蛋白质定位信号预测软件

最新推荐文章于 2024-05-21 10:47:18 发布
最新推荐文章于 2024-05-21 10:47:18 发布
阅读量1.8k 收藏
点赞数
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_48188780/article/details/111873174
版权

蛋白质定位信号预测软件

SignalP

代码

signalp -org euk -fasta protein.fasta -gff3 -mature
targetp -org pl -fasta protein.fasta -gff3 -mature
./WoLFPSort/bin/psortModifiedForWolfFiles/psortModifiedForWoLF  -t  protein.fasta
runWolfPsortHtmlTables  plant  /disk1/bioinfo/Group7/dqd/protein_signal/WoLF_PSORT  < protein.fasta

两个路径：
/disk1/bioinfo/Group7/dqd/protein_signal/WoLF_PSORT

得到以下三个文件：
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述
./psortModifiedForWoLF -t /disk1/bioinfo/DEMO/protein/data/Arabidopsis.fasta

镰泽
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
蛋白质亚细胞定位——NCBI+ WoLF PSORT
xiaobai1_1的博客
12-02 4万+
1、什么是亚细胞 细胞可以分成多个细胞器或者细胞区域，如细胞膜、细胞质、细胞核、线粒体、高尔基体、叶绿体、内质网等，这些细胞器被称为“亚细胞”。 蛋白质亚细胞位置示意图如下： 2、蛋白质亚细胞定位 把确定某种蛋白质或表达产物应在的亚细胞位置的过程称为“蛋白质亚细胞定位（Protein Subcellular Localization，PSL） ...
使用蛋白质和mRNA序列信息预测蛋白质亚线粒体定位
wcrayon的博客
10-18 562
2
手把手教你安装SignalP6
最新发布
weixin_49325129的博客
05-21 425
将安装包里的distilled_model_signalp6.pt文件，拷贝到虚拟环境中软件的安装位置(前面是我的signalp6的安装路径，后面是创建的conda环境Singalp中python3.7组件的位置)网站，提交信息，等待邮件，获得下载链接，链接有效时间只有4小时，尽快下载。首先创建conda虚拟环境，使用python=3.7（方便安装依赖包）进入python中，验证上面4个依赖是否正确安装，以及版本是否正确。至此，signalp6已经安装成功啦！解压缩、安装、测试文件。来看一下help页面~
基于机器学习和序列信息的蛋白质亚线粒体定位预测算法研究
wcrayon的博客
10-18 542
1
luciphor2:用于蛋白质组学的通用 PTM 定位工具。-开源
06-01
这是一个通用版本的磷化站点本地化工具，称为 luciphor http://luciphor.sourceforge.net/ 这个版本的程序提供了三个改进： 1) 它可以在任何可以使用 JAVA 的操作系统上运行。 2) 它可以为任何 PTM 评分 3) 它可以接受来自任何搜索工具的输入。
基于 SVM 的蛋白质亚细胞定位预测
02-06
首先基于特征融合思想，采用氨基酸组成、熵密度和自相关系数结合的方式构建 190 维特征向量进行特.征表达，与仅考虑氨基酸组成信息的传统方法相比，能更好地表达蛋白质结构信息。然后利用 LDA（Linear .Discriminant Analysis）方法进行降维，降低计算复杂性，加强同类样本间的相关性。接下来选用支持向量机作为.分类器进行定位预测，最后采用留一法在 Gram-negative 和 Gram-positive 数据集上进行交叉检验。实验结果表明，.多特征结合的方法优于传统的氨基酸组成方法和简单的自相关系数方法，证明了新方法的有效性。
蛋白质结构与功能的预测方法总结和资料汇总
热门推荐
AimAtFuture的专栏
06-01 2万+
“折叠（fold）”的概念 “折叠（fold）”是近年来蛋白质研究中应用较广的一个概念，它是介与二级和三级结构之间的蛋白质结构层次，它描述的是二级结构元素的混合组合方式。 二级结构的预测方法介绍： Chou-Fasman算法： 　 是单序列预测方法中的一种，它是使用氨基酸物理化学数据中派生出来的规律来预测二级结构。首先统计出20种氨基酸出现在α螺旋、β折叠和无规则卷曲中出现频率的大小，然
蛋白质结构预测在线软件.pdf
04-26
在蛋白质序列分析中，蛋白质结构预测在线软件可以对蛋白质序列进行预测和分析，例如预测蛋白质的氨基酸组成、分子质量、等电点、亲水性、疏水性、信号肽、跨膜区等特征。 此外，这些软件工具还可以对蛋白质序列进行...
蛋白质结构预测在线软件.doc
10-07
