FSL安装个人经验帖（Ubuntu18.04）——23年9月更新

mankkiAC

已于 2023-09-12 18:34:54 修改

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文章标签： linux ubuntu 不求最优只求能用的MANKI

于 2022-06-16 20:16:02 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/manqiAC/article/details/125322500

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个人装了几次FSL后发现还是在线安装最方便，推荐方法一

- 方法一（最好用！推荐）

这种方法关键是保证网络顺畅，我们学习室的台式机没有无线网卡，我历经了几次京东退货后，发现linux18系统能用的是比较旧的一款网卡Tenda W311M 150M。
安排好网卡后，没有python2.7可以先安装一个python

sudo apt-get install python2.7 #下载python2.7

再进入FSL官网（https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/），填写好资料后就能下载fslpython_install.py，下载好后就可以开始安装了

python2.7 [下载存放路径]/fslpython_install.py #用python2.7运行fsl的下载和安装

安装过程中看到这么一句话，提醒你指定fsl的安装位置

where to install fsl? [/usr/local/fsl]

输入你想安装的位置路径，如：

/media/mankiki/software/fsl #我的安装位置选在software分区的，这条命令会在这里新建一个fsl文件夹存放所有的组件

等待上面的命令完成没有报错就是安装成功了，可以直接跳到我后面“按照fsl官网的测试命令试试fsl还有没有啥其他问题”这部分。

若过程中fsl下载完成但安装失败（如step1完成，step2失败），输入下列命令重新安装：

sudo rm -r $FSLDIR/fslpython   # 删除fslpython配置路径
sudo $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh -f $FSLDIR  # 重新安装缺失文件

例如我的：

sudo rm -r /media/mankiki/software/fsl/fslpython 
sudo/media/mankiki/software/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh -f /media/mankiki/software/fsl

若安装过程中又报错，打开它指示的***.log文件翻到很后面的位置查看问题所在（看到英文不要害怕，就找Error这个词在哪里，然后把完整的那句报错内容复制到百度找办法），例如我遇到的是miniconda安装问题（CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url）

百度下解决办法：

快速创建channels配置文件的备份(保险起见)

cp ~/.condarc{,.bak}

添加清华的镜像源

> conda config --add channels
> https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ conda
> config --add channels
> https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda
> config --add channels
> https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config
> --set show_channel_urls yes

删除部分内容

vim ~/.condarc

##主要是删除此行： - defaults
#修改后配置文件的内容如下：

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
show_channel_urls: true

按ESC后输入:wq保存退出

source  ~/.condarc #应用修改后的设置

再次尝试前面提到的重新安装的命令 rm …………

安装好后，按照fsl官网的测试命令试试fsl有没有啥其他问题
在这里插入图片描述

测试的时候我输入flirt -version后碰到了一个报错：

flirt: error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory #说明不存在libquadmath.so.0

同样百度解决方法如下：

sudo apt install libquadmath0 #安装libquadmath0

————————以下是之前的经验分享，捉了点虫———————————
- 方法二（去年尝试的，参考了其它人的分享贴，有小伙伴反馈说成功了）

官网推荐通过fslpython.py文件下载FSL失败了太多次，我放弃了，所以采取先下载安装包再安装到系统上的策略。
fsl6.0.5 的下载地址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-6.0.5-centos7_64.tar.gz

在terminal里输入（$downloaddir 为你下载安装包时选择的保存路径）不清楚cp\cd\tar等命令什么意思先去搜一下：

cp $downloaddir/fsl-6.0.5-centos7_64.tar.gz /home/manki/software/fsl #把安装包复制到我想安装的位置，即/home/mankiki/software/fsl
cd /home/manki/software/fsl #进入该位置
tar -xzvf fsl-6.0.5-centos7_64.tar.gz #解压安装包

在terminal里继续输入 vim ~/.bashrc 打开打开一个文件添加环境变量：

FSLDIR=/home/manki/software/fsl #等号后面是你的安装路径
#下面三行不用改动继续输入
${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:$PATH
export FSLDIR PATH

输好后按esc, 输入:wq!再按enter强制保存退出

在终端里输入source ~/.bashrc即可

现在就可以直接在terminal里输入fsl打开软件了

安装FSLeyes

下载软件包解压安装fsl后，还要再安装FSLeyes和配置环境，我看了别人的经验分享贴，使用Anaconda构建虚拟环境后下载安装fsleyes。

sudo su #取得root权限
wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh #下载anaconda
bash $downloaddir/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh #安装,$downloaddir为你的下载路径

长按enter，直到出现 [yes|no]，输入yes
同样会需要你自定义安装路径，我新建了个文件夹cell在/home/mankiki/下, 选择它作为我的安装路径：[/root/anaconda3] >>>/home/mankiki/cell/anaconda3

Do you wish the installer to initialize Anaconda3? ……还有啥来着，反正是输入yes

输入source ~/.bashrc 使得安装生效

配置所有用户都可以使用anaconda

输入vim ~/.bashrc查看.bashrc文件，将如下所示的conda配置部分复制到/etc/bash.bashrc末尾（用vim /etc/bash.bashrc打开编辑即可）
在这里插入图片描述
再重启一下终端。

这一步是去掉base（看的攻略建议的，我也不清楚具体的作用）

conda deactivate
conda config --set auto_activate_base false

创建虚拟环境fslpython（在root条件下创建，便于所有用户都可以用，其存于$AnacondaPATH/envs/目录下，我的是/home/mankiki/cell/anaconda3/envs/）

conda create -n fslpython python=3.8
conda activate fslpython #激活虚拟环境
conda install -c conda-forge fsleyes #安装fsleyes

然后进入到 $AnacondaPATH/envs/fslpython/bin/下，输入./fsleyes运行fsleyes
如：

cd $AnacondaPATH/envs/fslpython/bin/ #我的是 cd /home/mankiki/cell/anaconda3/envs/fslpython/bin/ 
./fsleyes #打开fsleyes

但这是如果直接输fsl看到fsl GUI界面，点击其中的‘FSLeyes’还是没反应，就需要继续操作。

rm /home/mankiki/software/fsl/fsl/bin/fsleyes #删除fsl里的fsleyes（如果有的话，我把fsl的安装目录弄多了一个文件夹，所以路径就长了……）
ln -s /home/manki/cell /anaconda3/envs/fslpython/bin/fsleyes /home/manki/software/fsl/fsl/bin/fsleyes #建立新的软连接替换之前的fsleyes
ll /opt/fsl/bin/fsleyes #查看一下

在从terminal输入fsl，然后再点击FSLeyes图标，就可以顺利调出了。

上述操作之后，还有些只在fslpython虚拟环境中的FSL命令可能也找不到，如imcp，immv，dcm2niix等……
可以参考这篇中最后一部分（批量建立软连接）
https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/112969857?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-1-112969857-blog-107435915.pc_relevant_paycolumn_v3&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-1-112969857-blog-107435915.pc_relevant_paycolumn_v3&utm_relevant_index=2

其他参考：
https://blog.csdn.net/m0_46418391/article/details/107435915?spm=1001.2101.3001.6650.13&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-13-107435915-blog-89376758.pc_relevant_downloadblacklistv1&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-13-107435915-blog-89376758.pc_relevant_downloadblacklistv1&utm_relevant_index=14