nii数据的各种处理详解

1 NIFTI格式图像

       .nii文件是NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式的文件。Nifti数据本身是除了矩阵信息（也就是图像信息之外），还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息.

       把nii数据转成png格式会损失很多信息，因为png格式图像的灰度值有256阶， 因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。但是Pythorch中的Dataloader是不能直接读取nii图像的，因此加一个CreateNiiDataset的类。

       pytorch中读取数据的主要途径——Dataset类。在自己构建数据层时都要基于这个类，类似于C++中的虚基类。根据自己的需要编写CreateNiiDataset子类。

2 使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

1）简单的图像读取和存储操作：

注意：不能直接对图像image进行取切片操作 

2）将nii格式图像存为npy格式的示例：3 使用SimpleITK读取NII格式三维图像

        Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中，功能非常强大，图像读取时一定要注意维度。

读取NII格式的图像

更多可参考

 SimpleITK的使用介绍