在ubuntu系统上安装lammps与QUIP插件

在ubuntu系统上安装lammps与QUIP插件

注：一定在安装之前确定自己的Ubuntu版本，太新的版本可能导致安装后出现莫名奇妙的错误，系统还不会“告诉”你

我自己一开始安装的是22版，发现在运行并行程序时，lammps一直循环第一个弛豫语句，并且终端本身不报错。后来经过多方尝试，发现在Ubuntu18版本上是可以进行正常运行的…so, 18yyds（真心最稳定的系统版本）所以建议各位小伙伴，如果想在自己的主机上跑lammps，建议装18版的

QUIP 集成了很多用于进行分子动力学模拟的方法，并且它十分便于调用工具包。

1、在官网上检查是否安装了所需的编译工具。

① gfortran

首先判断电脑上是否进行了gfortran的安装

which gfortran

如果未显示版本号，则可以在命令行中直接进行安装

sudo apt-get install gfortran

② ifort 安装稍微复杂一些可以参考这个网址上的内容

https://www.bilibili.com/read/mobile?id=15164219

1. 检查ubuntu自己的基本库是否完善否则无法进行安装，在终端¹中使用以下的两条语句完成基本库的配置

   我采用的是根配置所以相应的安装环境为

   sudo apt update
   
   sudo apt -y install gcc g++ cmake pkg-config build-essential
   

   用 `which cmake pkg-config make gcc g++‵查看基本库是否安装成功？

   应该显示如下语句：

   /usr/bin/cmake
   
   /usr/bin/pkg-config
   
   /usr/bin/make
   
   /usr/bin/gcc
   
   /usr/bin/g++
   

2. ifort的安装

   打开终端，输入下面的语句进行安装包下载：

   wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18438/l_HPCKit_p_2022.1.1.97_offline.sh
   

   之后输入如下的语句进行安装：

   sudo bash l_HPCKit_p_2022.1.1.97_offline.sh
   

   后面会出现和window一样的界面化安装，全部都默认选择就行

3. ifort安装后的环境配置

   对于根用户，默认安装位置在：/opt/intel/oneapi/

   在home目录下按ctrl+h打开隐藏文件，在.bashrc最后另起一行添加source/opt/intel/oneapi/setvars.sh（这里我是以超级管理员安装的）

   最后进行测试：打开新终端输入ifort -v，有ifort版本号就说明安装成功。

3、安装好对应的编译器之后，按照github提示的第二步，生成一个QUIP文件夹到对应的原始QUIP文件夹中。先将终端路径设置为当前quip路径：

cd {dir_to_QUIP}/QUIP

README.md文件中也有非常详细的内容。

git clone --recursive https://github.com/libAtoms/QUIP.git

4、等待一会儿，会发现在QUIP路径中生成了一个QUIP文件夹，这个文件夹可以用于更新QUIP使用。设置一个编译环境文件的路径。

export QUIP_ARCH=linux_x86_64_gfortran

我默认设置在QUIP文件夹下

5、配置编译相应文件

make config

一开始可以设置相应的lapack和blash路径，但这个后来再设置也没问题。

6、生成libquip，在原有的lammps中src文件夹中使用

make libquip

可以发现开始进行了编译，编译完成后，将原始的QUIP文件夹，而不是新生成的QUIP文件夹复制到/lammps-23June2022/lib/quip下

7、进入{dir_to_lammps}/lammps-23Jun2022/src路径下，判断下载文件，输入

make ps #(check all package states)

install 为no的表示并未进行安装，根据自己的需要 make yes-XXXfile

8、为自己创建ubuntu运行文件设置路径

export QUIP_ARCH=linux_x86_64_gfortran 
export QUIP_ROOT={dir_to_QUIP}/QUIP/
make ubuntu #(or make mpi or any other suited machine)

9、如果在安装过程中出现

fatal error: ******.h: No such file or directory

这样的问题，下载对应的文件包就行。具体可以参考这篇文章：

https://blog.csdn.net/u010835747/article/details/108660611

安装完成后，再运行make ubuntu ，后可能会出现问题：

fatal error: png.h: no such file or directory

可以参考这篇文章：

https://www.cnblogs.com/antianxia/p/3658911.html

10、最后可能会出现安装lib文件不全的报错，比如lapack和blas可以参考这篇文章进行查漏补缺：

https://blog.csdn.net/qq_39584315/article/details/79724038
顺利安装ubuntu插件，在make ubuntu 之后会在该文件夹下生成一个lmp_ubuntu集成软件，后面采用并行语句直接调用便可以运行。

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1. 快捷键为：ctrl + alt + t ↩︎