R语言实操记录——导出高清图片（矢量图）

R语言

R语言实操记录——导出高清图片（矢量图）

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一、起因（闲聊，可跳过）

最近需要用到环状图，照着说明书浅学了一下circlize包（网上的教程几乎全是机翻后的说明书内容，远不如直接看说明书，然说明书又太长，后续补一份文章，讲一下我自己的理解思路，方便后续生疏后可以快速上手），在成图的时候发现图片质量很差，就连坐标轴都是歪的。例如下图。

附上代码：

circlize_plot = function() {
  set.seed(12345)
  sectors = letters[1:10]
  circos.initialize(sectors, xlim = c(0, 1))
  circos.track(ylim = c(0, 1), panel.fun = function(x, y) {
    circos.points(runif(20), runif(20), cex = 0.5, pch = 16, col = 2)
    circos.points(runif(20), runif(20), cex = 0.5, pch = 16, col = 3)
    circos.axis(labels.cex = 0.6)
  })
  circos.track(ylim = c(0, 1), panel.fun = function(x, y) {
    circos.lines(sort(runif(20)), runif(20), col = 4)
    circos.lines(sort(runif(20)), runif(20), col = 5)
  })
  
  for(i in 1:10) {
    circos.link(sample(sectors, 1), sort(runif(10))[1:2], 
                sample(sectors, 1), sort(runif(10))[1:2],
                col = add_transparency(col_fun(rnorm(1))))
  }
  circos.clear()
}
circlize_plot()

保存方法

png("circliz.png")
circlize_plot() #绘制图片的代码，放在pdf和dev.off中间
dev.off()

我师兄的第一反应都是让我换软件了，哈哈。但作为一个出了这么多年的软件不应该有这样的问题，我思考了一下，可能有下面几个原因。

• 1、circlize包中可能有我未知的绘图前的需要设置的参数。
• 2、受限于Rstudio本身的原因，图片无法展示高清细节，需要下载为高像素的图片。
  针对第一个猜测，我发现说明书中没有特别提及相关参数，为了排除代码问题，我找了一个说明书中的示例代码，跑了一遍，与说明书中的高清图片不同，我仍然得到了低质量图片，所以排除这个猜测。下图为说明书中的图片。

针对第二个猜测，我去网上查询了一下，果然遇到相同问题的人不少啊。

二、如何在R中导出高清图片（矢量图）

2.1、保存为EPS图片格式后转AI编辑

• 1、把自己的图片保存成EPS格式

  • Encapsulated Post Script (eps)，是一种被封装后的文件。主要由Ai软件生成的。PS和AI均可以打开，只不过用PS打开时会将eps文件进行栅格化（像素会变到300dpi，会变糊，所以建议用AI打开）。
    
    

• 2、得到保存的EPS图片，用Adobe Illustrator (AI)打开
  

• 3、在AI中可以编辑，保存成自己想要的格式
  

2.2、保存为PDF格式（推荐）

• 直接导出为PDF格式，也可以得到导出pdf的矢量图，后续想要编辑，还是转到AI中打开。

pdf("circliz.pdf")
circlize_plot() #绘制图片的代码，放在pdf和dev.off中间
dev.off()

2.3、用ggplot2包的ggsave函数输出图片（SVG格式）

• 相较于base中提供的保存图片函数，ggsave函数的功能更强，可以设置长宽和分辨率（dpi）大小及保存的格式等，自然可以获得高清图片。可惜的是并非所有函数生成的图片都适用于ggsave函数保存（例如circlize包绘制的图形就不行）。
• 可缩放矢量图形（Scalable Vector Graphics，SVG）基于 XML 标记语言，用于描述二维的矢量图形

library(ggplot2)
ggsave(filename = “filename.svg”, polt, width=  ,height=  ,dpi= )

三、矢量图与位图

• 其实最开始我获得的图片是位图（Bitmap），由一个个像素点构成，所以放大后才看起来不连贯。后续获得的高清图片则是矢量图（Vector），也称为面向对象的图像或绘图图像，在数学上定义为一系列由点连接的线。由于图像是由数学公式描述的，可以根据需要重新生成，所以矢量图可以进行无损缩放

• 位图和矢量图是两种常见的图像表示方法，它们有一些明显的区别。下面是位图和矢量图之间的主要区别：

  • 定义方式：
    • 位图：由像素（Pixel）组成的网格，每个像素都有自己的颜色值。图像被分成许多小的方块，每个方块称为像素。
    • 矢量图：使用数学公式描述图像，通过定义线段、曲线、形状等来创建图像。
  • 缩放性：
    • 位图：在缩放时，位图会失去一定的精度。当放大位图时，边缘变得锯齿状，而缩小位图时，细节可能会丢失。
    • 矢量图：矢量图可以无损地进行缩放，因为图像是由数学公式描述的，可以根据需要重新生成。
  • 文件大小：
    • 位图：文件大小取决于像素的数量和颜色深度。由于每个像素都需要存储颜色信息，位图文件通常比较大。
    • 矢量图：矢量图文件通常相对较小，因为它们仅存储对象的描述和属性，而不存储每个像素的颜色信息。
  • 分辨率：
    • 位图：位图具有特定的分辨率，表示为每英寸的像素数（DPI）。更高的分辨率可以提供更多的细节和更清晰的图像。
    • 矢量图：矢量图没有固定的分辨率，它们可以无损地缩放到任意分辨率。
  • 编辑灵活性：
    • 位图：位图通常是平面图像，难以修改或编辑。对位图进行编辑时，需要对每个像素进行处理。
    • 矢量图：由于矢量图使用数学公式来定义图像，因此可以轻松地修改、调整和编辑各个元素。
  • 应用领域：
    • 位图：位图常用于表达照片、实际场景和复杂的图像，如数字照片、位图图标等。
    • 矢量图：矢量图常用于需要无损缩放和编辑的图像，如图标、徽标、插图等。
      综上所述，位图适用于表达真实场景和细节丰富的图像，而矢量图适用于需要无损缩放和编辑的图像。选择使用哪种图像格式取决于具体的应用需求和使用场景。