Matalb定制LAMMPS data文件

已于 2023-03-05 11:09:58 修改
阅读量1.5k 收藏 4
点赞数 1
分类专栏： 分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 文章标签： matlab
于 2021-02-14 23:50:08 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113812350
版权
本文介绍了如何使用Matlab读取和修改LAMMPS data文件，包括原子坐标的读取和按照LAMMPS格式写回。内容涵盖了LAMMPS模拟的教程等级和相关技能要求，适合有一定编程基础的读者。
摘要由CSDN通过智能技术生成

关注 M r . m a t e r i a l   , \color{Violet} \rm Mr.material\ , </

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
Mr. Material
关注
专栏目录
订阅专栏
Matlab编写自定义LAMMPS数据文件
m0_47037246的博客
07-07 181
在以上示例中，我们首先打开一个名为"data.file"的文件，并写入原子类型、质量和电荷的表头。然后，我们按照LAMMPS数据文件的格式，逐行写入每个原子的相关信息，包括原子编号、类型、质量、电荷和坐标。总结起来，本文介绍了如何使用Matlab编写自定义的LAMMPS数据文件，并提供了相应的源代码。这将帮助您在使用LAMMPS进行模拟时，更加高效地生成合适的数据文件，以满足您的研究需求。接下来，我们需要生成原子的坐标。这里以一个简单的二维情况为例，其中有10个"A"类型的原子和15个"B"类型的原子。
LAMMPS循环文件、后处理并写出文件关机
Rockyoung
09-26 1789
%---------------------------------------% NOTE! ########################################################## ## 代码解决分子动力学中，后处理问题，循环文件夹批量处理！ ## ## 欢迎各位LAMMPS大佬交流： ymy2019@stu.xjtu.edu.cn ## ###########################################################
lammps data文件读取matlab脚本
09-27
lammps读取data文件的matlab脚本。经常生成的data文件，部分信息是有问题，需要我们自己去修改。该脚本实现读取信息。文件内有具体的操作方法说明和作者联系邮箱。
fopen函数matlab_Lammps经验谈之基于matlab的数据前处理
weixin_39756696的博客
11-25 388
使用lammps做模拟前，往往要先建立data文件(read_data命令)。data文件的形式又由atom_style命令确定。依据建模方法的不同，可能需要先对data文件进行前处理，使其满足atom_style命令的要求。本文以SPC/E水分子data文件的生成为例，介绍作者工作时使用matlab做数据前处理工作。该方法可能只限于作者的技术路线。但是作者希望能够在一定程度上帮...
[emuch_lammps_lammps；data文件编写_lammpsDATA文件
09-11
获得lammps中data文件的几种方法
lammps-data-file:[UNMAINTAINED]创建Lammps数据文件
05-16
未维护 作为LAMMPS力场键入库，该项目已结束开发。 随意浏览代码，但是如果您要库自动生成用于分子动力学模拟的LAMMPS输入文件，请签出 。 该库主要为MOF开发，并支持多个力场，例如UFF，UFF4MOF，Dreiding和BTWFF。 lammps数据文件 仿真程序包的拓扑分析和力场分配。 安装 Python 3.5是必需的，在requests.txt文件中列出了其他库。 您可以通过克隆存储库并按如下所示安装要求来进行安装： git clone https://github.com/WilmerLab/lammps-data-file.git ` cd lammps-data-file pip install -r requirements.txt 文件输入/输出 使用 python库的库处理文件的加载和保存。 ASE支持的任何格式均可用于加载和保存文件。 拓扑结构 要确定拓
Lammps中Data数据文件建立方法 .docx
04-05
lammps建模，导出lammps可是别的不同类型的data文件
速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB
Rockyoung
06-09 2533
速度⾃关联函数是一个描述系统在某⼀时刻的速度（3N个分量量；N是粒⼦子数）与另一时刻的速度的关联程度的函数。这个函数的自变量是关联时间（correlation time。速度自关联函数可以构成一个张量，但一般只考虑三个方向（对各向同的性系统还可以对三个⽅方向作平均，从⽽而得到一个标量）.........
反映天气数据的定制着装推荐模型-MATALB
07-31
反映天气数据的定制着装推荐模型 Alt text在定制着装推荐模型中输入天气数据时的结果 我们的模型需要用户一段时间的...data/weather_dataset文件夹存储存储天气数据的csv文件。 实现多标签分类模型 运行model/Multilabl
Lammps表面生成之“行走的晶格”——MATLAB构造任意不规则表面
Rockyoung
09-09 2330
如何采用Matlab生成任意函数的粗糙表面 Step 1 选择函数 例如：f(x,y)=cos(x)+sin(y)f(x,y) = cos(x)+sin(y)f(x,y)=cos(x)+sin(y) 其他复杂情况： Step 2 全部代码 %{ This code is to make any roughness surface by certain function by Matlab; After data file is generated, the VMD is used t.
