FSL安装

最新推荐文章于 2023-10-15 10:43:41 发布

@林更新的小迷妹

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分类专栏： mri预处理文章标签： linux centos 运维

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虚拟机linux系统下FSL的安装（个人学习记录）

FSL有两种安装位置：

1，建立双系统，选择在linux系统安装

2，在windows系统借助虚拟机安装

这里我选择第二种

有三种安装方法：

1，安装python，官网下载fslinstaller.py文件安装，进行必要的配置，测试安装成果（参考博客）

2，使用软件管理apt安装（参考博客https://blog.csdn.net/alpha_leemc/article/details/51037229）

3, Windows下利用虚拟机运行FSL 安装和配置(https://www.cnblogs.com/dalmatian/archive/2013/07/20/3202265.html)

4，下载source code 安装（官网安装方法https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/SourceCode）

第4种方法使用的人最少，这里我选择第一种

初步思路：

先清理虚拟机vmware，然后安装centOS-7，安装python，官网下载fsl.py文件安装，进行必要的配置，测试安装成果

————————————————————————————————————————————————————————-——————————————-

第一步：

虚拟机中卸载和重装系统通过ISO映象文件

卸载已有系统按照这个：

https://zhidao.baidu.com/question/563548370.html

安装新系统按照这个：

https://blog.csdn.net/yang5726685/article/details/78635388?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163646166516780357223987%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&request_id=163646166516780357223987&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allsobaiduend~default-1-78635388.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=%E8%99%9A%E6%8B%9F%E6%9C%BA+centos&spm=1018.2226.3001.4187

出现问题：启动虚拟机黑屏试图关闭显示繁忙

https://blog.csdn.net/my773962804/article/details/119655955

仍旧解决不了的时候或者这个更全面

https://blog.csdn.net/weixin_42711412/article/details/115166272?spm=1001.2101.3001.6650.3&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-3.essearch_pc_relevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-3.essearch_pc_relevant

以管理员方式打开cmd输入以下指令

netsh winsock reset

提示：'netsh’不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件

解决;https://zhidao.baidu.com/question/444799525.html

如下：

netstat -an
不行就
执行程序的路径没了。
在cmd下输入 PATH C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem 或
在我的电脑—属性—高级—环境变量里面重新设置路径，按新建变量名输入：path变量值输入：%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem

在知乎上找方法;

https://zhuanlan.zhihu.com/p/93980116

点击编辑–>首选项–>设备–>虚拟打印机–>启用虚拟打印机然后重启虚拟机成功了出现了登录界面然而没有出现密码填写的候选框

做最后一遍的重启尝试并且点击蓝色的用户条终于出现了输入密码 xxmgbhmf123终于进去了 oh yeah!

第二步：

现在图形化界面如何进入root状态

https://blog.csdn.net/liuxiao723846/article/details/89245933?spm=1001.2101.3001.6650.4&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-4.no_search_link&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-4.no_search_link

这个好像可行

https://blog.csdn.net/qq_43577066/article/details/105540188?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163654456016780271514784%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&request_id=163654456016780271514784&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allbaidu_landing_v2~default-1-105540188.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=gnome%E8%BF%9B%E5%85%A5%E5%91%BD%E4%BB%A4%E7%95%8C%E9%9D%A2&spm=1018.2226.3001.4187

最后可行的是

按下 ctrl+alt+f2-6 可以进入纯命令行界面
之后按下 ctrl+alt+f1 或 ctrl+alt+f7（据说）可以切回到图形界面

鼠标不见了按ctrl+alt

删除重新安装

https://blog.csdn.net/tsundere_x/article/details/104263100?spm=1001.2101.3001.6650.3&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-3.essearch_pc_relevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-3.essearch_pc_relevant

此处尝试了多次无效

改为安装ubuntu18.4

Linux有红帽，centos,ubuntu等系统

镜像网站

https://mirrors.bfsu.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/

ubuntu-18.04.5-desktop-amd64.iso

https://download.csdn.net/download/jasonczy/10611416?spm=1001.2101.3001.6661.1&utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-download-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.essearch_pc_relevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-download-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.essearch_pc_relevant

仍然失败

重新安装vmware再安装ubuntu，成功！

记录安装时的细节：

安装vmware的时候

1，直接百度下载之家下载安装包

2，百度vmware 15密钥 搜到了一个帖子就从中选择密钥进行尝试

安装utunbu的时候和centos不一样 流程更简单 但是再retrieving file这个阶段进度先慢后快

记录一下安装的版本和位置

vmware：

安装包和解压在D:\迅雷下载

实际安装位置在D:\VMware

ubuntu：

镜像在D:\ubuntu-18.04.5-desktop-amd64.iso

虚拟机的ubuntu系统环境在D:\ubuntu

linux命令的细节：

pwd 查看当前的位置
/home 根目录
root 目录
cd..进入某个目录
ls
bash命令 tab或者tabs有自动补全的功能

查看目录是ls 进入目录是cd

直接打开root权限
sudo su

安装fsl，成功！（下载很慢，不关系统和虚拟机，运行一整晚，第二天已经安装好，需要配置路径，）

最终下载的参考：

https://blog.csdn.net/qq_36421001/article/details/119775745

https://blog.csdn.net/qq_38851184/article/details/117907354?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163678757316780255284543%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163678757316780255284543&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allfirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-13-117907354.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=utunbu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

https://blog.csdn.net/weixin_43156127/article/details/120164349?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.essearch_pc_relevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.essearch_pc_relevant