- **信号肽和跨膜区**：识别蛋白质中可能存在的信号肽和跨膜区域，这些是蛋白质定位和功能的关键。 - **结构功能域**：识别蛋白质的特定结构域，以揭示其生物学功能。 **疏水性分析**：ExPASy 的 ProtScale 程序...
基于Blast GO 的蛋白质亚线粒体定位预测
03-31
此外，研究还提到了多个已经存在的亚线粒体蛋白质定位预测算法以及它们的预测准确率。这些算法包括SUBMITO、GP-Loc、Predict_subMITO、Shi、Fan、SubMito-PSPCP、TetraMito等，它们各有优劣，在特定的亚线粒体位置...
信号肽预测
05-14
### 信号肽预测：解锁蛋白质定位的秘密 #### 引言 在生物学研究中，了解蛋白质如何在细胞内外定位是至关重要的。蛋白质的定位不仅决定了它们的功能，还与细胞的正常运作密切相关。信号肽，作为蛋白质定位的关键...
家蚕脂蛋白的克隆表达、组织定位与亚细胞定位
03-02
家蚕脂蛋白的克隆表达、组织定位与亚细胞定位，刘晓敏，舒特俊，通过NCBI里的blast比对，在本实验室的家蚕蛹cDNA文库中，获得了一条编码家蚕脂蛋白的cDNA序列。全长为917个bp，其ORF为786个bp，编码261个氨
NCBI使用教程
09-14
NCBI使用教程PPTNCBI使用教程
免费信号肽预测signalP中文介绍
04-02
免费信号肽预测signalP中文介绍，免费信号肽预测signalP中文介绍
论文解读《PScL-HDeep:基于图像的蛋白质利用集成在人体组织中的亚细胞预测定位》
weixin_37591159的博客
08-27 958
论文解读《PScL-HDeep:基于图像的蛋白质预测利用集成在人体组织中的亚细胞定位学习手工制作和深度学习功能具有两层特征选择》 期刊名： BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 期刊名缩写：BRIEF BIOINFORM 国际刊号：1467-5463 2021年影响因子/JCR分区：11.622/Q2 中科院分区 大类：生物 2区[Top] 小类：数学与计算生物学 1区|生化研究方法 1区 一、摘要 1、蛋白质亚细胞定位在表征蛋白质的功能和理解各种细胞过程中起着至关重要的作用。准确识别蛋白
Nat Methods｜一个快速搜索工具能让所有人都能进行蛋白质结构预测
weixin_4528312的博客
06-03 908
通过一个MSA搜索工具大大降低蛋白质结构预测的硬件要求，并且提升预测速度。
FastRNABindR：快速准确预测蛋白质-RNA界面残基
LIYUO94的博客
02-07 1247
paper Abstract 广泛的生物学过程，包括基因表达的调节、蛋白质的合成以及许多病毒的复制和组装都是由RNA-蛋白质相互作用介导的。然而，蛋白质-RNA复合物结构的实验测定是昂贵的，而且在技术上具有挑战性。因此，已经开发了许多计算工具来预测蛋白质-RNA界面。一些最先进的蛋白质-RNA界面预测因子依赖于基于位置特定评分矩阵(PSSM)的蛋白质序列编码。生成PSSM所需的计算工作量严重限制了蛋白质-RNA界面预测服务器的实用价值。在这项工作中，我们实验了两种方法，随机抽样和序列相似性缩减，以从UniR
生物信息学分析在线软件集锦
计算之道的博客
10-24 392
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/149823111；PLIP：可以画三维的相互作用图，可以分析蛋白配体复合物在原子水平的非共价相互作用，包括氢键，水桥，盐桥，卤键，疏水相互作用，π-堆叠，π-离子相互作用和。LigPlus：只适合用来画二维的相互作用图，很直观（局限性是仅能计算氢键与疏水相互作用）转自：BioSoft。
生信实践
weixin_43799332的博客
01-15 2014
一.组装 虽然组装只要三步代码，但还是懒的组，因为有人组好了，setA的Group4里都有，setB问其他人要吧。 二.blast 1.建库 makeblastdb -in /disk1/bioinfo/Group4/Assemble_Soybean_CLR/Soybean_CLR.contigs.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out CLR /disk1/bioinfo/Group4/Assemble_Soybean_CLR是我们的组装结果。Soybean_CLR
哪些软件可以预测蛋白质是否含有信号肽
05-21
有多种软件可以用于预测蛋白质是否含有信号肽。以下是一些常用的软件： 1. SignalP：SignalP是一款广泛使用的信号肽预测软件，可预测细菌和真核生物中的信号肽。它结合了神经网络和隐马尔可夫模型，并通过对氨基酸序列的分析来预测信号肽。 2. Phobius：Phobius是一种广泛使用的软件，可预测蛋白质是否含有信号肽和跨膜域。它使用隐马尔可夫模型和神经网络来进行预测。 3. PrediSi：PrediSi是一种基于机器学习的软件，可预测真核生物中的信号肽。它使用支持向量机来进行预测。 4. TargetP：TargetP是一款广泛使用的软件，可预测真核生物中的信号肽和亚细胞定位。它使用神经网络和氨基酸序列的特征来进行预测。 这些软件可以通过在其官方网站上上传蛋白质序列来使用。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值