Zotero + Markdown论文工作流

关键步骤

1. 在Zotero中，使用Better BibTex生成.bib文件，用于提取索引信息。由于后续需要使用pandoc将markdown转换为word或者LaTeX，所以Better BibTeX的首选项中需要设置快速索引格式为pandoc。同时，应当选择自己习惯的citekey格式用于快速插入。
2. 在Markdown编辑器中，选择性的引入citekey插件，这类插件不是必要的，但可以简化键入citekey的操作。需要注意citekey的格式，在下文的工作流中，设置了[@citekey]作为内联插入的标识，因此，Better BibTex中还需设置快速索引的Surround Pandoc citations with brackets选项。
3. 编写文档，在适当的位置插入citekey。
4. 安装pandoc脚本，最好将其写入PATH路径下，通常Markdown编辑器在安装pandoc的时候都会配置环境变量PATH；但如果是自己手动装的，最好配置一下。
5. Markdown编辑器的pandoc插件，不是必要的，而且不一定好用；如果始终无法导出，直接控制台调用pandoc转换就好。
6. 目标刊物的csl文件，用于指示pandoc转换citekey的引文格式。

Zotero Better BibTeX

1. 安装Zotero，Zotero是一款论文管理软件。严格上来说，大部分支持第三方插件的论文管理软件应该都有对BibTeX的支持，选择自己习惯的软件即可。
2. 安装Better BibTeX插件，直接去better-bibtex-git下载最新的release，格式为.xpi；Zotero中，Tools > Add-ons > 右上角settings > Install Add-on from File，选择下载好的.xpi文件。
3. 设置Better BibTeX插件。由于插件不同版本的UI可能存在差异，这里列出的几项位置可能不太一样：
   • Tools > Better BibTeX > Open Better BibTeX Preference，打开首选项设置界面。
   • 配置citation key formula为自己喜欢的格式，由于不同版本的插件语法可能不同，具体的citation key语法需要参照相关的教程。
     这里使用的citekey表示为作者名+年份，在v6.7.173版本的Better BibTeX中，配置的语法为auth.lower + year
   • 配置Quick-Copy format为pandoc citation，这个选项通常在Export相关的选项中，由于这里使用的内联插入标识形如[@citekey]，所以会进一步勾选Surround Pandoc citations with brackets。
4. 选择Zotero中的某个条目目录（文献库），右键菜单中，选择Export Collection；在弹出的页面中，设置Format为Better BibTeX；如果有需要的话，可以勾选Keep Updates选项，可以确保条目目录发生变化的时候，.bib文件同步更新。点击OK导出。

Obsidian Citekey Plugin & Writting

用于在Markdown中插入citekey的插件有很多，根据自己使用的编辑器，选择自己觉得可用的即可，这里使用的编辑器为Obsidian，采用Obsidian Zotero Integration插件，这个插件比较新， 维护相对及时；可以直接在Obsidian第三方插件浏览器下载。

1. 在Obsidian中安装Zotero Integration，启用该插件

2. 打开Zotero Integration的设置界面，在Citation Formats中，点击Add Citation Format，设置Output Format为Pandoc，勾选Include Brackets。
   

3. 在文档中，ctrl+p，选择Zotero Integration: Pandoc，在弹出的Zotero交互界面中，选择需要插入的论文即可插入Citekey。根据前文选择的格式，被插入的citekey的文本表示应该形如[@zhao1998a]，[@qian2014]。

4. 文档的标题等信息，可以在文档开头编写YAML表设置

   title: Start to Use Zotero + Markdown framework
   author: XXX
   date: 09. April 2024
   

5. 文档的参考文献列表，可在对应位置键入：

   :::{#refs}
   :::
   

Pandoc Export

因为Obsidian的pandoc插件不是很好用，这里选择使用控制台导出。

1. 安装pandoc脚本，可参考官方文档；在控制台中键入pandoc --help检查下是否配置了PATH，如果没有，最好配置一下。
2. 下载目标索引格式的.csl文件，通常在对应期刊的官网都可以找到。
3. 控制台键入：

   pandoc [markdown_file] -o [aim_file] --bibliography=[.bib file absolute path] --citeproc --csl=[.csl file path]
   

   建议使用绝对路径，且路径中最好不要包含中文字符。