下载步骤：

搜狐浏览器 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads

下载fslinstaller.py到Downloads里面：

先安装python2.x版本（Ubuntu默认不带python2.x， 所以需要进行安装）：

sudo apt install python2.7

查看所安装的Python：

ls /usr/bin/python*

python（按两下Tab键即可显示出所安装的Python，不要按回车）

mkdir fsl
(新建安装位置的文件夹)

cd ~/Downloads

sudo /usr/bin/python2.7 fslinstaller.py

（python2 fslinstaller.py出错 根据https://www.pythonheidong.com/blog/article/472431/55c1668e46f756d79ffe/
改为：sudo /usr/bin/python2.7 fslinstaller.py）

经过一晚上的下载… 注意这个没错只是还需要配置的意思！

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-14IJH4jL-1636959079911)(file:///D:\QQ\1438895679\Image\C2C\61CA1C55C0BF6B91C0F8670DF159A23E.jpg)]

打开文件
gedit ~/.bashrc
（vim ~/.bashrc）

末尾补充
FSLDIR=/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
（“/fsl”此处选择）

（快捷键ctrl+s)

source ~/.bashrc 

终端输入fsl

补充：ubuntu下修改环境变量以及添加PYTHONPATH方法
https://blog.csdn.net/jasonzzj/article/details/53941147

如果出现问题，备用

https://www.icode9.com/content-4-687322.html

https://www.jianshu.com/p/0371e62bd958

https://blog.csdn.net/qq_36421001/article/details/119775745

关于安装Freesurfer：

https://blog.csdn.net/yoyoxueli123/article/details/116270178

安装Freesurfer的流程：

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall

首先找到Freesurfer对应版本并下载

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-wWg263X6-1636959079913)(C:\Users\Administrator.DESKTOP-EFDU7KR\AppData\Roaming\Typora\typora-user-images\image-20211113100403967.png)]

关于电脑文件转到虚拟机：

1，尝试用u盘

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-DZVsa5kv-1636959079914)(C:\Users\Administrator.DESKTOP-EFDU7KR\AppData\Roaming\Typora\typora-user-images\image-20211113133415544.png)]

解决：

https://baijiahao.baidu.com/s?id=1638391180481293537&wfr=spider&for=pc

安装freesurfer的时候需要使用到liscence获取失败通过火狐浏览器的插件可以获得

https://blog.csdn.net/jackjones_008/article/details/106102237

https://blog.csdn.net/weixin_39709979/article/details/111577373?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2_defaultbaidujs_title~default-0.essearch_pc_relevant&spm=1001.2101.3001.4242.1

moz-extension://a2e4ef59-7bf1-4a05-9db8-7573e099bdcf/option/index.html

其他参考

https://blog.csdn.net/yoyoxueli123/article/details/116270178

https://blog.csdn.net/uinglin/article/details/79541063

一些相关博客
第一种方法

https://blog.csdn.net/qq_26681017/article/details/81636579?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780262551213%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334..%2522%257D&request_id=163685832916780262551213&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~baidu_landing_v2~default-4-81636579.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

https://blog.csdn.net/qq_38851184/article/details/117907354?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780265413895%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163685832916780265413895&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-13-117907354.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

这个人说了三种方法 我目前是第一种
https://blog.csdn.net/selous/article/details/79469390?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=Ubuntu%20fsl&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-3-79469390.first_rank_v2_pc_rank_v29&spm=1018.2226.3001.4187

如果继续尝试第一种的话

/usr/bin/env: ‘python’: no such file or directory
whereis python

https://blog.csdn.net/clancy_wu/article/details/112183219?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780265413895%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163685832916780265413895&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-21-112183219.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

https://blog.csdn.net/qq_32696375/article/details/84001746?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163676760616780357246653%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163676760616780357246653&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-8-84001746.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=utunbu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

如果换第2种是他推荐的 参考：
 https://blog.csdn.net/alpha_leemc/article/details/51037229
 结合：
 https://blog.csdn.net/m0_46418391/article/details/107435915?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780265413895%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163685832916780265413895&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-20-107435915.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187
 结合：
 https://blog.csdn.net/yazhousmile/article/details/54408927?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=Ubuntu%20fsl&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-7-54408927.first_rank_v2_pc_rank_v29&spm=1018.2226.3001.4187
 结合：
 https://blog.csdn.net/qq_32696375/article/details/84001746?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780265413895%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163685832916780265413895&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-7-84001746.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187
 结合：（此篇配图和说明，最为详细）（但是看你缺少fsleyes)
 https://blog.csdn.net/qq_41763734/article/details/104721471?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163685832916780265413895%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163685832916780265413895&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-8-104721471.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=Ubuntu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

安装matlab

https://blog.csdn.net/qq_42275277/article/details/100144346?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163678757316780255284543%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163678757316780255284543&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allfirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-15-100144346.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=utunbu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

安装spm

https://blog.csdn.net/Iris_bysshqx17/article/details/100023793?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163678829716780271518044%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163678829716780271518044&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allfirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-9-100023793.first_rank_v2_pc_rank_v29&utm_term=utunbu+fsl&spm=1018.2226.3001.4187

补充注意事项：关于fsl内置的fsleyes版本较低需要替换

下载搜狗输入法

https://www.cnblogs.com/hechangchun/p/11872170.html

附录:

参考网址：

https://blog.csdn.net/weixin_41948388/article/details/86484666

推荐MRtrix 3论坛，可以把自己在处理数据中遇到的问题写下来，一般一星期之内会有人回答。
MRtrix3 Community

https://community.mrtrix.org/

freesurfer使用细节的参考

https://www.freesion.com/article/64401061588/

https://blog.csdn.net/uinglin/article/details/79541063

w.cnblogs.com/hechangchun/p/11872170.html

附录: