SEED 和 使用子系统技术的微生物组快速注释

文献

The SEED and the Rapid Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST)

SEED 和 使用子系统技术的微生物组快速注释

seed是一个包含基因组数据库的基因组数据，web前端，应用程序接口(API)，服务器脚本的集成 http://pubseed.theseed.org/
RAST，是一个微生物基因组的自动注释服务器，建立在SEED系统提供的框架之上。 http://rast.nmpdr.org/

SEED可用于预测基因功能和发现新的代谢通路

== SEED也包含子系统（功能相关的蛋白家族的集合） 和它们的衍生蛋白质家族，那代表了RAST注释引擎的核心==

SEED不断地整合来自各种来源的不同类型的基因组数据。这些包括由RAST注释的公共基因组、专家用户注释、代谢模型数据、表达数据、验证注释的文献参考文献(以及来自其他流行资源的数据链接，包括Swiss-Prot、GenBank、IMG、KEGG、CDD等。这些数据主要通过两种方式进行访问：通过Web访问和通过应用编程接口和服务器脚本以编程方式访问的高性能计算服务器(可从http://www.theseed.org/).获取教程

doi:10.1093/nar/gkt1226
The SEED and the Rapid Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST)