Perl的一些初级练习题

Perl形势不太好，我是必修课要学的，大家可以去学习Python，不过Perl处理文本还是很可以的。

有错误欢迎私信我

1.读入一个文件，将序列变成一行输出

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open IN,"<$ARGV[0]",or die $!;
open OUT,">out.txt",or die $!;
while(<IN>){
	chomp;
	print OUT $_;
}
print OUT "\n";
close IN;
close OUT;

2.读入一个文件，将前5行打印到屏幕。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open IN,"<$ARGV[0]",or die $!;

for(0..4){
	chomp (my $Txt=<IN>);
	print "$Txt\n";
}
close IN;

3.将以下字母c a e w i m j q z s n 存入数组，排序后输出。

#!usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

my @array=qw(c a e w i m j q z s n);
my @sortarray=sort @array;

print @sortarray,"\n";

4.存储一些人的名字，写一个程序，做到输入一个姓就能告诉这个人的名。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

my %haxi=qw(Gang fei He Qiang Lie Wenzhe Tang Jingsha);
chomp(my $input=<STDIN>);
print $haxi{$input},"\n";

5.文本文件共有两列信息，第一列为序列编号，第二列为序列，请按以下四项要求进行过滤和处理，然后将符合要求的序列编号和序列输出到新文件中
1）每条序列需以ATG开头或者含有ATATAT；
2）每条序列长度需大于25；
3）如果符合上述两项要求的序列中含有除ATCG以外的字符，请替换成N；
4）请在每一行的末端加上poly-A/poly-T的序列及其在原序列中的位置。

注：这道题我自己随便写了个txt文件，大家也可以自己编一个，第四小问我不太懂，就给每个符合条件的序列尾部加了10个A，并记录第一个A的位置（序列下标从1开始计算）

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open IN,"<$ARGV[0]",or die $!;
open OUT,">testout.txt",or die $!;

while(my $txt=<IN>){
	if($txt=~/^(\w+)\s+(((?:ATG)|(?:ATATAT))\w+)/){
		my $id=$1;
		my $seq=$2;
		if(length $seq>25){
			$seq=~s/[^ATCG]/N/g;
			my $ployA="A"x10;
			my $ployA_i=length($seq)+1;
			print OUT $id,"\t",$seq,$ployA,"\t",$ployA_i,"\n";
		}
	}
}
close IN;
close OUT;

我的原文件是这样的：

处理后是这样的：

6.某文件（可自己编一个）中记录了若干数字，并用“，”将其分隔开来，计算并输出这些数字的平均值（保留两位小数）和中位数。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open IN,"<$ARGV[0]",or die $!;

chomp(my $txt=<IN>);
my @number=split /,/,$txt;

my $avg,my $midnumber;
for(@number){
	$avg+=$_/($#number+1);
}
printf "%0.2f\n",$avg;

my @sortnumber=sort {$a <=> $b} @number;
if($#sortnumber%2==1){
	$midnumber=($sortnumber[$#sortnumber/2]+$sortnumber[$#sortnumber/2+1])/2;
	print "$midnumber\n";
}
else{
	$midnumber=$sortnumber[$#sortnumber/2];
	print "$midnumber\n";
}

7.某文件（可以自己编一个）记录了一些人的身高，第一列姓名，第二列为身高，请按照身高从低到高重新排序输出到新的文件中。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open IN,"<$ARGV[0]",or die "Can't open file\n";
open OUT,">out.txt";

my %hash;
while(my $txt=<IN>){
	$txt=~/^(\w+)\s+(\d+)/;
	$hash{$1}=$2;
}
close IN;
my @sort=sort {$hash{$a} <=> $hash{$b}} keys %hash;
for(@sort){
	print OUT $_,"\t",$hash{$_},"\n";
}
close OUT;

8.现有一个fq格式文件（生信知识，不知道的可以去补一下）

• 去掉每条序列的5’和3’的三个碱基，并输出到一个文件中；
• FASTQ 转换成 FASTA，并输出到一个文件中；
• 计算文件中GC%；

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open FQ,"<$ARGV[0]",or die $!;
open OUTFQ,">out.fq";
open FA,">out.fa";

my $totallength;
my $GC;

while(my $id=<FQ>){
	chomp($id);
	chomp(my $seq=<FQ>);
	chomp(my $comment=<FQ>);
	chomp(my $quality=<FQ>);

	my $sub_seq=substr($seq,3,length($seq)-6);
	print OUTFQ "$id\n$sub_seq\n$comment\n$quality\n";
	
	$totallength+=length $seq;
	$GC+=($seq=~tr/GCgc/GCgc/);

	$id=~s/@/>/;
	print FA "$id\n$seq\n";
}
close FQ;
close OUTFQ;
close FA;
my $GCp=$GC/$totallength*100;
printf "GC=%0.2f\n",$GCp;

9.现有一个fa文件，做以下处理：

• 取互补序列
• 取反向序列
• 把DNA序列转换为RNA序列
• 小写字母输出
• 把序列行换成每行20个输出
  第1,2题代码如下：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open FAIN,"<$ARGV[0]",or die $!;
open FAOUT1,">Reverseout.fa";
open FAOUT2,">Complementaryout.fa";

while(my $id=<FAIN>){
	chomp(my $seq=<FAIN>);
	my $rseq=reverse $seq;
	print FAOUT1 "$id$rseq\n";
	$seq=~tr/ATCGatcg/TAGCtagc/;
	print FAOUT2 "$id$seq\n";
}

close FAIN;
close FAOUT1;
close FAOUT2;

第3,4题代码如下：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open FAIN,"<$ARGV[0]",or die $!;
open FAOUT,">rnaout.fa";
open FALOWOUT,">lowout.fa";

while(my $id=<FAIN>){
	my $seq=<FAIN>;
	my $lowseq=$seq;
	$lowseq=~tr/ATCG/atcg/;
	$seq=~tr/Tt/Uu/;
	print FAOUT "$id$seq";
	print FALOWOUT "$id$lowseq";
}

close FAIN;
close FAOUT;
close FALOWOUT;

第五题代码如下：

#!/use/bin/perl -w
use strict;
use 5.026;

open FAIN,"<$ARGV[0]",or die "The file cannot be opened\n";
open FAOUT,">mlineout.fa";

while(my $id=<FAIN>){
	print FAOUT $id;
	chomp(my $seq=<FAIN>);
	for(my $i=0;$i<length $seq;$i+=20){
		my $line=substr($seq,$i,20);
		print FAOUT "$line\n";
	}
}

close FAIN;
close FAOUT;