DAVID 功能注释数据库

1、前言

最近在做转录组分析时遇到个问题，由于本人是半路出家学习的生信，所以在做注释分析时主要采用的都是近几年比较主流的软件，比如Y叔的clusterProfiler, g:Profiler 等软件，对于之前出现的软件几乎都不了解，所以当碰到近几年主流的软件无法进行注释的时候就无从下手了。

注释、可视化和集成发现数据库（DAVID）为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以了解大型基因列表背后的生物学意义。这些工具由建立在DAVID基因概念基础上的全面的DAVID知识库提供支持，该知识库汇集了功能注释的多个来源。

2、使用

1、获取差异基因

我们此次实验做的是细菌，但是由于实验前没有做详尽的调查，导致在完成转录组测序后无法找到对用菌种的参考基因组信息，并且该菌种亚型的注释信息也比较少，所以这里就退而求其次选择了NCBI提供的参考基因组进行分析，在分析完之后得到了228个上调基因、290个下调基因。

2、使用DAVID进行注释

1、首先进入DAVID分析网站：

2、进入注释页面：

首先上传自己的基因ID，接着选择ID类型，并选择参考基因组对应的物种、最后提交进行分析

注释速度很快，在注释完成后会弹出结果页面，结果页面左侧显示有多少基因没有注释成功，结果页面右侧显示注释结果，其中包括注释后的分簇结果、通路表格、以及各个基因对应的通路。用户可以点击对应的结果文件进行查看以及下载；

对于14个未知基因，用户可以点击ID转换模块进行转换

首先选择对应的ID类型，然后再选择对应的物种类型，最后进行转换。

在完成转换之后，再进行注释分析。

生信真的是一门需要积累的学科！很多软件、方法需要在学习的过程中逐渐积累！