微生物群落演替β-NTI，RCbray

最新推荐文章于 2024-09-12 11:05:36 发布
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分类专栏： 高通量数据分析方法理解 文章标签： r语言 笔记 经验分享
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数据分析的理解

物种丰度随时间/空间演变规律。
生态漂变: 物种相对丰度的随机变化。

零

根据平均最近分类距离(MNTD)和最近分类指数(NTI)量化评估每个样品间差异。
零是指将系统发育树随机打乱，MNTD可近似转化为均值为0，标准差为1的标准正态分布。

β-NTI

NTI量化观察到的MNTD与零分布均值的标准偏差数。
β多样性反应不同分组微生物随时间/空间格局变化趋势，组间距离。
β-NTI指示群落是否朝着某个方向周转。

参考

PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮
MPB：原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法

R语言并行计算RC~bray-curtis~距离
02-07
群落构建分析是微生物生态学分析的重要组成部分，成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI（beta nearest taxon index）来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导，其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI| <2则说明随机过程主导，但随机过程包含遗传漂变、扩散限制和均质扩散，那么如何对随机过程进一步划分呢？
原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法1
08-08
摘要：原理：微生物群落生态学的一个主要目标是了解构成跨时空物种丰度模式的过程(Stegen等，2012；Zhou等，2014；Dini-Andreote等，20
Nature子刊：多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能
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11-06 4307
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18个样本，抽平到8500条序列，4344个OTUs，计算beta-NTI共花费时间如下: > GPU（GTX1050）：1分20秒 > iCAMP包 的`bNTIn.p()` 函数4核并行：约16分钟 如果更好的显卡，更大的数据量，节约的时间应该更加可观。
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群落构建分析是微生物生态学分析中重要的组成部分，成为目前文章发表的热点技术。beta-NTI（beta nearest taxon index）是对群落构建进行量化的常用指数。beta-NTI的计算需要根据观察数据（OTU表和遗传发育树）多次...
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文章目录土壤pH与麦田根际和土体土壤中固氮群落的共存和装配过程有关写在前面摘要背景材料与方法样品收集土壤理化分析高通量测序和生物信息学分析统计分析结果小麦根际和土体土壤固氮菌的群落结构图1 土体土、松散结合土和紧密结合土中主要固氮菌属的相对丰度三个区块固氮菌群落的互作关系及网络拓扑特征图2 固氮菌群落在属水平上的共现网络结构(A); 在OTU水平上分析模块特性的网络作用(B).影响根际和土体土壤固...
干旱生态系统中土壤真菌与细菌群落构建的关系
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土壤微生物在陆地生态系统的各种生态过程中发挥着重要作用，包括土壤中的养分循环、污染物降解以及在环境变化下维持生态系统服务与功能的稳定。揭示微生物群落多样性和生物地理格局的基本机制，对于确定其与群落稳定性和生态系统功能之间的联系至关重要，是群落生态学研究的重要课题。微生物生物地理学的观点是，微生物无处不在，但受环境选择，突出了微生物很强的扩散能力和生态位适合度。然而，人们普遍认为确定性过程和随机过程都会影响微生物群落的生物地理格局和距离衰减关系(即微生物群落相似性随着地理距离的增加而减小)。
群落构建机制/过程(1)
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03-04 885
而中性理论认为，微生物群落构建主要受到随机出生、死亡、定殖、灭绝和物种形成的驱动。最近提出的过程理论则认为，微生物群落构建主要由四个生态过程决定：选择、扩散、漂变和多样化。图1 ｜ 低级群落过程构成高级群落过程，并最终描绘群落动态过程（a）以及这些生态过程中的确定性和随机性（b） (修改自Mark Vellend, 2016;是最近开发出的基于系统发育分箱的零模型算法，主要用于揭示微生物子群落的构建机制。例如：植物促生菌的子群落构建主要受到扩散限制的控制，通过具有针对性的接种可以潜在地增加它们的多度。
Microbiome：生态中心张丽梅组-植物发育时期驱动玉米微生物组生态角色的分化...
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点击蓝字 关注我们土壤与根系微生物群落组装过程与共发生网络沿环境梯度的差异性响应机制https://doi.org/10.1002/imt2.184.5iMetaRESEARCH ARTICLE●2022年4月5日，西北工业大学生态环境学院钟杨权威等在iMeta在线发表题为“Differential microbial assembly processes and co...
R语言地理加权回归、主成份分析、判别分析等空间异质性数据分析
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JWW19903121626的博客
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在自然和社会科学领域有大量与地理或空间有关的数据，这一类数据一般具有严重的空间异质性，而通常的统计学方法并不能处理空间异质性，因而对此类型的数据无能为力。以地理加权回归为基础的一系列方法：经典地理加权回归，半参数地理加权回归、多尺度地理加权回归、地理加权主成份分析、地理加权判别分析是处理这类数据的有效模型。6.共线性与变量选择：地理加权回归中的岭回归与Lasso回归。3.广义地理加权回归：链接函数，泊松回归与二项式回归。2.地理加权回归：基本方法与稳健方法，异常值的检验。8.QGIS中的地理加权回归。
R语言做beta-NTI
05-20
Beta-NTI（Beta-nearest taxon index）是一种用于衡量生物群落组成差异的指数。R语言中可以使用phyloseq包来进行beta-NTI的计算。以下是一个简单的示例代码： ```{r} library(phyloseq) # 导入OTU表和分类学注释信息 otu_table <- read.table("otu_table.txt", header=T, row.names=1, sep="\t") tax_table <- read.table("tax_table.txt", header=T, row.names=1, sep="\t") # 构建phyloseq对象 otu_physeq <- otu_table(t(otu_table), taxa_are_rows = TRUE) tax_physeq <- tax_table(t(tax_table)) physeq <- merge_phyloseq(otu_physeq, tax_physeq) # 计算beta-NTI beta_nti <- betadisper(physeq, "bray") ``` 其中，otu_table.txt为OTU表，tax_table.txt为分类学注释信息。betadisper()函数用于计算beta-NTI值，第二个参数指定使用bray距离计算beta-NTI。计算结果将保存在beta_nti变量中。
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