insight2lammps将MS导出的结构文件转成LAMMPS的data文件

本教程根据“insight2lammps工具解决MS单分子建模转data参数缺失问题”的内容，介绍在windows系统下的具体操作步骤。

insight2lammps是建模软件Enhanced Monte Carlo (简称EMC)中的一个perl脚本（文件名为insight2lammps.pl），可利用MS导出的.car和.mdf文件，产生LAMMPS可读取的data文件。相比于LAMMPS自带的msi2lmp工具，克服了经常出现的缺失力场参数的的问题。这里所说的缺失力场参数问题是msi2lmp本身的问题，不是力场的问题，即在MS中可以成功赋力场，无缺失参数问题，但用msi2lmp就会出现缺失参数问题（具体原因我也不清楚）。前面给出的链接中已经比较详细的介绍了insight2lammps在linux系统下的具体使用方法，本文介绍在windows中的操作方法。

1.配置perl编译环境。下载软件strawberry perl，具体搜索和下载方法如下图所示。点击下载后，直接双击安装即可。

2. 获取insight2lammps.pl文件。此文件可以从下载的EMC软件中找到，具体方法参考前文给出的链接，这里不再追溯。

3. 归置所有所需文件。具体需要的文件包括：.car文件（MS导出）、.mdf文件（MS导出）、insight2lammps.perl文件（EMC软件中获取）、pcff.frc文件（LAMMPS自带有），如下图所示。这里我以C6（正己烷为例），采用的立场为pcff力场。

4. 修改insight2lammps.perl中的力场信息。由于我用的是pcff力场，需要修改insight2lammps.perl中的所赋力场的信息。用记事本（或其它软件）打开insight2lammps.perl，找到变量$forcefield位置，修改力场为pcff，如下图所示。保存后，关闭。

5.运行脚本，生成data文件。在存放所有文件的文件夹（步骤3中的图）的任务栏中，输入cmd,打开命令行。输入命令：

perl insight2lammps.perl C6

如下图所示。

回车后，会出现如下图情况，一直没有结束的标志，好像程序还在运行中（具体为啥我也不清楚，等我后面搞清楚了再说吧）。

此时再敲一下回车，出现下图情况，则运行结束。

此时文件夹中出现了data文件(C6.data)，打开后发现导出成功，导入ovito后，选择full类型，正常显示。如下图所示。

END