多晶建模_lammps_多晶_matlab_多晶matlab
09-10
几个matlab脚本，用于简单的多晶建模，生成的是lammps data格式文件。
生成data文件
06-22
该方法是使用VMD生成data，但根据具体要求，需要再通过lammps手册对生成的data进行修改。
一个简单的计算SiO2的lammps输入文件
11-26
一个简单的lammps计算SiO2晶体结构的输入文件，可以得到一个六方晶系的SiO2分子结构
MS建模后转成LAMMPS的data文件
热门推荐
sinat_31687035的博客
09-19 1万+
介绍利用Materials Studio建模，并转换成lammps所用的力场文件的方法。
[Lammps] 用msi2lmp命令转换.data文件遇见的问题
weixin_43011746的博客
12-21 2097
一般在Lammps安装包文件夹的：/software/lammps-23Jun2022/tools/msi2lmp/frc_files。通过MS保存为car文件，执行命令：./msi2lmp.exe SWNT-3 -frc cvff -i > SWNT-3.data。是无法获得力场参数，但是如果只为了获得键连参数的话没有问题。如果要获得参数，可以阅读文献找到力场参数。把参数为0的改成力场参数。
insight2lammps将MS导出的结构文件转成LAMMPS的data文件
sinat_31687035的博客
06-16 882
Material studio 导出的结构文件，通过insight2lammps.pl的脚本，转成LAMMPS可读取的data文件
lammps教程：ovito转换data文件格式的方法
lammps_jiayou的博客
07-10 2753
其中，data文件是lammps中最常用的输入文件之一，用于描述模拟系统的原子类型、坐标、力场参数等信息。atomsk建的模型默认的为atomic类型，如果atomic类型的data文件和full类型的data文件进行合并，需要把atomic类型转换为full类型。无论是将data文件转换为其他格式，还是使用转换后的文件进行进一步的模拟或分析，都需要谨慎处理数据，确保结果的准确性和可靠性。如果data文件不大，可以直接把data文件中的原子坐标部分复制到excel中，添加分子id和电荷信息两列即可。
c语言写lammps的data文件,科学网—lammps中data文件的建立 - 周龙的博文
weixin_42352453的博客
05-25 2177
Data文件书写步骤lammps中关键的一步是data文件的建立，这里总结3种不同的方法来建立data文件。(个人推荐方法二)方法一：首先通过Ms建立模型，然后输出cif或者pdb格式文件(最好用pdb格式文件，因为pdb格式文件包含电荷)；其次，通过Atomsk进行格式转化，将cif格式转换成lammps识别的lmp格式文件；(注意：MS导出cif格式经过atomsk转换成.Lmp格式，data...
LAMMPS data文件创建工具--moltemplate
YIYIYYYYII的博客
04-06 2532
一 介绍长久以来，lammps的数据文件构建就是一个大问题（对我来说）。一方面，LAMMPS的数据格式比较特殊，很多软件不能直接导出; 另一方面小分子到大分子的变换，大分子在系统中的排布和大分子中的拓扑结构都需要牵扯很多的精力。经过长时间的试错，我算是终于找到一个比较合理且简约的技术栈，可以直接生成lammps所需的in文件和data文件。 如图所示，整个技术栈分为：基本绘图：绘制基本的单元，如高分子结构单元，单个水分子或者甲烷分子等; 数据文件：导出成常见格式的数据文件，如PDB，XYZ; [空间排布]：
matlab生成lammps的data文件
最新发布
09-28
Matlab可以用来生成LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 数据文件，通常用于模拟材料的行为。LAMMPS数据文件主要包括原子的位置、类型、速度等信息，以及潜在能量函数和其他系统属性。在Matlab中，你可以通过一些数值计算库，如MATLAB Physics Toolbox或自定义脚本，来进行这样的操作。 以下是简单的步骤： 1. **创建结构数组**：首先，你需要创建一个包含所有原子属性的数据结构，例如位置(x, y, z)，类型(index)，可能还有其他物理属性如速度。 ```matlab atomData = struct('x', positions(:,1), 'y', positions(:,2), 'z', positions(:,3), 'type', types); ``` 2. **编写文本格式**：将这个结构数组转换成LAMMPS可以理解的文本格式。比如，对于位置和类型的存储，可以这样写入`data.lmpdata`文件： ```matlab fid = fopen('data.lmpdata', 'w'); for i = 1:length(atomData) fprintf(fid, '%d %f %f %f\n', atomData(i).type, atomData(i).x, atomData(i).y, atomData(i).z); end fclose(fid); ``` 3. **添加额外的信息**：如果你想添加能量函数或其他特性，需要根据LAMMPS的特定语法，比如`variable`命令，来添加相应的行到`data.lmpdata`中。 注意：这只是一个基本的例子，实际操作可能需要根据你的模拟需求进行调整，并确保所有单位都符合LAMMPS的规定。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

Mr. Material

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值