DAVID 功能注释数据库

1、前言

最近在做转录组分析时遇到个问题,由于本人是半路出家学习的生信,所以在做注释分析时主要采用的都是近几年比较主流的软件,比如Y叔的clusterProfilerg:Profiler 等软件,对于之前出现的软件几乎都不了解,所以当碰到近几年主流的软件无法进行注释的时候就无从下手了。

注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)为研究人员提供了一套全面的功能注释工具,以了解大型基因列表背后的生物学意义。这些工具由建立在DAVID基因概念基础上的全面的DAVID知识库提供支持,该知识库汇集了功能注释的多个来源。

2、使用

1、获取差异基因

我们此次实验做的是细菌,但是由于实验前没有做详尽的调查,导致在完成转录组测序后无法找到对用菌种的参考基因组信息,并且该菌种亚型的注释信息也比较少,所以这里就退而求其次选择了NCBI提供的参考基因组进行分析,在分析完之后得到了228个上调基因、290个下调基因。

2、使用DAVID进行注释

1、首先进入DAVID分析网站:

2、进入注释页面:

首先上传自己的基因ID,接着选择ID类型,并选择参考基因组对应的物种、最后提交进行分析

注释速度很快,在注释完成后会弹出结果页面,结果页面左侧显示有多少基因没有注释成功,结果页面右侧显示注释结果,其中包括注释后的分簇结果、通路表格、以及各个基因对应的通路。用户可以点击对应的结果文件进行查看以及下载;

对于14个未知基因,用户可以点击ID转换模块进行转换

首先选择对应的ID类型,然后再选择对应的物种类型,最后进行转换。

在完成转换之后,再进行注释分析。

生信真的是一门需要积累的学科!很多软件、方法需要在学习的过程中逐渐积累!

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以下是一个简单的学生考勤数据库功能实现代码,使用MySQL数据库和Python编程语言实现: ```python import mysql.connector # 连接数据库 mydb = mysql.connector.connect( host="localhost", user="root", password="password", database="attendance" ) # 创建游标对象 mycursor = mydb.cursor() # 创建学生表 mycursor.execute("CREATE TABLE students (id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, name VARCHAR(255), gender VARCHAR(255), age INT)") # 创建教师表 mycursor.execute("CREATE TABLE teachers (id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, name VARCHAR(255), gender VARCHAR(255), age INT)") # 创建课程表 mycursor.execute("CREATE TABLE courses (id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, name VARCHAR(255), teacher_id INT, FOREIGN KEY (teacher_id) REFERENCES teachers(id))") # 创建考勤记录表 mycursor.execute("CREATE TABLE attendance_records (id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, student_id INT, course_id INT, attendance_time DATETIME, status VARCHAR(255), FOREIGN KEY (student_id) REFERENCES students(id), FOREIGN KEY (course_id) REFERENCES courses(id))") # 创建成绩表 mycursor.execute("CREATE TABLE scores (id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, student_id INT, course_id INT, score INT, FOREIGN KEY (student_id) REFERENCES students(id), FOREIGN KEY (course_id) REFERENCES courses(id))") # 插入学生数据 sql = "INSERT INTO students (name, gender, age) VALUES (%s, %s, %s)" val = [ ('Alice', 'Female', 18), ('Bob', 'Male', 19), ('Charlie', 'Male', 20), ('David', 'Male', 19), ('Eve', 'Female', 18) ] mycursor.executemany(sql, val) mydb.commit() print(mycursor.rowcount, "students inserted.") # 插入教师数据 sql = "INSERT INTO teachers (name, gender, age) VALUES (%s, %s, %s)" val = [ ('Mr. Smith', 'Male', 35), ('Ms. Johnson', 'Female', 30), ('Mr. Brown', 'Male', 40) ] mycursor.executemany(sql, val) mydb.commit() print(mycursor.rowcount, "teachers inserted.") # 插入课程数据 sql = "INSERT INTO courses (name, teacher_id) VALUES (%s, %s)" val = [ ('Math', 1), ('Physics', 2), ('English', 3) ] mycursor.executemany(sql, val) mydb.commit() print(mycursor.rowcount, "courses inserted.") # 插入考勤记录数据 sql = "INSERT INTO attendance_records (student_id, course_id, attendance_time, status) VALUES (%s, %s, %s, %s)" val = [ (1, 1, '2022-01-01 08:00:00', 'Present'), (2, 1, '2022-01-01 08:00:00', 'Late'), (3, 1, '2022-01-01 08:00:00', 'Absent'), (4, 2, '2022-01-01 08:00:00', 'Present'), (5, 2, '2022-01-01 08:00:00', 'Present') ] mycursor.executemany(sql, val) mydb.commit() print(mycursor.rowcount, "attendance records inserted.") # 插入成绩数据 sql = "INSERT INTO scores (student_id, course_id, score) VALUES (%s, %s, %s)" val = [ (1, 1, 90), (2, 1, 85), (3, 1, 75), (4, 2, 80), (5, 2, 90) ] mycursor.executemany(sql, val) mydb.commit() print(mycursor.rowcount, "scores inserted.") # 查询某个学生的考勤记录 sql = "SELECT students.name, courses.name, attendance_records.attendance_time, attendance_records.status FROM attendance_records INNER JOIN students ON attendance_records.student_id = students.id INNER JOIN courses ON attendance_records.course_id = courses.id WHERE students.name = %s" val = ('Alice',) mycursor.execute(sql, val) myresult = mycursor.fetchall() for x in myresult: print(x) # 查询某个课程的成绩排名 sql = "SELECT students.name, scores.score FROM scores INNER JOIN students ON scores.student_id = students.id WHERE scores.course_id = %s ORDER BY scores.score DESC" val = (1,) mycursor.execute(sql, val) myresult = mycursor.fetchall() rank = 1 for x in myresult: print(str(rank) + ". " + x[0] + ": " + str(x[1])) rank += 1 ``` 以上代码实现了创建数据库表、插入数据、查询数据等基本功能,可以根据实际需求进行修改和扩展。

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