nii数据转png图像

python将.nii格式转png的方法

在医疗图像里面MRI图像存储为nii的时候，三维图像。四维则带上了时间标签。

nii数据解压以后如下图：

在这里插入图片描述

都是压缩包，在Python打开时后面要加上.gz

nii数据读取

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel import nifti1
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D

example_filename = './training/training/patient001/patient001_4d.nii.gz'
img = nib.load(example_filename)
print(img)
print(img.header['db_name'])  # 输出头信息
#显示图像
width, height, queue ,S= img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

批量将某个文件夹下3维的转为png代码

import numpy as np
import os  # 遍历文件夹
import nibabel as nib  # nii格式一般都会用到这个包
import imageio  # 转换成图像


def nii_to_image(niifile):
    filenames = os.listdir(filepath)  # 读取nii文件夹
    print(filenames)
    slice_trans = []

    for f in filenames[2:6]:
        # 开始读取nii文件
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path)  # 读取nii
        img_fdata = img.get_fdata()
        fname = f.replace('.nii', '')  # 去掉nii的后缀名
        img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
        # 创建nii对应的图像的文件夹
        if not os.path.exists(img_f_path):
            os.mkdir(img_f_path)  # 新建文件夹

        # 开始转换为图像
        (x, y, z) = img.shape
        for i in range(z):  # z是图像的序列
            silce = img_fdata[:, :, i]  # 选择哪个方向的切片都可以
            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)), silce)
            # 保存图像


if __name__ == '__main__':
    处理多个文件
    filepath1 = './training/training/'
    filenames2 = os.listdir(filepath1)
    for i in filenames2:
    	filepath= os.path.join('./training/training/', i)
    #处理单个文件
    #filepath = './training/training/patient001'
    imgfile = './iamge'
    print(filepath)
    nii_to_image(filepath)