第五章 化学数据库及文献检索

重点不在这上面

1.化学数据库

数据库：内容是数据，或者说信息
化学很早就利用了计算机技术
从上个世纪60年代个人计算机还没有的时候化学家们就已经利用计算机和计算机软件来为解决化学问题服务
化学数据库提高了检索效率

化学数据库的分类

文献数据库

存的是文献

书目

专利

事实数据库（事实数值数据库）

直接描述化合物对象的混合数据
e.g.,贝尔斯坦数据库世界上最大的有关有机化学事实的数据库，德国开发，和另外一个无机数据库合并
Reaxys上面可以检索

数值数据库

分子量、溶解度、折射率、图谱

化合物目录

分子式

研究计划

更接近与原始化合物相关的内容

结构数据库

e.g.,PDB-蛋白质结构数据库
免费，包含实验测定的大分子的三维结构
核酸、蛋白质、
定期更新
ICSD-无机晶体结构数据库
I代表无机 C是晶体 S是结构 无机化合物通过晶体衍射得出的结构（收费）
CSD-有机（金属）化合物结构数据库
C代表剑桥 结构数据库（收费）

有的分法把结构数据库放在事实数据库
化学结构（三维结构 不是二维结构式 二维结构是事实 会放在事实数据库）、化学反应（路线、机理）
有的把化学数据库中的化学反应也拿出来当第四类

一些常用公共数据库

Zinc数据库 用于虚拟筛选，基于结构的虚拟筛选 基于配体的虚拟筛选
免费的化合物数据库，既包含二维也包含三维
分子对接最早的软件是Dock
Zinc就是Dock维护小组开发的，基于配体的相似性搜索也是可以的，基于二维
可以以SMILS，mol2等格式进行下载
新版
老版
ChemSpider
一个关于化合物的事实数据库，免费
下载.mol文件发现不算是标准的mol格式 不然就在END结尾了
更像是一个SDM格式 最后有四个美元符号$$$$
CheEMBL数据库 涉及到生物活性
PubChem
也涉及到生物活性，查毒性、药物、专利
生物方面
CAS 登记号 要算一下是不是合法↓

BindingDB 中国人开发，复旦大学药学院
了解化合物和靶标之间是否有结合
对接算法 打分函数 算法的验证集、训练集
包含亲和力实用值
DrugBank关于药物的数据库 都是已经上市了的 已经批准的药物 搜索的都是药物的相关信息 作用靶点 活性

2.化学文献检索

科技文献检索的意义

化学文献太多了
文献检索位置很高

文献的类型

一、按照出版形式划分
特种文献、连续出版物等
二、按照载体形式划分
一刷、缩微型、电子型
三、根据加工深度划分

搜集化学文献

化学文摘

属于二次文献
CA，Chemical Abstract
内容 化学化工为主，设计生物、医学、轻工、冶金、物理等领域，最常用的检索工具
出版情况：周刊，两卷/每年
CAS、SCIFINDER数据库
特点：摘录广泛、出版迅速、索引完备【关于化合物的】
与全文数据库对立
搜索期刊论文

其他科技文献检索工具

SCI 可以查找引用、影响因子等
刚刚入门就可以沿着所引文献查找越查越旧 写综述
查找被引文献 越查越新 做科研
SCI 评价老师职称 学生毕业
EI（工程索引 The Engineering Index）
ISTP(科技会议录索引)
收录会议论文

专利

是一项发明创造，向国家提出专利申请
Markush结构
化学专利中常常使用
基于相似性原理 只需要将结构稍微改变 性质就差不多 没有太大改变 带来问题
可以给一个通式，其中的化学结构都是保护范围之内的
Markush结构 通常含有4中可变结构
R1 取代基可变
R2 取代基不变 但是位置可变
m 代表结构重复次数可变
R3 类似物可变 取代位置固定 取代基并不固定 取代基可以规定得非常宽泛

电子期刊

通过著名出版社
Elsevier
通过各国滑雪协会
ACS：JCIM化学
JCTC分子模拟领域的期刊
angewandte
三个主要化学出版社
通过各国化学学会
欧洲化学联会也不错 chemistry-europe
中国化学会也是进了SCI的
通过直接