那些年踩过的坑（一）——安装Rdkit的曲折之路

在做项目的时候碰到一个比较坑的问题，就是Rdkit无法安装，在经过一系列折腾以后终于成功了，非常高兴，所以将自己安装Rdkit时的一些经历记录下来（因为不是一边安装一边写的博客，所以一些报错没办法截图了），一方面用来告诉自己一件事，那就是只要思想不滑坡，方法总比困难多，遇到报错时不要慌，要细心地阅读Warning和Error，而且网上有很多大佬的教程，仔细摸索总会解决问题的，另一方面也想把我的经历给其他遇到奇奇怪怪问题的人提供一些参考，大家可能和我的问题差不多，也有可能相差甚远，但是我相信大家都是为了解决问题，能帮到大家的自然是好的，不能帮到大家的也想给予一些鼓励，就相当于是鼓励几个小时前的我（小声bb，我确实菜，大家别笑）。

因为我一般在实验室的服务器上跑代码（以下的操作也都是在服务器上弄的，我都是用的XShell连的服务器），通常通过下列命令进入tensorflow虚拟环境然后运行python文件就可以了：

conda activate tf

但是，有时候会碰到一些奇奇怪怪的包，导致代码无法运行，应该是配置的虚拟环境上没有安装这些包，因此需要自己pip一下，然后大部分这种情况通过这种方法都能得到解决，然而Rdkit无法用pip进行安装，所以我就去找怎么安装Rdkit，第一站是官网：http://www.rdkit.org/docs/Install.html#how-to-install-rdkit-with-conda，截图如下：

然后我按照官网一步步操作，结果第一步就倒下了，报了很多错，无法安装Rdkit：

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

于是我又继续去找教程，找到了以下三个大佬的教程：

https://www.cnblogs.com/guiguiguoguo/p/10601255.html

https://blog.csdn.net/zhaoguanghe/article/details/96348012

https://blog.csdn.net/zhaoguanghe/article/details/96348012

第一个大佬写了要fan qiang，然而我这条件一时间也没办法弄，所以我找到了后两个大佬的教程，他们写了说是因为用anaconda原网站下载速度慢，需要改用清华镜像网站，于是我按照教程进行操作：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --set show_channel_urls yes

操作完成后，我重新执行以下命令：

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

报错变了，是个好兆头，然后我发现报错是在安装blas-1.0时出错，报错中出现了：InvalidArchiveError，而且报错上面说无法删除/mnt/anaconda3/pkgs/blas-1.0-mkl/下面的一些文件，需要删除旧的这些文件，才能安装新的blas-1.0，接着我找到下面这个大佬的方法：

https://blog.csdn.net/qq_35374722/article/details/102845656

大佬说要删除与报错中对应的文件，这给了我灵感，于是我就直接到/mnt/anaconda3/pkgs/目录下去删除blas-1.0-mkl文件夹，但是很遗憾，我并没有成功，删除命令没有执行成功，它依旧在（我觉得可能是权限的问题，因为我不是管理员账户，但是我查看了它的权限，是777即rwxrwxrwx，讲道理我应该可以删除的啊，有点没搞懂，希望有大佬看到可以为我解惑）：

rm -r blas-1.0-mkl

然后我突发奇想，我在XShell上面用命令删的话不行，那我到Xftp上删可不可以呢，事实上是我犯蠢了，在Xftp上删除也是不行的，但是在琢磨了一下后，我想试试在Xftp重命名这个文件夹可不可以，于是我把blas-1.0-mkl文件夹重命名为了blas-1.0-mkl-old，我发现竟然可以（有点瞎猫碰到死耗子的感觉，我感觉没搞懂，但我当时已经顾不了那么多了，有希望简直就谢天谢地了），然后我立马回到XShell，再一次执行以下命令：

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

我的天，终于成功了，安装上了Rdkit，接着我就开始激活my-rdkit-env虚拟环境：

conda activate my-rdkit-env

也没出问题！！！然后我运行python文件也成功了！！！

说实话，到成功的那一刻，确实感觉人生圆满了，但是之后就越发感觉自己好菜，这一点问题弄了这么久，不过，总的来说，还是非常高兴的。

在最后再综合一下所有资源，感谢大佬们的教程，它们有的解决了我的部分问题，有的给我指明了道路，非常感谢他们（第一个是Rdkit官方文档）：

http://www.rdkit.org/docs/Install.html#how-to-install-rdkit-with-conda

https://www.cnblogs.com/guiguiguoguo/p/10601255.html

https://blog.csdn.net/zhaoguanghe/article/details/96348012

https://blog.csdn.net/zhaoguanghe/article/details/96348012

https://blog.csdn.net/qq_35374722/article/details/102845656