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度：$★$$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}$ 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ †††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}$ 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}$ 主要采用 $\mathrm{Ovito}$软件，对 $\mathrm{Lammps}$ 生成的轨迹文件进行渲染（难度：$★$$★$）。

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其实一直用的Mac，电脑太久了，要退役了。现在尝试在自己window上跑吧。提供一种在Ubuntu上安装的方法，供大家参考。

LAMMPS全部版本下载：请点击

Step 1

下载winscp，然后把安装包传到虚拟机上。可能由于接口没有打开，有时候连接不上，更新一下。
ifconfig 显示你的ip，很多情况是没有ssh，sudo apt-get install openssh-server，然后再打开 service ssh start。

Step 2

安装必要的包，这里可以参考README，进入 src，cd lammps-master/src 可执行如下命令

apt install -y libliggghts-dev libopenmpi-dev openmpi-bin libboost-dev \
libcgal-dev libmath-geometry-voronoi-perl libnoise-dev libvigraimpex-dev octave \
octave-common octave-geometry polymake qhull-bin wims zlib1g-dev libzzip-dev \
ffmpeg libjpeg-progs libjpeg8 libjpeg8-dev

Step 3

在src下安装必要的包

make yes-ASPHERE
make yes-opt
make yes-granular
make yes-BODY
make yes-CLASS2
make yes-COLLOID
make yes-COMPRESS
make yes-CORESHELL
make yes-DIPOLE
make yes-KSPACE
make yes-MC
make yes-REPLICA
make yes-RIGID
make yes-SHOCK
make yes-SNAP
make yes-SPIN
make yes-SRD
make yes-QEQ
make yes-PERI
...

Step 4

进入到 lammps/src/MAKE下，把MACHINES下的 Makefile.ubuntu文件 复制到 MAKE下，这时，你看到MAKE下还有 .mpi, .serial两个Makefile文件。

Step 5

在 src 下 sudo make ubuntu，需要等一会，会生成一个lmp_ubuntu，这基本ok了。

Step 6

将lmp_ubuntu拷贝到bin。

sudo cp ./lmp_ubuntu /usr/bin

NOTE！！！

如果需要安装其它包，在src下make yes-… 之后 再次 make ubuntu，并将新生成的lmp_ubuntu 放在环境变量中 sudo cp ./lmp_ubuntu /usr/bin
提供一个lammps linux安装包和ubuntu系统虚拟机和VMware，如果百度网盘失效可以私信我。

链接：https://pan.baidu.com/s/1lzDF6MEX1fF4D80s4mR0bQ 
提取码：zc2t