MTLAB 批量下载 脑医学图像数据集BrainWeb: Simulated Brain Database

MTLAB 批量下载 脑医学图像数据集BrainWeb: Simulated Brain Database

BrainWeb数据集的网址https://brainweb.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

1. 了解 BrainWeb: Simulated Brain Database

这是一个模拟大脑数据的数据库(SBD,Simulated Brain Database)。
SBD包含:一组MRI模拟器产生的真实的MRI数据量。
两组模拟器,一组基于正常的解剖模型(Normal),一组基于多发性硬化症的解剖模型(MS)。
其中,模拟脑MRI数据是三种序列(T1-、T2-和质子密度PD-),可以设置各种切片厚度噪声水平强度不均匀水平模拟完整三维数据体。

2.MRI模拟器

MRI模拟器由McConnell Brain Imagingl中心开发,允许用户独立控制各种采集参数并获得真实的大脑MR图像。
该模拟器采用基于Bloch方程的第一性原理建模实现了核磁共振信号产生的离散事件模拟,并逼真地模拟了图像产生过程中的噪声和部分体积效应。

3.模拟正常大脑的三维数据体

使用Anatomical Model of Normal Brain模型模拟正常大脑的解剖数据。

可以自定义的参数为固定的3种模态、5种切片厚度、6种噪声水平和3种强度不均匀水平。
在这里插入图片描述

4. 下载正常大脑的三维数据体

以 模态= T1,协议= ICBM,幻像名称=正常,切片厚度= 1mm,噪声= 0%,INU = 0%为例,选择好参数后,点击下载【Download】

  • 文件命名规则
    • 模态 T1,T2,PD
    • 协议 icmb
    • 脑图像名字:正常
    • 切片厚度 1mm,3mm,5mm,7mm,9mm
    • 噪声水平 pn0=0%;1%,3%,5%,7%,9%
    • 灰度不均匀水平 rf0=0%;20%,40%

下载的数据格式:
在这里插入图片描述
点击【start download】后,下载的文件格式为 .rawb,文件名为:t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb。图片的空间大小是181217181。

matlab打开文件及数据:

function g = readrawb(filename, num)
% 函数readrawb(filename, num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名,第二个参数num就是第多少张。
fid = fopen(filename);
% 连续读取181*217*181个数据,这时候temp是一个长度为181*217*181的向量。
% 先将rawb中的所有数据传递给temp数组,然后将tempreshape成图片集。
temp = fread(fid, 181 * 217 * 181);
% 所以把它变成了一个181*217行,181列的数组,按照它的代码,这就是181张图片的数据,每一列对应一张图。
% 生成图片集数组。图片集images数组中每一列表示一张图片。
images = reshape(temp, 181 * 217, 181);  
% 读取数组中的第num行,得到数组再reshape成图片原来的行数和列数:181*217。
image = images(:, num);
image = reshape(image, 181, 217);
g = image;
fclose(fid);
end

function init_image(filename,num)
% 函数init_image(filename,num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名,第二个参数num就是第多少张。输出为原始图像,未处理
%例如:init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90), init_image('phantom_1.0mm_normal_csf.rawb',90)
read=readrawb(filename, num);
% 旋转90°并显示出来
read=imrotate(read, 90);                                       
imshow(uint8(read));
end

在命令行窗口输入:

init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)

即可获得第90层的脑MR图像。

在这里插入图片描述

5.批量保存数据体的全部数据为mat文件与jpg图像文件

将全部181层的217*181大小的数据保存为mat文件与jpg图像文件,方便后续调用某一层的图像数据。
前提需要新建一个空白文件夹“results”。

clear
clc
filename='t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb';
for i=1:181
    read{i}=readrawb(filename, i);
    read{i}=imrotate(read{i}, 90); 
    % imshow(uint8(read{i}));
    imwrite(uint8(read{i}),['.\results\', int2str(i), '.jpg']);
end
save image_data read

在这里插入图片描述

新:现在有20种正常解剖模型 。
下载基于 BrainWeb数据集 的 20 个正常大脑的多模态模型模拟得到的脑图
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