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RSS订阅原创 DAVID 功能注释数据库
最近在做转录组分析时遇到个问题，由于本人是半路出家学习的生信，所以在做注释分析时主要采用的都是近几年比较主流的软件，比如Y叔的等软件，对于之前出现的软件几乎都不了解，所以当碰到近几年主流的软件无法进行注释的时候就无从下手了。注释、可视化和集成发现数据库（）为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以了解大型基因列表背后的生物学意义。这些工具由建立在大卫基因概念基础上的全面的大卫知识库提供支持，该知识库汇集了功能注释的多个来源。
2024-03-20 18:06:38
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原创 R中画中国地图并根据经纬度添加标记点
两个建图方式都各有优缺点，hchinamap包缺点在于不能通过经纬度来添加标记，但是能够通过调整数据来调整每个省份的数据，从而进行展示；leaflet包能够添加多种底图并且能够根据阿里源提供的最新版的底图来展示中国地图，同时能够根据经纬度来添加各种标记点；
2024-01-29 18:27:37
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原创 基因组文件及gtf文件的下载及从GTF中提取注释信息
对于大多数的细菌来说做，查找未知基因的功能都是一个问题，我在做细菌的转录组分析时就碰到了这个问题，得到差异基因之后无法系统的进行下一步分析，GO数据库只提供很少的物种选择，kegg虽然提供了不少这种信息，但是对于大多数的菌群来说还是不够，所以对于部分数据来说直接从NCBI或者Ensemble数据库中给的gtf注释文件中提取基因的注释信息也是一种方法。
2024-01-09 12:08:52
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原创 antismash7.00安装、使用及常见错误
antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。
2023-08-04 11:40:13
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原创 Windows下安装miniconda（Windows版本+ubuntu子系统Linux版本）
(powershell Promter与Promter的区别在于Powershell内置了许多命令，比如ls),然后我们就能在Powershell中使用conda了。
2023-03-29 16:11:36
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原创 gatk BQSR中gtak BaseRecalibrator 出现基因组染色体号与SNP数据染色体号对应不上错误
gtak BaseRecalibrator 利用SNP数据库检测变异出现错误
2022-05-29 18:49:47
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空空如也
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